Dr Carlos Pardo : [00:00:00] Bonjour à tous. Il s'agit de la réunion de mars du groupe de travail sur la myélite flasque aiguë. Merci beaucoup à tous ceux des États-Unis et d'autres pays qui ont rejoint la réunion. Le groupe de travail sur la myélite flasque aiguë est un groupe de scientifiques cliniciens, de chercheurs, de prestataires de soins de santé et de parents qui se concentrent sur la compréhension de la myélite flasque aiguë et, en particulier, l'amélioration de la myélite flasque aiguë, et en particulier, les soins et l'amélioration de la myélite flasque aiguë. myélite et la prise en charge et l'amélioration des soins de santé pour les patients touchés par cette maladie. Aujourd'hui, nous avons un forum virtuel qui va se concentrer sur un article récent publié dans Science Translational Medicine sur la circulation des entérovirus.

[00:01:05] Mais avant d'aller sur le, le forum, j'aimerais faire quelques annonces. La première annonce est que le groupe de travail sur la myélite flasque aiguë se réunit tous les mois. La troisième, la troisième semaine du mois. La prochaine réunion aura lieu le 22 avril. J'encourage les gens à se joindre à la réunion virtuelle car elle sera axée sur ce qui se passe avec la myélite flasque aiguë dans le monde. Et nous allons avoir une participation de chercheurs et de scientifiques du monde entier qui ont de l'expérience avec la myélite flasque aiguë. Et nous aimerions apprendre d'eux ce qui se passe avec la myélite flasque aiguë dans d'autres parties du monde autres que les États-Unis. La deuxième annonce est que l'étude d'histoire naturelle de la myélite flasque aiguë est en cours. Il a été lancé par le NIH et est basé à l'Université de l'Alabama à Birmingham.

[00:02:00] Ainsi, cela comprend plus de 30 centres médicaux qui ont recruté des patients atteints de myélite flasque aiguë ou des mimiques pour une étude de ce trouble. Nous encourageons donc toutes les personnes aux États-Unis et les cliniciens qui ont des patients ou des patients suspects à nous contacter au cas où il y aurait intérêt à référer des patients pour l'étude. Nous sommes très intéressés et, et soyez vigilants et prêts à faire face à une éventuelle épidémie de myélite flasque aiguë en 2021 et 2022. Encore une fois, l'étude d'histoire naturelle de la myélite flasque aiguë basée à l'UAB, le Dr David Kimberlin est le chef de cette étude. Je veux dire, tous les groupes sont fondamentalement très vigilants pour commencer à recruter et à évaluer des patients atteints de ce trouble. Après cette brève introduction, j'aimerais passer le micro à mon collègue, le Dr Kevin Messacar de l'Université du Colorado, qui sera le modérateur de ce symposium. Kévin.

Dr Kevin Messacar : [00:03:14] Merci beaucoup, Carlos, et merci d'avoir organisé cette session et j'espère qu'elle sera intéressante et informative. Avant de commencer, je suis super excité de pouvoir présenter Robin Roberts pour faire une annonce très excitante, je pense, pour notre groupe de travail et pour l'AFM en général. Robin et moi nous sommes rencontrés je pense en 2014. Cela fait plusieurs années maintenant. Et elle est l'un des parents les plus étonnants qui défendent l'AFM. Et le travail qu'elle a accompli avec l'Association AFM a été tout simplement incroyable, et je vais la laisser vous raconter un peu son histoire et faire l'annonce passionnante avant que nous n'arrivions au panel. Tu peux continuer, Robin.

[00:03:59] Ouais.

Robin Robert : [00:04:00] Merci Dr. Messacar, et merci au groupe de travail de m'avoir permis de présenter un peu pendant quelques instants cet après-midi. Mon fils Carter a reçu un diagnostic d'AFM très soudainement en 2016, à l'âge de trois ans et demi et littéralement du jour au lendemain était l'un des patients qui a été gravement touché, était dépendant de la ventilation en quelques heures. Et à part essayer finalement tous les diagnostics qui étaient probablement des idéations à l'époque, en réalité, ils n'ont pu reprendre le contrôle que de quelques orteils. Et donc, malheureusement, il est décédé en août, oh excusez-moi, en septembre 2018. Et à travers le groupe de travail, à travers la communauté AFM, toujours à la recherche de moyens de plaidoyer, de collecte de fonds et de faire une différence. Mais, je travaille aussi professionnellement dans le domaine de la santé. Et donc, une des choses que je sais… désolé, une des choses que je sais, c'est que les compagnies d'assurance ont besoin de codage pour identifier les patients, aligner la couverture et comprendre ce qui se passe avec le patient. Et c'est l'une des rares façons dont nous pouvons dire à une compagnie d'assurance, même aux chercheurs qui recherchent des données sur les patients, comment trouver quelqu'un.

[00:05:12] Donc, afin d'arrêter d'étiqueter pa-, étiqueter les patients avec un diagnostic générique ou non un diagnostic spécifique qui convient à ce que nous sommes maintenant en mesure de définir et d'identifier cliniquement comme une myélite flasque aiguë. L'année d'avant-dernière, j'ai essayé d'obtenir un code spécifique qui puisse figurer sur chaque réclamation, que vous soyez hospitalisé pendant la phase aiguë, que vous ayez affaire à un problème secondaire, peut-être avec un pneumologue ou un thérapeute, ou même des années plus tard, alors que vous essayez toujours de progresser. Et donc, cette année ou juste l'année dernière, dans la deuxième année d'essai, avec le soutien du CDC, le Dr Janell Routh, le Dr Kevin Messacar, qui est ici, que j'ai probablement tweeté et envoyé à beaucoup trop de personnes fois au cours des cinq dernières années, j'ai dit que je ne pouvais pas faire ça tout seul. Ils ont dit que je ne… je ne le suis pas, je ne suis pas assez pertinent sur le plan clinique. Et donc, ils sont venus à mon aide pour aider à lutter contre une partie de la gestion des informations de santé dans le processus CDC pour obtenir un code spécifique.

[00:06:11] Et collectivement, avec eux et le soutien de la communauté, nous sommes si heureux d'annoncer qu'à partir du 1er octobre de cette année, un médecin peut avoir une spécificité dans l'étiquetage d'un patient qui est cliniquement diagnostiqué avec l'AFM par un médecin de clouer un code qui sur une réclamation. Et ainsi le code G04.82 peut être utilisé pour stopper la disparité de codage, définir qui sont ces patients, les identifier, les quantifier. Et cela aidera à orienter la recherche, les thérapies, la couverture médicale alliée pour les appareils et équipements, et finalement aidera à suivre et à mieux gérer et soutenir toute cette population. Alors, merci au Dr Kevin Messacar. Merci encore au groupe de travail pour votre temps. Je suis juste très excité que nous puissions avoir cela maintenant.

Carlos Pardo : [00:07:01] Robin, ça te dérange de répéter le code pour AFM est G ?

Robin Robert : [00:07:06] G0482. Ainsi, G04.82 fait officiellement partie de toute cette encyclopédie de codes. Il peut être combiné avec d'autres symptômes et d'autres choses qui se passent avec vos patients en tant que diagnostic principal chez le patient, puis lors de toutes les visites ultérieures en tant que diagnostic secondaire pour tout problème lié à l'AFM pour nous aider à suivre ces patients.

Dr Kevin Messacar : [00:07:33] Merci beaucoup Robin. Tout cela est dû à vos efforts, mais aussi à une merveilleuse histoire de la façon dont le groupe de travail fonctionne en réunissant les parents, les cliniciens, la santé publique et le CDC est venu à l'appui de cela. C'est juste une merveilleuse histoire de progrès concrets réalisés dans ce domaine. Et comme vous l'avez dit, je pense que cela va aider à quantifier les cas diagnostiqués cliniquement qui peuvent ne pas répondre aux critères de cas épidémiologiques. Cela va aider les familles ayant des problèmes d'assurance et cela va globalement nous aider à définir cette maladie et à mieux la comprendre. Alors, merci encore pour tous vos efforts. Et, et je ne peux vraiment pas en dire assez, à quel point je suis en admiration devant ce que vous êtes, vous avez été capable de faire et, et c'est un tel honneur et un hommage à Carter. Donc merci.

Robin Robert : [00:08:20] Merci.

Dr Kevin Messacar : [00:08:23] Alors, ensuite, je voudrais vous présenter le Dr…. bientôt-à-être-Dr. Daniel Park, doctorant à Princeton sous le mentorat de Bryan Grenfell, qui travaille en modélisation mathématique et en épidémiologie. Et une autre félicitation à transmettre, vient de publier une merveilleuse étude de modélisation dans Science Translational Medicine qui aborde un niveau un peu plus granulaire de la circulation géographique et temporelle de l'entérovirus 68 dans les cas d'AFM qui ont été observés dans tout le pays depuis 2014. Alors, nous commencerons par une courte présentation de Daniel, puis nous l'ouvrirons et je présenterai nos autres panélistes. Et n'hésitez pas à poser des questions dans le chat au fur et à mesure, et nous les poserons ensuite à Daniel et au reste de notre panel. Alors Daniel, tu peux l'emporter.

Parc Sang (Daniel) Woo : [00:09:18] Merci beaucoup pour l'introduction, Kevin, et merci d'avoir mis cela en place et d'être venu. Je suis très heureux de pouvoir partager nos travaux sur la dynamique épidémiologique. Ainsi, l'entérovirus D68 aux États-Unis et ses implications pour la myélite flasque aiguë. Avant 2020, nous voyions des cas d'AFM tous les deux ans, et des cas d'entérovirus D68 étaient également signalés tous les deux ans, ce qui suggère une certaine corrélation entre le D68 et l'AFM. Mais, il restait encore plusieurs questions auxquelles il fallait répondre. Donc, dans cette étude, nous voulions, nous voulions demander si nous pouvions expliquer les différences géographiques dans le moment de l'épidémie d'entérovirus D68, c'est pourquoi certains États ont des épidémies plus tardives ou plus précoces et pouvons-nous relier les saisonnalités des épidémies de D68 et des épidémies d'AFM à travers différents états. Et quoi, quoi, qu'est-ce qui motive ces schémas biennaux ? Pourquoi avons-nous des épidémies tous les deux ans et chaque année ? Et alors ce schéma, ce schéma biennal va-t-il continuer ? Est-ce, est-ce que ce genre d'état persiste ? Et cela signifie-t-il que nous pouvons avoir une épidémie en 2020 ? Ensuite, nous allons… nous avons commencé à travailler sur ces questions en septembre 2019 et lorsque 2020 est arrivé, il y avait des interventions COVID et non pharmaceutiques, une distanciation sociale, etc. et nous voulions comprendre ce que cela signifiait en termes d'épidémies D68 pour 2020 et potentiellement pour l'avenir .

[00:10:53] Donc, ce travail est basé sur… ce travail s'appuie sur le travail de notre collaboratrice, Margarita Pons-Salort, et des gens du CDC, qui ont examiné la saisonnalité d'autres épidémies d'entérovirus aux États-Unis, qui ont démontré que les États du sud obtenir des flambées plus précoces que les États du Nord, ce qui a révélé un certain rôle du climat dans la formation de la transmission des entérovirus. Et aussi les travaux de Margarita sur l'entérovirus D68 et les entérovirus endémiques au Japon, où elle a pu démontrer que ces dynamiques complexes d'épidémies en particulier ici vous voyez que les Coxsackievirus A2 et A4 présentent des modèles biennaux tout comme l'entérovirus D68. Elle a montré que ces modèles peuvent être expliqués par la dynamique du SIR, par ce que nous, nous, nous, ce que nous voulons dire, c'est que les personnes ayant une immunité spécifique au sérotype à vie peuvent expliquer ces modèles biennaux ou même plus complexes. Ainsi, afin de répondre à ces questions, nous utilisons les données de BioFire qui crée, une PCR multiplex multi-agents pathogènes, le test pour plusieurs lots de motifs de framboises à la fois, et en particulier, ils sont capables de prédire la présence de D68 à partir de ces données de panel du, le testé du rhinovirus, entérovirus.

[00:12:31] Auparavant, la surveillance des entérovirus aux États-Unis reposait sur la surveillance passive, mais grâce à cette surveillance en milieu hospitalier, nous sommes en mesure d'obtenir des détails plus précis sur la circulation du D68 dans différents États à une échelle de temps plus précise. Donc ici, je veux montrer à quoi ressemblent les données dans le panneau A, nous voyons des données des États-Unis, et donc les états où beaucoup de données viennent d'ici comme vous, vous remarquerez que certains états ont été regroupés ensemble, par exemple, vous trouvez le Colorado et la Floride, la Géorgie et la Caroline du Sud, c'est à cause des exigences de confidentialité que nous devons regrouper ces données. Mais dans l'ensemble, comme nous le voyons aux États-Unis, à New York et dans d'autres endroits, nous voyons des schémas clairs d'épidémies se produire tous les deux ans. Mais dans certains endroits comme l'Ohio, nous voyons un schéma plus complexe où il semble qu'une épidémie se produise tous les quatre ans.

[00: 13: 28] Donc, nous, nous, nous aimons d'abord comprendre quand ces épidémies se produisent, ce que nous essayons d'appliquer dans la figure B, c'est à ce moment-là essentiellement que les épidémies se produisent, mais nous pouvons montrer que celles-ci, le moment du foyer qui se réfèrent ici au centre de gravité et les figures C et D sont corrélées avec la latitude moyenne et la longitude moyenne. Ceci, ceci est cohérent avec les travaux antérieurs sur d'autres entérovirus, soulignant que les États antérieurs obtiennent essentiellement des épidémies plus précoces dans les États du sud, les États du nord obtiennent une épidémie plus tardive, indiquant le rôle du climat dans la propagation de l'entérovirus D68.

[00:14:07] Ensuite, nous avons voulu corréler ces modèles avec la dynamique AFM. Dans la figure A, nous montrons les épidémies D68 sous forme de graphiques à barres et le nombre d'AFM, les cas d'AFM représentés par des lignes rouges. Nous, comme nous le voyons, il y a une corrélation très claire entre ce à quoi ressemblent les épidémies d'AFM et les épidémies de D68, bien qu'il y ait quelques différences qui semblent indiquer que l'épidémie d'AFM a augmenté depuis 2012, 2014, où l'épidémie de D68 a été plutôt stable. On ne sait toujours pas si cela représente une augmentation réelle des cas de MFA ou s'il s'agit simplement d'une meilleure surveillance. Nous voyons également qu'il semble que les cas d'AFM aient semblé culminer un mois plus tard que les cas D68, ce que nous avons démontré dans les figures B et C. Vous pouvez également le voir dans la figure A, mais cela est probablement dû à l'agrégation des données. Donc AFM, nous examinons uniquement les données nationales, alors que BioFire nous examinons seulement, nous examinons environ 20 États. Il ne couvre donc pas tous les États et leur différentiel, il existe différents niveaux de surveillance en fonction de l'utilisation des panneaux BioFire dans différents États.

[00:15:37] Mais néanmoins, dans la figure, D et E, comme nous le montrons, il y a un, donc D est un graphique des coefficients de corrélation entre les cas AFM et les cas D68, le jaune étant une corrélation plus élevée, qui concerne presque tous les états, il y a un, voir des corrélations positives. Et dans la figure E, encore une fois, nous voyons qu'il y a une corrélation bruyante mais positive, la ligne noire est pour le pays et les lignes rouges sont pour chaque état. Il semble donc qu'il y ait une corrélation positive très claire entre ce nombre de cas D68 et de cas AFM que d'autres études ont notés précédemment, ainsi, nous sommes ici, nous envisageons une mise à niveau pour l'examiner de manière plus granulaire à l'échelle d'un large éventail d'États.

[00:16:29] Lorsque nous examinons des données à une échelle encore plus fine ici à New York, dans l'Utah et dans le Colorado, nous constatons qu'à nouveau, le moment des cas de MFA correspond au moment, le moment des épidémies de MFA correspond au moment de D68 épidémie. Et nous ne voyons pas non plus le décalage que nous avons mentionné plus tôt, ce qui souligne à nouveau que le décalage est probablement dû à une variation géographique dans la surveillance du déploiement de BioFire et à une sorte de problème d'agrégation ne reflétant pas un véritable décalage biologique. Alors que nous voulions savoir ce qui motive les tendances biennales des épidémies de D68 ? Pourquoi l'épidémie de D68 se produit-elle tous les deux ans ? Nous avons donc adopté la méthodologie de Margarita. Ils étaient sûrs qu'ils utilisaient… il servait de toute façon à étudier d'autres entérovirus. Donc, essentiellement, nous pouvons proposer un modèle mathématique qui suppose une immunité à vie. Une fois que les gens sont infectés, ils se rétablissent complètement et peuvent ensuite être… ils ne peuvent pas être réinfectés. Et le… dans un tel modèle, nous pouvons montrer qu'il peut très bien correspondre à la dynamique observée de D68.

[00:17:52] Donc, ici, le matériel des panneaux blancs, blancs, nous avons essayé de faire correspondre le modèle aux données. Et l'orange est l'endroit où nous essayons de prédire la dynamique future. Ainsi, dans s- dans certains cas, Missouri et Utah, Colorado, les ajustements et les prédictions semblent très bons. Vous regardez les ajustements de l'Ohio, mais les prédictions sont un peu difficiles juste dans la prédiction, promettre que les séries chronologiques courtes peuvent être difficiles. Mais lorsque nous essayons d'inclure plus de données, nous constatons que nous obtenons une meilleure prédiction suggérant que l'immunité à vie contre l'infection à entérovirus D68 peut en effet à elle seule expliquer la dynamique, la dynamique des épidémies, les schémas bisannuels des épidémies de D68. Nous voulons, nous voulons souligner que ce qui compte ici, c'est que nos recherches suggèrent que l'infection primaire est probablement importante. Ainsi, cela n'exclut pas nécessairement la possibilité d'infections secondaires, mais tant que les infections secondaires n'entraînent pas une quantité importante de transmission, cela sera cohérent avec notre modèle.

[00:19:12] Et nous avons encore testé ces simulations que nous pourrions également démontrer que les épidémies peuvent ne pas continuer tous les deux ans, que les schémas biennaux ne sont pas nécessairement stables. Alors quand, donc quand 2020 est arrivé, nous devions maintenant nous demander quel est l'impact de cette pandémie sur la dynamique D68 ? Qu'est-ce que, quelles sont les interventions non pharmaceutiques, les mesures de distanciation sociale vont faire à, à la propagation, la circulation du D68. Au début de 2020, nous constations une baisse des cas d'entérovirus dans d'autres pays. Déclins rapides. Ici, je montre Hong Kong, la Corée du Sud, Taiwan. Vers mars, avril, ils ne signalaient pratiquement aucun cas d'entérovirus. Aux États-Unis, malheureusement, nous n'avons pas de données, notamment parce que l'algorithme de prédiction D68 de BioFire s'appuie sur certaines, certaines versions, mais après lesquelles elles ne sont plus disponibles après la mise à jour de leur produit. Mais nous le pouvons encore, puisque nous pouvons toujours utiliser notre modèle mathématique pour essayer de prédire si une épidémie en 2020 aurait été possible. Et que se passe-t-il si le taux de contact et donc le taux de transmission diminuent en raison des mesures de distanciation ? Et qu'est-ce que cela signifierait en termes d'épidémies futures ?

[00:20:48] Nous avons donc évalué ici la possibilité d'une épidémie de D68 en 2020 dans un large éventail de scénarios, d'abord dans des conditions normales, et alors qu'il y a une diminution de 5 %, 10 % et 20 % de la transmission. Donc ici, nous voyons dans le panneau tout en haut, le panneau B, nous voyons une bande jaune vers septembre indiquant qu'une grande épidémie en 2020 aurait été possible. Mais, au fur et à mesure que nous introduisons, diminuent, à mesure que nous diminuons le taux de transmission, ces bandes disparaissent, ce qui suggère que même une modeste diminution de 20 % du taux de transmission aurait pu empêcher l'épidémie. Donc, ce travail, ces prédictions que nous avons initialement faites en avril, vers avril et mars. Comme nous l'avions prédit, il n'y a pas eu d'épidémies d'AFM en 2020, bien que nous ne puissions malheureusement pas, encore une fois, en raison de la mise à jour du produit, nous ne pouvons pas évaluer s'il n'y a pas eu d'épidémies de D68. Il y a donc certainement eu une diminution des signalements de D68 et je pense que d'autres personnes, Kevin, y compris Kevin, pourraient partager leurs connaissances à partir de connaissances cliniques.

[00:22:07] Alors qu'est-ce que cela signifie en termes… quoi, qu'est-ce qui va, qu'est-ce qui va se passer pour les futures épidémies ? Est-ce que, aurions-nous plus d'épidémies de D68 AFM en 21, 2021, 2022 ? Nous n'avons pas de données pour D68. Mais nous voulons faire allusion à une étude menée, dirigée par Rachel Baker dans notre groupe, qui tente directement de répondre à cette question pour généralement pour les maladies endémiques, cet article où elle se concentre sur le VRS, mais les conclusions générales tiendront toujours. Donc, ce chiffre que je… résume très bien ses découvertes. Je veux d'abord pointer ce chiffre C, donc où les voyages lâches montrent quand des interventions non pharmaceutiques sont mises en place, et les lignes rouges montrent les prédictions du modèle. Donc, avant l'épidémie, RSV show, il montrait des schémas épidémiques annuels très clairs. Mais, lorsque des interventions non pharmaceutiques ont été mises en place en raison du COVID, les cas de VRS ont rapidement diminué. Cela signifie que nous sommes, normalement, nous aurions une épidémie en 2020. Mais puisque nous manquons l'épidémie, nous ne laissons pas la population développer une immunité qui se serait autrement développée dans la population. Donc, nous laissons la susceptibilité augmenter comme nous le voyons dans la ligne pointillée bleue ici, qui est plus susceptible. Et à mesure que la sensibilité et la population augmentent, lorsque nous lèverons les mesures d'intervention, nous pourrons éventuellement avoir une épidémie plus importante à l'avenir.

[00:23:55] Mais il y a une grande incertitude quant au moment, à l'ampleur de cette épidémie, ce qui est indiqué dans la rangée supérieure des panneaux A et B. Et il y a aussi ce qui montre la, la taille épidémique maximale, comme vous pouvez le voir, cela peut aller de un à neuf. Donc, c'est un étant le même rapport et neuf étant une multiplication par neuf de la taille endémique. Et il y a aussi une grande incertitude quant au moment où cela, la prochaine épidémie se produira, ce qui est indiqué dans la date de pointe de la ligne du bas, comme vous pouvez le voir, cela pourrait se produire n'importe où entre 2021 et 2025. Et cela dépend de la durée pendant laquelle ces interventions sont mises en place et combien, quelle est la force de ces interventions. Mais la principale conclusion est que mettre des interventions sur la prévention, sur la prévention d'une épidémie est bon pour le moment, mais cela entraînera une augmentation continue de la population de sensibilité car nous manquons d'épidémies et cela pourrait conduire à une plus grande épidémie à l'avenir.

[00:25:05] Donc, en résumé, notre étude a pu démontrer une forte corrélation spatio-temporelle entre les cas D68 et AFM, apportant un soutien écologique à leur causalité. Et nous avons également prédit qu'une épidémie majeure de D68 aurait été possible en 2020 dans des conditions normales. Mais, la diminution du taux de contact due aux mesures d'intervention actuelles a probablement empêché l'éclosion de D68 et éventuellement l'éclosion d'AFM. Mais cela signifie que la population de susceptibilité commencera à s'accumuler et qu'à l'avenir, nous pourrions avoir une épidémie plus importante. Nous voulions donc tous remercier les collaborateurs et les personnes, en particulier les personnes du CDC et des départements de santé publique de New York et du Colorado, qui ont également partagé leurs données. Merci beaucoup.

Dr Kevin Messacar : [00:26:10] Merci beaucoup, Daniel. C'était vraiment, vraiment génial. Et sera un excellent point de départ pour les questions du panel. Encouragez à nouveau le public à continuer à poser vos questions dans le chat et nous essaierons d'y répondre au fur et à mesure qu'elles arrivent. Je vais aborder les deux premières questions, mais d'abord, j'aimerais présenter le reste du panel. J'aimerais commencer par le Dr Adriana Lopez qui est épidémiologiste aux Centers for Disease Control and Prevention de l'équipe de myélite flasque aiguë qui travaille là-dessus depuis de nombreuses années maintenant et qui est l'un des experts nationaux en épidémiologie de l'AFM. . Le Dr Charles Chiu, qui est médecin et chercheur en maladies infectieuses, docteur en médecine, microbiologiste clinique et gourou du séquençage à gogo, à l'UCSF, a effectué une grande partie du travail de séquençage des isolats EV-D68 et maintenant vous pouvez le voir faire beaucoup du séquençage de certaines des variantes du SRAS-CoV-2 et apporte une perspective tout à fait unique, du côté de l'épidémiologie moléculaire des choses et du côté micro clinique des choses également.

[00:27:19] J'ai présenté le Dr Daniel Park, qui restera, et notre dernier panéliste sera le Dr Heba Mostafa de John Hopkins que je viens de rencontrer aujourd'hui, mais je sais qu'il a fait beaucoup de travail en épidémiologie Surveillance et séquençage des isolats d'entérovirus grâce aux efforts de John Hopkins. Donc, je pense que nous avons un excellent panel aujourd'hui. J'espère que cela pourra répondre à beaucoup de vos questions. Je pense que beaucoup de réponses vont être inconnues pour l'avenir, mais en utilisant les données de Gen … Daniel comme point de départ, nous essaierons de générer de bonnes discussions sur la préparation et ce que nous pouvons faire dans l'attente des saisons qui venir. Je vais commencer par les premières questions soulevées dans le chat concernant la signature EV-D68 sur la plate-forme BioFire. Et je vais en quelque sorte repartir de zéro sur cette plateforme de tests cliniques de BioFire. Pour ceux qui ne sont pas aussi familiers, BioFire est une société commerciale qui fournit des plates-formes de tests cliniques. Leur panel d'agents pathogènes respiratoires est un panel PCR multiplex qui teste plusieurs virus respiratoires et quelques bactéries. Et l'une des cibles là-bas est l'entérovirus, la cible du rhinovirus pour cette famille de virus qui sont encore génétiquement similaires. Ils ne signalent pas s'il s'agit d'un virus du rhinocéros, d'un éno-entérovirus ou de ce type d'entérovirus.

[00:28:48] Cependant, ils ont réalisé qu'ils ont commencé à développer leur programme de tendance, qui est un programme par lequel ils obtiennent des données identifiées des centres qui s'inscrivent pour obtenir leurs résultats de test et fournir une surveillance épidémiologique en temps réel des agents pathogènes. qui traversent votre région système, le pays que cela pourrait avoir, des implications pour améliorer notre surveillance de l'entérovirus D68, dont beaucoup d'entre nous savent qu'il n'a pas de test cliniquement disponible. Après l'épidémie de 2014, le CDC était vraiment le seul endroit où vous pouviez faire tester l'EV-D68. Après cela, plusieurs institutions ont développé leurs propres PCR spécifiques à EV-D68 mais en général elles ne sont pas disponibles cliniquement. Et donc, les données épidémiologiques ont été principalement nationales, en regardant quand nous voyons EV-D68 apparaître lorsque nous voyons des cas d'AFM apparaître chez Daniel, les données creusent dans la signature qui y revient. Ce que BioFire a fait dans l'article que j'ai publié là-bas et qui ne faisait pas partie de cet effort qui était antérieur à cet effort, c'est qu'ils ont pris ces échantillons connus d'EDRV, ils ont exécuté une PCR spécifique à EV 68 pour savoir lesquels d'entre eux étaient EV 68, qui celles qui ne l'étaient pas, puis utilisez un apprentissage automatique pour examiner les subtilités des courbes de fusion pour les cibles rhinocéros entéro qui constituent une base au cas par cas. Mais, à plus grande échelle épidémiologique, il a été en mesure de nous dire, à l'aide d'une carte thermique, quand l'EV 68 s'est présenté dans quelles régions du pays, à quel moment jusqu'au début des tests RPP avec BioFire. Cela nous a permis de faire une analyse plus granulaire de l'association entre les cas d'AFM dans ces régions et la circulation de l'EV 68. La partie vraiment malheureuse que Daniel a glissée là-dedans à la fin que j'ai mise dans les commentaires, en réponse à la deuxième question, était que cette signature a récemment été perdue car le panneau a été mis à niveau vers le RPP 2.1 qui inclut le SARS-CoV- 2 cible, a maintenant perdu la capacité d'avoir cette signature EV 68. Ainsi, nous pouvons apprendre des modèles du passé, mais nous ne pourrons pas continuer à les utiliser avec le même niveau de robustesse à l'avenir. Je vais donc arrêter de monopoliser la table ronde là-bas. Mais le Dr Mostafa, ou l'un des autres qui posent ces questions, cela répond-il à vos questions en ce qui concerne la signature BioFire ? Et encore une fois, je vous renverrais à cet article de Myers et, et JCB.

Dr Heba Mostafa : [00:31:40] Merci. Ouais, c'était super.

Dr Kevin Messacar : [00:31:45] D'accord. Je dois scanner le chat très rapidement, parce que je parlais. Commençons par la première question que je vois venir après cela. Existe-t-il un moyen d'utiliser ces outils pour prédire l'évolution potentielle du virus en période de ralentissement ? Vous attendriez-vous à une variation accrue par rapport aux B3, A2 et D actuels pour ceux qui ne le savent pas ? Il y a un peu de divergence dans la littérature sur ce qu'il faut appeler A2 par rapport à D, les sous-clades seraient-ils limités en raison du manque de cas et de la sélection immunologique qui en résulte ? Quelle excellente question et je commencerais si l'un des panélistes voulait intervenir sinon, j'ai, j'ai pointé vers Charles, pour commencer, il a fait beaucoup de travail sur les variantes du SRAS-CoV-2, ce sont des virus à ARN, à quoi s'attendrait-on au cours d'une année de faible circulation en ce qui concerne le changement des revendications et l'évolution ? Que suggérerait votre expérience ?

Dr Charles Chiu : [00:32:43] Ouais, c'est une super, c'est une super question. Et, vous savez, je, je dirais, je dirais tout de suite, que nous ne savons probablement pas avec certitude ce qui va se passer en ce qui concerne l'évolution. Et une partie de la raison pour laquelle c'est, c'est très difficile, c'est que, comme vous le savez, il y a eu très peu de cas réels. Vous savez qu'il y a eu une forte réduction des cas dans l'ensemble en général pour les virus à ARN et les entéro-entérovirus, les virus à ARN. Pour les virus à ARN, vous vous attendez à ce que l'émergence de, de, de, de mutations et de sélection, et essentiellement l'évolution de, de la variation se produise généralement si vous avez une réplication continue. Donc, plus il y a de cas, en général, plus il est probable que nous allons voir des variations. Je m'attendrais à ce que pendant ce ralentissement, il y ait probablement moins de variations. Donc, je serais là, je serais… Mais, l'autre chose dont je, je dois faire attention, c'est que les entérovirus sont très, là, il y a beaucoup de choses sur les entérovirus en particulier que nous ne connaissons pas vraiment. Bien que, vous savez, certains des… le travail que vous savez, Daniel a présenté est fantastique.

[00:33:50] C'est, c'est, c'est toujours le fait que pour de nombreuses épidémies, nous ne savons pas exactement avec certitude pourquoi certains clades, ou certaines lignées génétiques du virus, vont tendent à être prédominants, disons dans une épidémie donnée par rapport à une autre. Et c'est, c'est en fait plusieurs raisons dont l'une pourrait inclure une dérive génétique simplement aléatoire. Donc, ce que nous appelons l'effet fondateur, où il se trouve essentiellement que cela se produit dans une population sensible. Si vous en avez une en particulier, toutes choses étant égales par ailleurs, si vous avez, par exemple, plusieurs souches d'entérovirus qui ont toutes la capacité de, de provoquer l'AFM le... et, et c'est vraiment le cas, dans certains cas, cela peut être aléatoire, où vous il se trouve qu'il y a une épidémie au bon endroit avec, avec la population sensible.

[00:34:38] Donc, je dirais que nous ne savons pas exactement actuellement, je prédis que nous ne verrons probablement pas beaucoup de différence, même si cela pourrait certainement être le cas, cela pourrait certainement être faux vous savez, étant donné, étant donné, comme je l'ai déjà dit, la difficulté de prédire exactement quels clades d'entérovirus seront associés à une épidémie donnée. Mais je pense que c'est… la question est vraiment, je pense importante en ce sens qu'elle met vraiment en évidence la nécessité de faire une surveillance génomique. Et donc, alors Dr. Messacar, Kevin a mentionné à ce sujet, actuellement, que, vous savez, sans actuellement, ça va être difficile de faire de la su-surveillance avec le BioFire parce qu'on n'a pas la capacité d'identifier les entérovirus. Mais j'irais en fait un peu plus loin et je dirais que sans faire de séquençage génomique, nous, nous, nous n'aurons aucun moyen d'identifier les clades. Et donc, je pense qu'en fin de compte, il sera vraiment important de continuer à faire de la surveillance génomique pour l'entérovirus D68 comme nous le faisons actuellement pour la surveillance génomique du SRAS-Coronavirus-2, par exemple.

Dr Kevin Messacar : [00:35:44] Dr Mostafa, avez-vous quelque chose à ajouter ? Je sais que vous avez beaucoup travaillé sur l'épidémiologie moléculaire de la taupe...

Dr Heba Mostafa : [00:35:50] Ouais, donc je, je voulais aussi suivre l'explication du Dr Chiu sur la première moitié de la question qui concerne principalement les outils qui peuvent différencier les différents clades. Et clarifions un peu les différentes options que nous avons habituellement. Ainsi, les approches de diagnostic dans le laboratoire clinique des entérovirus reposent sur la détection d'une sorte de zone conservatrice dans le génome, qui est la région UTR des cinq principales. Et cette région ne fait généralement pas la différence entre les entérovirus et les rhinovirus. Et c'est la même approche que l'essai BioFire utilise également. Ainsi, pour pouvoir examiner les génomes et identifier D68 par rapport à d'autres ou également différencier les différents sous-clades, nous devons rechercher une espèce plus proche ou saisir une région spécifique du génome qui a été la région VP1. Et la, il y a comme la méthode classique pour faire cela avec le séquençage de Sanger qui n'a malheureusement pas été très fréquemment utilisé pour les entérovirus.

[00:37:09] Et c'est pourquoi nous n'avons pas beaucoup de données sur la surveillance des entérovirus à l'échelle nationale. Cette méthode BioFire pour conclure des signatures est en fait très élégante car comme ceci est un, c'est un essai qui est utilisé en clinique. Donc, vous pouvez vraiment avoir beaucoup de données si cette sensibilité est acceptable, ce qui, je pense, l'est. Ensuite, l'autre chose que je voulais souligner est que ces données de clades ou de sous-clades que nous avons étaient principalement basées sur cette séquence VP1, mais il n'y a pas trop de génomes entiers disponibles également pour nous donner plus d'informations. Donc, il est en fait sur le point d'être fait et ensuite de nous mettre en place une surveillance sage pour aimer, fournir une meilleure compréhension de, de cela comme de la circulation, de l'évolution et des différents types qui circulent dans différents endroits.

Dr Kevin Messacar : [00:38:10] Merci beaucoup. Je pense que s'il y a une chose sur laquelle nous serons tous d'accord, les membres du panel sont que nous avons besoin d'une meilleure épidémiologie moléculaire et, et d'un séquençage, des entérovirus en général. Pour ceux d'entre vous qui ne l'ont pas vu avant le prochain écran, n'importe quel site Web XP, SPR AI N, fait de l'épidémiologie moléculaire pour une série d'agents pathogènes émergents et y a inclus l'entérovirus D68, et ils prennent tous les séquencés accessibles au public isole via DP1 un ou tout le génome et dans le monde entier et fait une belle analyse phylogénétique et une analyse géographique des flux qui circulent où. Cependant, cela est extrêmement limité par la provenance des séquences. Donc, si les choses ne se suivent pas, elles n'apparaîtront pas ici. Et je pense que le Dr Mostafa et le Dr Chiu ont tous deux insisté sur le fait que nous avons besoin de plus de séquençage de plus d'isolats.

[00:39:07] Je ferai ensuite appel au Dr Lopez parce que le CDC et d'autres, je pense, ont reconnu que notre surveillance des entérovirus est depuis longtemps un système assez passif via le système national de surveillance des entérovirus, mais a a commencé à renforcer ses efforts, notamment en engageant des réseaux de surveillance supplémentaires pour s'améliorer, l'entérovirus D68 au moins la surveillance. Alors, Dr Lopez, vous voulez parler du NBSN et de certains des autres efforts du CDC ?

Dr Adriana Lopez : [00:39:35] Bien sûr. Merci, Kévin. Ouais, donc comme Kevin l'a mentionné, nous avons mis en place un nouveau réseau de surveillance des vaccins qui s'est penché sur un réseau de surveillance active prospective basée sur la population. Et c'est pour les maladies respiratoires aiguës chez les enfants de moins de 18 ans. Et ce qui se passe, c'est que nous inscrivons les enfants qui sont hospitalisés ou qui visitent les services d'urgence dans sept centres médicaux à travers les États-Unis. Et des spécimens prélevés sur ces patients puis testés. Et c'était à l'origine pour les maladies respiratoires aiguës, puis nous avons ajouté l'AFM il y a quelques années. Et ainsi, ils testent des échantillons de la plupart des sites testent des échantillons de juillet à octobre pour rechercher la circulation et le typage des entérovirus. Ainsi, ils testeront et certains sites testeront spécifiquement tous les échantillons pour EV-D68, d'autres ne testeront que ceux qui sont positifs pour l'entérovirus, le rhinovirus, puis examineront ceux à tester.

[00:40:40] C'est donc ce que nous avons utilisé en termes de surveillance active pour surveiller et surveiller la circulation des entérovirus afin d'aider en quelque sorte à agir comme une alerte possible pour nous pour l'AFM. Donc, nous l'utilisons depuis quelques années. Et avec 2020, vous savez, je ne sais pas si beaucoup d'entre vous le savent avec le monde, comme Brian l'a mentionné, il n'y a pas eu beaucoup de cas en 2020, comme nous l'avions prévu ou anticipé. Nous avons eu un total de 31 cas confirmés. Alors qu'en 2018, nous en avons 238. Donc, 2020 a fini par ressembler davantage à une année sans pointe. Et nous avons examiné nos données de nos sites NBSN pour voir ce qui se passait en termes de circulation d'entérovirus et de circulation d'EV-D68. Nous avons vu que certains sites avaient détecté EV-D68. Mais c'était très spécifique au site, tous les sites ne l'avaient pas. Et il y avait peu de chiffres, cependant. Mais ce qui était intéressant, c'est que les chiffres que nous avons vus étaient un peu plus élevés que ce que nous verrions les années sans pointe, mais bien inférieurs à ce que nous avons vu en 2018.

[00:41:55] C'était donc intéressant de regarder ça. Et ils continuent de tester l'EV-D68 jusqu'en décembre, juste pour voir si peut-être la pandémie a provoqué un changement et une circulation, mais ils n'ont eu aucune détection en décembre. Et nous examinons également notre système national de surveillance des entérovirus pour voir s'il existe des moyens d'améliorer cela, c'est un système passif. L'un des principaux déclarants de ce système est le CDC. Donc, les spécimens que nous pourrions mettre dans ce système, mais cela dépend vraiment de ce que les laboratoires rapportent à ce système. Donc, espérons-le, nous pourrons augmenter notre participation pour aider également à renforcer ce système.

Dr Kevin Messacar : [00:42:43] Super, merci beaucoup, Adriana. Pour ceux qui soumettent des questions et se sentent à l'aise avec cela, essayez d'appuyer sur le bouton pour l'envoyer non seulement à tous les panélistes, mais aussi au public, car je reçois un tas de commentaires vraiment intéressants, mais je ne pense pas tout le monde peut, peut les voir. Je ne pense donc pas que les gens veuillent les envoyer en privé. Mais si cela ne vous dérange pas, envoyez vos commentaires à l'ensemble du public, cela nous aidera à suivre. Je vais prendre la question suivante qui n'a pas été soulevée publiquement. Mais c'est du Dr Amary Fall, qui, pour ceux d'entre vous qui ne connaissent pas son travail, est l'une des rares personnes en Afrique, en Afrique de l'Ouest à faire du travail moléculaire avec des entérovirus et avec EV-D68, a publié de beaux articles qu'il ne s'agit pas d'un problème nord-américain ou européen isolé. Cela se manifeste vraiment dans le monde entier. Et il a posé la question qui, je pense, est dans nos esprits après avoir regardé la présentation de Daniel est, vous savez, avec le creux de 2020, à quoi nous attendons-nous en termes de retour? Et je vais prendre cela un peu dans une direction différente, parce que je pense que nous avons parlé des variations d'une année à l'autre.

[00:43:49] Et mon opinion personnelle à ce sujet est que les entérovirus n'aiment pas les nombres pairs, il n'y a aucune raison pour qu'ils soient venus en 2014, '16, '18, ils ont juste besoin de corps chauds susceptibles de circuler. Et donc certainement, le fait que nous ayons raté la grande année de circulation en 2020 signifierait qu'il y a plus d'enfants sensibles là-bas en 2021, 2022, et dépend vraiment des stratégies d'atténuation en place. Donc, je vais poser la question la plus difficile au groupe avec d'autres virus respiratoires, par exemple, le VRS et peut-être commencer à voir un peu avec la grippe qui était socialement éloignée, n'a pas vu de périodes de circulation normales. Nous commençons à voir des signes d'émergence non saisonnière, en particulier avec le VRS en Australie, où ils ont eu une, une épidémie de VRS assez importante qui n'était pas dans leur saison typique de VRS. Donc, quand on voit les entérovirus revenir parce que je répondrai au titre de cette présentation de Carlos, "Est-ce que les entérovirus vont revenir ?" Oui, il le feront. On ne sait pas lequel, on ne sait pas quand.

[00:44:52] Mais quand ils reviennent, vous attendriez-vous à ce qu'ils réapparaissent dans nos régions tempérées où ils apparaissent généralement en été pour tomber, qu'ils réapparaissent dans cette période spécifiée ? Ou devrions-nous étendre notre surveillance comme, vous savez, le CDC l'a fait avec certains de ses réseaux de surveillance pour rechercher une circulation non saisonnière ? Pourraient-ils apparaître en hiver, pourraient-ils apparaître dans une saison à laquelle nous n'étions pas vraiment préparés ? Et quiconque veut sauter sur cette grenade haute n'hésite pas.

Dr Heba Mostafa : [00:45:21] Peut-être que je peux commencer par donner un peu de nos propres données du laboratoire clinique pour la saison. Vous avez donc raison de dire qu'il s'agit d'une saison grippale très particulière ou d'une saison de grippe araignée qui s'avère n'être vraiment pas la saison grippale. Nous n'avons donc pas vu de grippe ou de VRS jusqu'à récemment, lorsque nous avons commencé à en voir très, très peu, comme peut-être trois VRS et trois grippes. Mais nous n'avons pas arrêté de voir des choses positives dans le grind/anthro. Nous avons donc vu des points positifs pendant toute l'année. Le nombre total a été inférieur à celui d'un placard conventionnel ici. Mais aussi le montant, le nombre total de tests était également inférieur car les cliniques étaient fermées et de nombreux cabinets étaient fermés. Mais c'était fascinant que le, le panneau respiratoire étendu entéro-rhino soit comme la, la principale, la principale cible détectée puis suivie par un ve- par très peu de cas d'ajout de virus.

[00:46:23] Nous avons été des virus entéro-rhino nous avons commencé à faire cela, ceci en 2019 et nous continuons à regarder 2020 spécimens. Et c'est en fait remarquable parce que vous… comme, comme je l'ai mentionné, ces essais des panels étendus, ils ne font en fait pas la différence entre les rhinocéros et les entérovirus. Nous avons donc commencé en fait notre algorithme en testant ces positifs avec un essai PCR un peu plus spécifique qui peut être plus spécifique pour les entérovirus, et un très, très petit pourcentage de ceux-ci était positif avec cet essai plus spécifique indiquant que le principal virus circulant est en fait un rhinocéros, puis dans ces points positifs, nous les avons séquencés avec Sanger, il y a la méthode pour, pour taper. Et c'était intéressant de voir fondamentalement, aussi, qu'un grand pourcentage d'entre eux étaient liés au rhinocéros. Et puis dans les tout petits nombres de ce type et pour entero, nous avons vu plus d'entérovirus, D68 et 2020, qu'en 2019.

[00:47:37] Mais c'est toujours comme un petit nombre. Alors nous, nous… Je, je devrais dire que nous avions l'entérovirus D68, circulant en 2020. Alors pourquoi, pourquoi n'avons-nous pas vu d'épidémies et ainsi de suite ? Je pense que c'est toujours à cause du modèle unique de l'année avec la distanciation sociale et tout ce qui est en place, mais il est également remarquable qu'il ait circulé. Je vais donner, donner la chance à quelqu'un d'autre de se lancer.

Dr Adriana Lopez : [00:48:06] Eh bien, je voulais juste dire qu'avec les sites NBSN, il y a quelques sites qui testent toute l'année. Donc, ils le regardent aussi. Mais nous lançons également un projet avec nos programmes d'infections émergentes et deux sites pour effectuer une surveillance des entérovirus en examinant des maladies neurologiques plus graves, mais cela sera également utile pour examiner la circulation des entérovirus.

Dr Kevin Messacar : [00:48:34] Et j'ajouterais simplement nos données locales, nous avons testé plus de 400 spécimens en 2020 et, et nous n'en avions pas un seul et ceux-ci sont tous positifs pour EVRV dans les données du Bihar ont un seul bien positif pour EV-D68 moi avait été inégal comme on l'a vu dans et BSN où certaines zones ont vu une petite quantité de circulation. Mais, à l'échelle nationale, nous n'avons pas vu une grande épidémie. Dr Mostafa, vous avez soulevé une autre question à laquelle je vais amener Daniel et Adriana et qui est quelque chose que personne n'a été en mesure de m'expliquer jusqu'à présent. J'ai mes propres théories. Mais pourquoi les rhinovirus sont-ils apparus en premier ? Lorsque nous avons vu des virus respiratoires commencer à réapparaître après le verrouillage initial, cela… pourrait-il s'expliquer par la non-existence des différents virus, le SRAS-CoV-2 étant le plus élevé et continuant à circuler avec le manque d'immunité là, le virus du rhinocéros pourrait potentiellement être inférieur ou inférieur au SRAS-CoV-2, mais, EV 68, potentiellement inférieur à cela. Pourquoi voyons-nous des rhinovirus émerger, mais nous n'avons pas vu autant de maladies à entérovirus ?

Parc Sang (Daniel) Woo : [00:49:44] Malheureusement, je ne sais pas non plus. C'est quelque chose que nous voulions tous savoir, mais j'ai entendu des hypothèses ci-dessus, peut-être quelque chose à voir avec certains virus enveloppés et certains d'entre eux non enveloppés. Mais je n'ai aucune réponse pour savoir pourquoi les rhinovirus sont. Mais il semble que ce soit une tendance très persistante dans différents pays, pas seulement aux États-Unis. Nous le voyons dans les pays asiatiques, les pays européens qui, même avant de penser que même lorsque d'autres agents pathogènes respiratoires ne sont pas revenus lorsque d'autres agents pathogènes respiratoires sont pratiquement morts, les rhinovirus semblent persister dans ces pays.

Dr Kevin Messacar : [00:50:32] Ouais

Dr Heba Mostafa : [00:50:32] que heureusement [

Dr Kevin Messacar : [00:50:33] diaphonie 00:51:00] -Adriana et vous pourriez circuler autour-

[00:50:34] [rires].

[00:50:35] [rires].

Dr Adriana Lopez : [00:50:36] Ouais, malheureusement, je n'ai pas vraiment de questions supplémentaires [rires]. Retour sur ce que Brian a dit, c'est difficile de vraiment savoir pourquoi mais nous, vous savez, nous allons continuer à y penser et essayer d'explorer différentes choses. Mais, oui, pour le moment, nous ne sommes pas simplement sûrs.

Dr Kevin Messacar : [00:50:59] Et je veux faire un point pratique rapide dans la question deux, après deux et Mostafa, il y a quelques commentaires qui arrivent sur le genre de mauvaise qualité des données génomiques des séquences qui sortent sur EV 68. Et faites également remarquer que nous avons beaucoup parlé de l'EV 68 aujourd'hui, mais nous savons que d'autres entérovirus non poliomyélitiques peuvent également causer l'AFM, il faut donc les rechercher et en être conscients. Mais sur une question pratique, pour que les spécimens qui vous parviennent vous permettent de récupérer le génome entier, que peuvent faire les cliniciens de garde pour savoir quels sont les meilleurs spécimens à prélever ? Dans quel média les mettre ? Quel moyen de transport comment vous les faire parvenir avec les meilleures chances d'obtenir des données de la plus haute qualité une fois qu'elles ont atteint votre laboratoire ?

Dr Charles Chiu : [00:51:49] Alors peut-être que je peux m'attaquer à ça. Donc je, je pense que Kevin, vous aviez deux questions là-bas. La première question concernant les métadonnées concerne l'importance des métadonnées et des bases de données de séquences. Je vais aborder l'autre question, qui concerne l'acquisition d'un échantillon, je veux dire, donc généralement notre intérêt est donc pour la récupération de la séquence du génome, c'est vraiment ce que nous voulons, nous voulons obtenir essentiellement de l'ARN intact de pleine longueur. Et parce que l'ARN est, est généralement assez labile, nous aimerions qu'un échantillon, idéalement, soit essentiellement congelé dès que possible ou, ou actuellement pour des essais cliniques. En règle générale, les exigences de stabilité des échantillons sont qu'ils soient congelés dans les six heures suivant le prélèvement, ce qui n'est pas toujours possible. Mais, mais pour que nous puissions rapporter, disons, un résultat clinique, soit d'un test métagénomique, soit d'un test PCR direct, il doit être congelé dans les six heures et conservé congelé.

[00:52:48] En ce qui concerne le type d'échantillon réel, nous avons principalement examiné les écouvillons nasaux dans l'UTM ou le VTM, bien que je sois conscient que nous ayons également fait des études de la salive de la même manière, car il y a eu un intérêt à déplacer potentiellement la salive. Nous n'avons pas vu, je pense que nous n'avons pas vu les mêmes, les mêmes tendances qu'avec le SRAS-Coronavirus-2 où nous voyons en fait des charges virales plus élevées dans la salive. Alors, mais que penseriez-vous qu'il puisse y avoir une charge virale comparable, donc la salive pourrait être un type d'échantillon intéressant à valider, en particulier parce que vous savez, de nombreux groupes collectent de la salive, vous savez, pour le SRAS-CoV-2, au moins chez, chez les patients externes ou en cas d'infection asymptomatique.

[00:53:33] Donc, et c'est un échantillon plus facile à prélever qu'un prélèvement nasal pharyngé. Donc, en ce qui concerne, tant que cela n'a pas été pensé, sur plusieurs freestyles, ou dans votre citation précédente, ou à d'autres fins, je veux dire, généralement, nous voulons essentiellement aussi frais à échantillonner que possible fraîchement congelés pour le séquençage génomique . En ce qui concerne les titres réels, nous avons réussi. Nous utilisons donc une variété de méthodes pour, pour réellement détecter les entérovirus… pour séquencer un génome d'entérovirus. Et c'est principalement parce que les entérovirus peuvent avoir des titres très bas. Et, et ça dépend vraiment… surtout chez, chez les patients atteints de myélite flasque aiguë où la- leur présentation peut être plusieurs jours, dans certains cas, des semaines après l'apparition des symptômes.

[00:54:22] Ainsi, parce que le titre est très faible, nous avons adopté une variété de méthodes pour effectuer le séquençage du génome. Ainsi, ils incluent une méthode d'amplicon de carrelage où vous concevez essentiellement des amorces à travers le génome et exécutez la PCR de plusieurs réactions PCR en même temps. C'est l'idée. Nous utilisons également une méthode d'enrichissement d'amorces enrichies qui a été développée dans mon laboratoire, où nous enrichissons essentiellement les séquences d'entérovirus D68, et nous augmentons la sensibilité du séquençage métagénomique. Et puis il y a une autre méthode, qui est une méthode de sonde de capture pour l'enrichissement également. En général, si, si le seuil de cycle par PCR est inférieur à 32, nous avons assez bien réussi à obtenir le génome entier, s'il est supérieur à 32, alors nous pouvons dans certains cas obtenir un séquençage partiel du génome, ou nous pouvons, comme l'a commenté le Dr Mostafa. sur, nous pouvons choisir de restreindre notre séquençage pour dire la région du gène VP1 à des fins de typage.

[00:55:15] Mais en général, nous préférons que la psychothérapie soit inférieure à 32, bien que nous ayons réussi à récupérer des génomes jusqu'à 38. Alors mais, mais c'est vraiment un peu sommaire ou, votre capacité à récupérer les génomes à ce niveau. La, la deuxième question que vous avez posée et qui est vraiment pertinente en termes de métadonnées cliniques dans notre expérience était le SRAS-CoV-2, l'un des principaux problèmes n'est pas le problème de ne pas pouvoir obtenir de métadonnées cliniques, c'est le problème qui ça, ça dépend vraiment de qui fait le séquençage et comment on fait le séquençage. Ainsi, par exemple, les agences de santé publique procèdent au séquençage des méthodes de surveillance, il existe souvent de nombreuses restrictions concernant les métadonnées que vous pouvez réellement fournir et collecter.

[00:55:57] Ainsi, dans certains cas, nous avons eu des difficultés, par exemple, à même fournir la date de collecte. Parce que la date de collecte est considérée comme potentiellement ouais, vous savez, une information d'identification idéale. Donc, je, je pense que c'est un défi non seulement en ce qui concerne les entérovirus, mais en ce qui concerne le séquençage viral en général, en termes de fourniture de métadonnées. Je suis entièrement d'accord avec tout le monde sur le fait que les métadonnées sont essentielles pour pouvoir comprendre, vous savez, la pertinence clinique et l'importance des informations de séquençage. En fait, sans doute, les informations de séquence sans métadonnées sont, sont, sont proches. C'est très, très, pas très utile. Mais ce qu'il faut vraiment faire, c'est plus de coordination entre les hôpitaux qui peuvent fournir un lien de métadonnées cliniques pour dire ceci, la séquence génomique et les informations sur les patients et plus de coordination entre les hôpitaux et les agences de santé publique du comté et de l'État et nationales comme moyen de fournir un, un réseau plus centralisé non seulement pour faire le séquençage, mais aussi pour acquérir les métadonnées.

Dr Kevin Messacar : [00:57:00] Merci beaucoup Charles. Nous atteignons donc le sommet de l'heure. Donc, pour résumer brièvement pour nos cliniciens là-bas, je, je… les points que je tirerais de Charles sont particulièrement intéressants pour ce groupe. Et les cas d'AFM, nous sommes déjà derrière la boule huit et que ces patients sont généralement environ une semaine après leur apparition prodromique respiratoire, c'est donc à ce moment-là que les titres viraux vont être plus bas. Donc, vous voulez obtenir cet échantillon dès que vous soupçonnez l'AFM. Actuellement, le spécimen de référence est un spécimen nasal pharyngé qui est le spécimen de chatouillement cérébral profond. Jusqu'à ce que nous obtenions de meilleures données, nous menons une étude sur notre site financée par le CDC pour examiner la courbe d'excrétion de l'EV 68. Nous effectuons donc des prélèvements en série d'enfants sur 21 jours pour voir combien de temps ils ont excrété le virus. Et dans le cadre de cela, nous allons en fait essayer de valider les écouvillons intermittents, donc pas tout le chemin du retour, mais un peu plus superficiels. Et beaucoup d'entre nous étaient faits pour le SRAS-Cov-2, et nous recevons également de la salive.

[00:57:55] Donc, les gens sont intéressés à collaborer. Le Dr Hai Nguyen-Tran ici coordonne une étude dont vous devriez avoir un échantillon pour collaborer avec d'autres, ce serait vraiment bien si nous avions un échantillonnage moins invasif, si possible. Et si je devais résumer toute cette discussion, nous avons commencé par une, une merveilleuse présentation sur les prévisions pour l'avenir. Mais je pense que même Daniel vous dira que nos prédictions ne sont aussi bonnes que les hypothèses sur lesquelles elles sont fondées. Et là on ne peut pas parfaitement prédire l'avenir, je pense qu'Adriana dira qu'on peut se préparer à ce qui pourrait arriver. Donc, je pense que la préparation est une discussion différente de la prédiction et que nous essayons d'utiliser les meilleures données que nous pouvons pour prédire les saisons à venir. Nous pouvons vraiment contrôler nos préparations. Ensuite, je pense que le CDC du côté de la santé publique, ce groupe de travail, le groupe des parents travaille tous pour faire de notre mieux pour, pour se préparer, si cela revient, que nous sommes plus prêts à obtenir de bons échantillons, à aller mieux séquençage de ces échantillons, afin d'obtenir de meilleures informations pour, espérons-le, à l'avenir, fournir de meilleurs soins en termes de traitement et de prévention pour ces enfants.

[00:59:02] Donc, j'apprécie l'ensemble de notre panel pour toute votre expertise et vos contributions. Quelle merveilleuse façon de commencer la conversation avec Robin Roberts dans le grand succès et d'avoir un code ICD. N'oubliez pas qu'en octobre, vous pouvez désormais coder un patient au moment du diagnostic avec un code de diagnostic pour l'AFM, ce qui aidera tous nos efforts futurs. Et j'encourage tous les nouveaux membres du groupe de travail à se joindre à ces appels mensuels. C'est un groupe de collaboration vraiment formidable, nous sommes impatients de travailler avec vous tous à l'avenir. Et je le transmettrai à Carlos pour clore les choses.

Dr Carlos Pardo : [00:59:39] La seule chose que j'aimerais ajouter est notre grand merci à tous les panélistes, à Daniel, à Charles, à Heba, à Adriana, à Robin et Kevin merci beaucoup d'avoir joué le rôle de modérateur. Et à vous tous merci de participer à ce forum virtuel. Encore une fois, veuillez noter dans vos calendriers que chaque jeudi, le troisième jeudi, le prochain que nous aurons aura lieu le 22 avril, à 2h00, heure de l'Est, et j'apprécie qu'il y ait eu de nombreux participants d'autres régions du monde. Je vois des participants du Japon, d'Afrique, des Pays-Bas et d'Europe. Merci beaucoup d'avoir été disponible pour cette rencontre. Et nous espérons que vous pourrez continuer à nous rejoindre pour le prochain symposium virtuel. Et restez en sécurité et merci à vous tous d'avoir participé à ce panel et à ce symposium. Et maintenant, au revoir.