El nuevo análisis de secuencias metagenómicas de pacientes con mielitis flácida aguda revela alternativas a la infección por enterovirus D68
Un resumen del artículo de Greninger et al. "Un nuevo brote de enterovirus D68 cepa asociada con casos de mielitis flácida aguda en los EE. UU. (2012-14): un estudio de cohorte retrospectivo" fue publicado en el Blog SRNA En Noviembre 6, 2015.
Breitweiser, Pardo y Salzberg publicaron recientemente un artículo que volvió a analizar los datos de este estudio. Utilizaron los datos disponibles de la secuenciación de escopeta metagenómica para volver a analizar 31 muestras del estudio anterior publicado por Greninger et. Alabama. en Lancet Infect Dis 2015; 15; 671–82. El análisis de secuenciación metagenómica es cuando el ADN o el ARN, el material genético de los organismos, se toma de muestras humanas y se analiza para ver si hay ADN de patógenos bacterianos o virales. El estudio original analizó 48 muestras de pacientes que fueron al Children's Hospital Colorado o al Children's Hospital Los Angeles del 24 de noviembre de 2013 al 11 de octubre de 2014, o de personas que fueron identificadas por el Departamento de Salud Pública de California entre el 1 de enero de 2012 y 4 de octubre de 2014. 25 de ellos fueron diagnosticados con mielitis flácida aguda (MFA), dos con encefalitis asociada con enterovirus (inflamación del cerebro), cinco con enfermedad de las vías respiratorias superiores asociada con enterovirus D68, y 16 con meningitis aséptica o encefalitis y también dio positivo por enterovirus. Breitweiser, Pardo y Salzberg encontraron en su nuevo análisis dos muestras que tenían más secuencias de bacterias que el enterovirus D68. Un individuo sin MFA tenía secuencias bacterianas de Influenza por Haemophilus. El otro individuo tenía MFA y tenía secuencias bacterianas de Staphylococcus aureus. Estudios previos han demostrado que S. aureus puede estar asociado con problemas neurológicos como mielitis y meningitis. Los autores sugieren que, si bien no pueden saber si estas infecciones bacterianas contribuyeron a los síntomas de los dos individuos, argumentan que deberían considerarse como un factor potencial que condujo a sus síntomas. Además, descubrieron que los datos que descargaron contenían una gran cantidad de ADN humano, aunque los autores de los artículos originales afirmaron que habían eliminado el ADN humano. Sin embargo, los autores señalan que este es un problema común en este tipo de investigación. Los autores también afirmaron que es importante que los investigadores publiquen datos de secuenciación de genes para que otros investigadores puedan verificar los resultados de los estudios.
Artículo Original: Breitwieser FP, Pardo CA y Salzberg SL. El nuevo análisis de secuencias metagenómicas de pacientes con mielitis flácida aguda revela alternativas a la infección por enterovirus D68 [versión 2; árbitros: 2 aprobados] F1000Research 2015, 4:180.
