تكشف إعادة تحليل التسلسلات الميتاجينومية من مرضى التهاب النخاع الرخو الحاد عن بدائل لعدوى الفيروس المعوي D68

ملخص المقال بقلم Greninger et al. "تفشي سلالة جديدة من الفيروس المعوي D68 المرتبطة بحالات التهاب النخاع الرخو الحاد في الولايات المتحدة الأمريكية (2012-14): دراسة أترابية بأثر رجعي" كانت تم نشره على مدونة SRNA في نوفمبر شنومكس، شنومكس.

نشر Breitweiser و Pardo و Salzberg مؤخرًا مقالًا أعاد تحليل البيانات من هذه الدراسة. استخدموا البيانات المتاحة من تسلسل البنادق الميتاجينوم لإعادة تحليل 31 عينة من الدراسة السابقة التي نشرها Greninger et. آل. في لانسيت إنفيكت ديس 2015 ؛ 15؛ 671 - 82. يتم تحليل التسلسل الميتاجينومي عندما يتم أخذ DNA أو RNA ، المادة الوراثية للكائنات الحية ، من عينات بشرية وتحليلها لمعرفة ما إذا كان هناك DNA من مسببات الأمراض البكتيرية أو الفيروسية. نظرت الدراسة الأصلية في 48 عينة من المرضى الذين ذهبوا إلى مستشفى الأطفال في كولورادو أو مستشفى الأطفال في لوس أنجلوس من 24 نوفمبر 2013 إلى 11 أكتوبر 2014 ، أو الأفراد الذين تم تحديدهم من قبل إدارة الصحة العامة في كاليفورنيا بين 1 يناير 2012 و 4 أكتوبر 2014. تم تشخيص 25 منهم بالتهاب النخاع الرخو الحاد (AFM) ، واثنان مصابان بالتهاب الدماغ المرتبط بالفيروس المعوي (التهاب الدماغ) ، وخمسة مصابين بمرض الجهاز التنفسي العلوي المصاحب للفيروس المعوي D68 ، و 16 مصابًا بالتهاب السحايا العقيم أو التهاب الدماغ وأيضًا تم اختباره إيجابية للفيروس المعوي. وجد Breitweiser و Pardo و Salzberg في إعادة تحليلهم ، عينتين تحتويان على متواليات من البكتيريا أكثر من الفيروس المعوي D68. فرد واحد بدون AFM كان لديه تسلسلات بكتيرية من انفلونزا المستدمية. الفرد الآخر لديه AFM ، ولديه متواليات بكتيرية من المكورات العنقودية الذهبية. أظهرت الدراسات السابقة ذلك س. الذهبية قد تترافق مع مشاكل عصبية مثل التهاب النخاع الشوكي والتهاب السحايا. يقترح المؤلفون أنه في حين أنهم لا يستطيعون معرفة ما إذا كانت هذه العدوى البكتيرية قد ساهمت في ظهور أعراض الشخصين ، إلا أنهم يجادلون بأنه ينبغي اعتبارهم عاملاً محتملاً أدى إلى ظهور أعراضهم. علاوة على ذلك ، وجدوا أن البيانات التي قاموا بتنزيلها تحتوي على الكثير من الحمض النووي البشري فيها على الرغم من أن مؤلفي المقالات الأصلية ذكروا أنهم أزالوا الحمض النووي البشري. لاحظ المؤلفون أن هذه مشكلة شائعة في هذا النوع من الأبحاث. ذكر المؤلفون أيضًا أنه من المهم للباحثين إصدار بيانات تسلسل الجينات حتى يتمكن الباحثون الآخرون من التحقق من نتائج الدراسات.

المقال الأصلي: Breitwieser FP و Pardo CA و Salzberg SL. تكشف إعادة تحليل التسلسلات الميتاجينومية من مرضى التهاب النخاع الرخو الحاد عن بدائل لعدوى الفيروس المعوي D68 [الإصدار 2 ؛ الحكام: 2 معتمدون] F1000Research 2015 ، 4: 180.