Une nouvelle analyse des séquences métagénomiques de patients atteints de myélite flasque aiguë révèle des alternatives à l'infection à entérovirus D68
Un résumé de l'article de Greninger et al. "Une nouvelle souche d'entérovirus D68 épidémique associée à des cas de myélite flasque aiguë aux États-Unis (2012-14) : une étude de cohorte rétrospective" a été publié sur le blog SRNA En novembre 6, 2015.
Breitweiser, Pardo et Salzberg ont récemment publié un article qui a réanalysé les données de cette étude. Ils ont utilisé les données disponibles du séquençage métagénomique du fusil de chasse pour réanalyser 31 échantillons de l'étude précédente publiée par Greninger et. Al. dans Lancet Infect Dis 2015 ; 15; 671–82. L'analyse de séquençage métagénomique consiste à prélever de l'ADN ou de l'ARN, le matériel génétique des organismes, à partir d'échantillons humains et à les analyser pour déterminer s'il existe de l'ADN provenant d'agents pathogènes bactériens ou viraux. L'étude originale avait examiné 48 échantillons de patients qui se sont rendus à l'hôpital pour enfants du Colorado ou à l'hôpital pour enfants de Los Angeles du 24 novembre 2013 au 11 octobre 2014, ou de personnes identifiées par le département de la santé publique de Californie entre le 1er janvier 2012 et 4 octobre 2014. 25 d'entre eux ont reçu un diagnostic de myélite flasque aiguë (AFM), deux d'encéphalite associée à l'entérovirus (inflammation du cerveau), cinq avaient une maladie des voies respiratoires supérieures associée à l'entérovirus D68 et 16 avaient une méningite ou une encéphalite aseptique et aussi testé positif à l'entérovirus. Breitweiser, Pardo et Salzberg ont trouvé dans leur ré-analyse, deux échantillons qui avaient plus de séquences de bactéries que l'entérovirus D68. Un individu sans AFM avait des séquences bactériennes de Haemophilus influenzae. L'autre personne avait l'AFM et avait des séquences bactériennes de Staphylococcus aureus. Des études antérieures ont montré que S. Staphylococcus peut être associée à des problèmes neurologiques comme la myélite et la méningite. Les auteurs suggèrent que même s'ils ne peuvent pas savoir si ces infections bactériennes ont contribué aux symptômes des deux individus, ils soutiennent qu'elles devraient être considérées comme un facteur potentiel ayant conduit à leurs symptômes. De plus, ils ont découvert que les données téléchargées contenaient beaucoup d'ADN humain, même si les auteurs des articles originaux avaient déclaré avoir retiré l'ADN humain. Les auteurs notent cependant qu'il s'agit d'un problème courant dans ce type de recherche. Les auteurs ont également déclaré qu'il est important que les chercheurs publient les données de séquençage des gènes afin que d'autres chercheurs puissent vérifier les résultats des études.
Article original : Breitwieser FP, Pardo CA et Salzberg SL. La réanalyse des séquences métagénomiques de patients atteints de myélite flasque aiguë révèle des alternatives à l'infection par l'entérovirus D68 [version 2 ; arbitres : 2 approuvés] F1000Research 2015, 4:180.
