对急性弛缓性脊髓炎患者宏基因组序列的重新分析揭示了肠道病毒 D68 感染的替代方案

Greninger 等人的文章摘要。 “与美国急性弛缓性脊髓炎病例相关的新型肠道病毒 D68 毒株暴发（2012-14 年）：一项回顾性队列研究”是发表于 SRNA 博客十一月6，2015。

Breitweiser、Pardo 和 Salzberg 最近发表了一篇文章，重新分析了这项研究的数据。他们使用从宏基因组鸟枪法测序中获得的数据重新分析了 Greninger 等人发表的先前研究中的 31 个样本。阿尔。在 Lancet Infect Dis 2015 中； 15; 671-82。宏基因组测序分析是指从人类样本中提取生物体的遗传物质 DNA 或 RNA 并进行分析，以查看是否存在来自细菌或病毒病原体的 DNA。最初的研究调查了 48 个样本，这些样本来自 24 年 2013 月 11 日至 2014 年 1 月 2012 日期间前往科罗拉多儿童医院或洛杉矶儿童医院的患者，或 4 年 2014 月 25 日至 68 年 16 月 68 日至XNUMX 年 XNUMX 月 XNUMX 日。其中 XNUMX 人被诊断患有急性弛缓性脊髓炎 (AFM)，XNUMX 人患有肠道病毒相关脑炎（脑部炎症），XNUMX 人患有肠道病毒 DXNUMX 相关上呼吸道疾病，XNUMX 人患有无菌性脑膜炎或脑炎，同时肠道病毒检测呈阳性。 Breitweiser、Pardo 和 Salzberg 在他们的重新分析中发现，两个样本的细菌序列比肠道病毒 DXNUMX 多。一个没有 AFM 的人的细菌序列来自 流感嗜血杆菌. 另一个人确实有 AFM，并且有来自 金黄色葡萄球菌。 先前的研究表明， S。金黄色葡萄球菌 可能与脊髓炎和脑膜炎等神经系统问题有关。作者表示，虽然他们不知道这些细菌感染是否导致了两人的症状，但他们认为应该将它们视为导致他们出现症状的潜在因素。此外，他们发现他们下载的数据中含有大量人类 DNA，尽管原始文章的作者声称他们删除了人类 DNA。作者指出，尽管这是此类研究中的一个常见问题。作者还表示，研究人员发布基因测序数据很重要，这样其他研究人员就可以验证研究结果。

原文：Breitwieser FP、Pardo CA 和 Salzberg SL。对急性弛缓性脊髓炎患者的宏基因组序列的重新分析揭示了肠道病毒 D68 感染的替代方案[第 2 版；裁判：2 人批准] F1000Research 2015, 4:180。