Carlos Pardo 博士： [00:00:00] 大家下午好。 这是急性弛缓性脊髓炎工作组 XNUMX 月份的会议。 非常感谢美国和其他国家参加会议的每一个人。 急性弛缓性脊髓炎工作组由临床科学家、研究人员、医疗保健提供者和家长组成，他们专注于了解急性弛缓性脊髓炎，尤其是急性弛缓性脊髓炎的改善，尤其是急性弛缓性脊髓炎的护理和改善脊髓炎以及受这种疾病影响的患者的护理和医疗保健。 今天我们有一个虚拟论坛，该论坛将重点讨论最近发表在《科学转化医学》上的一篇关于肠道病毒循环的论文。

[00:01:05] 但在我们继续论坛之前，我想宣布一些消息。 第一个公告是急性弛缓性脊髓炎工作组每月召开一次会议。 第三个，这个月的第三个星期。 下次会议将于 22 月 XNUMX 日举行。我鼓励大家参加虚拟会议，因为会议将重点关注全球急性弛缓性脊髓炎的现状。 我们将有来自世界各地具有急性弛缓性脊髓炎经验的研究人员和科学家参与。 我们想从他们那里了解与美国不同的世界其他地区的急性弛缓性脊髓炎的情况。 第二个公告是急性弛缓性脊髓炎自然史研究正在进行中。 它由 NIH 发起，位于伯明翰的阿拉巴马大学。

[00:02:00] 因此，这包括 30 多个医疗中心，这些医疗中心一直在招募患有急性弛缓性脊髓炎或模仿者的患者来研究这种疾病。 因此，我们鼓励美国各地的所有人和有患者或疑似患者的临床医生与我们联系，以防有兴趣转介患者进行研究。 我们非常感兴趣，并且保持警惕并准备好应对 2021 年和 2022 年可能爆发的急性弛缓性脊髓炎。再次强调，基于 UAB 的急性弛缓性脊髓炎自然历史研究，David Kimberlin 博士是这项研究。 我的意思是，所有的小组基本上都处于高度警惕状态，开始招募和评估患有这种疾病的患者。 通过这个简短的介绍，我想把麦克风交给我的同事，科罗拉多大学的 Kevin Messacar 博士，他将担任本次研讨会的主持人。 凯文。

凯文·梅萨卡博士： [00:03:14] 非常感谢，卡洛斯，感谢你组织这次会议，希望这将是一次有趣和信息丰富的会议。 在我们开始之前，我非常高兴能够介绍 Robin Roberts 来为我们的工作组和整个 AFM 做一个非常激动人心的宣布。 Robin 和我记得是在 2014 年认识的。现在已经好几年了。 她是 AFM 最出色的家长倡导者之一。 她与 AFM 协会一起所做的工作令人难以置信，我会让她告诉你一些她的故事，并在我们进入小组之前做出激动人心的宣布。 你可以继续，罗宾。

[00:03:59]是的。

罗宾·罗伯茨： [00:04:00] 谢谢 Messacar 博士，也感谢工作组允许我在今天下午花一些时间做一些介绍。 我的儿子卡特在 2016 年突然被诊断出患有 AFM，当时他三岁半，一夜之间成为受影响严重的患者之一，在几个小时内就依赖通气管。 除了最终尝试当时可能构想的所有诊断之外，实际上，只能重新控制几个脚趾。 因此，不幸的是，他在 2018 月去世了，哦，对不起，XNUMX 年 XNUMX 月。通过工作组，通过 AFM 社区，一直在寻找倡导、筹款和有所作为的方法。 但是，我也专业从事医疗保健工作。 因此，我知道的一件事……抱歉，我知道的一件事是保险公司需要编码来识别患者、调整保险范围并了解患者的情况。 这是我们可以告诉保险公司，甚至是寻找患者数据的研究人员如何找到人的为数不多的方法之一。

[00:05:12] 因此，为了停止给 pa- 贴上标签，给患者贴上一般诊断或不适合我们现在能够在临床上定义和鉴定为急性弛缓性脊髓炎的特定诊断的标签。 前年，我试图获得一个特定的代码，可以适用于每项索赔，无论你是，你在急性期住院，你正在处理可能与肺科医生或治疗师有关的次要问题，或者甚至多年后，当您仍在努力取得进步时。 因此，今年或就在去年，在 CDC 的支持下，在 CDC 的支持下，Janell Routh 博士和 Kevin Messacar 博士在场，我可能已经在推特上向太多人发送过消息在过去的五年里，我说过我一个人做不到。 他们说我没有……我没有，我的临床相关性不够。 因此，他们来帮助我，帮助对抗 CDC 流程中的一些健康信息管理，以获得特定代码。

[00:06:11] 在他们和社区的支持下，我们很高兴地宣布，从今年 1 月 04.82 日开始，医生可以通过医生在索赔中注明代码。 因此，代码 GXNUMX 可用于消除编码中的差异，定义这些患者是谁，识别他们，量化他们。 这将有助于指导研究、治疗、设备和设备的联合医疗保险，并最终帮助跟踪并更好地管理和支持这整个人群。 所以，感谢 Kevin Messacar 博士。 再次感谢工作组抽出宝贵时间。 很高兴我们现在能够拥有它。

卡洛斯·帕多： [00:07:01] Robin 你介意重复 AFM 的代码是 G 吗？

罗宾·罗伯茨： [00:07:06] G0482。 因此，G04.82 正式成为整个代码百科全书的一部分。 它可以与您的患者的其他症状和其他事情相结合，作为患者的初步诊断，然后在所有后续访问中作为与 AFM 相关的任何问题的二次诊断，以帮助我们跟踪这些患者。

凯文·梅萨卡博士： [00:07:33] 非常感谢，罗宾。 这全都归功于您的努力，但也是一个精彩的故事，讲述了工作组如何将家长、临床医生、公共卫生部门和 CDC 聚集在一起，为此提供了支持。 这是一个关于在该领域取得实际进展的精彩故事。 就像你说的，我认为这将有助于量化可能不符合流行病学病例标准的临床诊断病例。 它将帮助家庭解决保险问题，总体上只会帮助我们定义这种疾病并更多地了解它。 因此，再次感谢您所做的所有努力。 而且，真的不能说足够，我多么敬畏你，你能够做到，这是对卡特的荣幸和致敬。 那谢谢啦。

罗宾·罗伯茨： [00:08:20] 谢谢。

凯文·梅萨卡博士： [00:08:23] 那么，接下来我想介绍……博士。 即将成为博士。 Daniel Park，普林斯顿大学博士生，师从 Bryan Grenfell，从事数学建模和流行病学研究。 再次祝贺你，刚刚在《科学转化医学》杂志上发表了一项精彩的建模研究，对自 68 年以来在全国范围内出现的 AFM 病例中肠道病毒 2014 的地理和时间循环进行了更细致的分析。所以，我们将从 Daniel 的简短演示开始，然后我们将打开它，我将介绍我们的其他小组成员。 在我们进行的过程中，请随时在聊天中提出问题，之后我们会将这些问题提交给 Daniel 和小组的其他成员。 所以丹尼尔，你可以把它拿走。

Sang (Daniel) Woo Park： [00:09:18] 非常感谢你的介绍，凯文，感谢你的安排和到来。 我很高兴能够分享我们在流行病学动态方面的工作。 因此，美国的肠道病毒 D68 和对急性弛缓性脊髓炎的影响。 在 2020 年之前，我们每两年就会看到一次 AFM 病例，并且每两年也会报告一次肠道病毒 D68 病例，这表明 D68 和 AFM 之间存在某种相关性。 但是，还有几个问题需要回答。 所以，在这项研究中，我们想问，我们是否可以解释肠道病毒 D68 爆发时间的地理差异，这就是为什么有些州爆发得较晚或较早，我们能否将 D68 爆发和 AFM 爆发的季节性联系起来跨越不同的州。 什么，什么，是什么在推动这种双年展模式？ 为什么我们每两年和每年都会爆发一次？ 然后这种模式，两年一次的模式会继续吗？ 这是，这种状态是不是一直存在？ 这是否意味着我们可以在 2020 年爆发？ 然后我们将……我们从 2019 年 2020 月开始研究这些问题，当 68 年到来时出现了 COVID 和非药物干预、社会疏远等，并想了解这些对 2020 年和未来可能的 DXNUMX 爆发意味着什么.

[00:10:53] 所以这项工作是基于......这项工作建立在我们的合作者 Margarita Pons-Salort 和 CDC 人员的工作之上，他们研究了美国其他肠道病毒爆发的季节性，这表明南部各州比北部各州更早爆发，这揭示了气候在影响肠道病毒传播方面的一些作用。 还有玛格丽塔在肠道病毒 D68 和日本肠道病毒地方病方面的工作，她能够证明这些复杂的爆发动态，尤其是在这里，你可以看到柯萨奇病毒 A2 和 A4 表现出两年一次的模式，就像肠道病毒 D68 一样。 她表明这些模式可以用 SIR 动力学来解释，我们，我们，我们的意思是，具有终生血清型特异性免疫力的人可以解释这些两年一次或什至更复杂的模式。 因此，为了解决这些问题，我们使用来自 BioFire 的数据创建多病原体多重 PCR，一次测试多个覆盆子模式，特别是，它们能够预测 D68 的存在从这些面板数据来看，测试来自鼻病毒、肠道病毒。

[00:12:31] 以前，美国的肠道病毒监测依赖于被动监测，但通过这种基于医院的监测，我们能够更详细地了解 D68 如何在更精细的时间范围内在不同州传播。 所以在这里，我想展示面板 A 中的数据是什么样子的，我们看到来自美国的数据，所以很多数据来自这里的州，你会注意到一些州已经聚集在一起例如，您会发现科罗拉多州和佛罗里达州、佐治亚州和南卡罗来纳州，这是因为出于保密要求，我们必须将这些数据组合在一起。 但总的来说，正如我们在美国、纽约和其他一些地方看到的那样，我们看到每两年爆发一次的明显模式。 但在俄亥俄州等一些地方，我们看到了一种更复杂的模式，似乎每四年就会爆发一次。

[00:13:28] 所以，我们，我们，我们首先想了解这些爆发发生的时间，我们试图将其应用在图 B 中，这实际上是爆发发生的时间，但我们可以证明这些，时间此处指的是重心的爆发点和图 C 和 D 与平均纬度和平均经度相关。 这与早期对其他肠道病毒的研究一致，强调较早的州基本上使南部各州较早爆发，而北部各州较晚爆发，这暗示气候在塑造肠道病毒 D68 传播中的作用。

[00:14:07] 然后我们想将这些模式与 AFM 动力学相关联。 在图 A 中，我们将 D68 爆发显示为条形图和 AFM 编号，AFM 案例显示为红线。 正如我们所见，AFM 爆发和 D68 爆发之间存在非常明显的相关性，尽管存在一些差异，AFM 爆发似乎自 2012 年和 2014 年以来一直在增加，其中 D68 爆发一直相当稳定。 目前尚不清楚这是否代表 AFM 病例的实际增加，或者这仅反映了更好的监测。 我们还看到，AFM 案例似乎比 D68 案例晚一个月达到峰值，我们在图 B 和 C 中对此进行了展示。您也可以在图 A 中看到，但这可能是由数据聚合驱动的。 所以 AFM，我们只是在看国家数据，而我们只在看 BioFire，我们在看大约 20 个州。 因此，它并未涵盖所有州及其差异，根据不同州对 BioFire 面板的使用情况，存在不同级别的监视。

[00:15:37] 但是，尽管如此，在图 D 和 E 中，正如我们展示的那样，所以 D 是 AFM 案例和 D68 案例之间的相关系数图，黄色表示更高的相关性，几乎遍及所有州，有一个，看到正相关。 在图 E 中，我们再次看到存在嘈杂但正相关，黑线代表国家，红线代表每个州。 所以看起来，这些 D68 案例的数量与 AFM 案例之间存在非常明显的正相关关系，其他研究之前也注意到了这一点，我们在这里我们正在寻找可升级的，以更细粒度地看待它在广泛的州范围内扩展。

[00:16:29] 当我们在纽约州、纽约州、犹他州和科罗拉多州查看更精细的数据时，我们再次看到，AFM 病例的时间与 D68 的时间相匹配，AFM 爆发的时间与 D68 的时间相匹配暴发。 而且我们也没有看到我们之前提到的滞后，这再次强调滞后可能是由 BioFire 部署监视的地理差异和某种聚合问题驱动的，而不是反映真正的生物滞后。 所以我们想知道是什么推动了 D68 爆发的两年一次模式？ 为什么D68每隔两年爆发一次？ 因此，我们采用了玛格丽塔的方法。 他们确信他们使用了……无论如何它都被用来研究其他肠道病毒。 因此，从本质上讲，我们可以提出一个假设终身免疫的数学模型。 一旦人们被感染，他们就会完全康复，然后他们就可以……他们不会再被感染。 而且......在这样的模型中，我们可以证明它可以很好地匹配观察到的 DXNUMX 动力学。

[00:17:52] 因此，这里是白色的白色面板硬件，我们尝试将模型与数据相匹配。 橙色是我们试图预测未来动态的地方。 因此，在某些情况下，密苏里州和科罗拉多州犹他州的拟合和预测看起来非常好。 你看一下俄亥俄州的数据，但预测在预测方面有点困难，保证短时间序列可能很困难。 但是当我们尝试包含更多数据时，我们发现我们确实得到了更好的预测，这表明仅肠道病毒 D68 感染的终身免疫确实可以解释动态、爆发动态以及 D68 爆发的每两年一次的模式。 我们想要，我们确实想要强调，这里重要的是，我们的研究表明，原发感染可能很重要。 所以，它不一定排除二次感染的可能性，但只要二次感染不会导致大量传播，它就会与我们的模型一致。

[00:19:12] 我们进一步测试了这些模拟，我们还可以证明，爆发可能不会每两年持续一次，两年一次的模式可能不一定稳定。 那么，当 2020 年到来时，我们现在不得不问，这种流行病对 D68 动态有何影响？ 什么是非药物干预措施，社会疏远措施将对 D68 的传播和流通产生影响。 2020 年初，我们看到其他国家/地区的肠道病毒病例有所下降。 快速下降。 这里我展示的是香港、韩国、台湾。 到 68 月、2020 月左右，他们报告基本上几乎没有肠道病毒病例。 不幸的是，在美国，我们没有数据，特别是因为 BioFire 的 DXNUMX 预测算法依赖于某个特定版本，但在他们的产品更新后变得不再可用。 但我们仍然可以，因为我们仍然可以使用我们的数学模型来尝试预测 XNUMX 年是否有可能爆发。 如果由于疏远措施导致接触率下降，传播率下降怎么办？ 什么，这对未来的爆发意味着什么？

[00:20:48] 因此，我们在这里评估了 68 年 D2020 在各种情况下爆发的可能性，首先是在正常情况下，同时传播减少了 5%、10% 和 20%。 因此，我们在最上面的面板 B 面板中看到，2020 月左右有一条黄色条带，表明 20 年可能会爆发大规模疫情。 但是，正如我们看到的那样，正如我们介绍的那样，随着我们降低传播率，这些条带消失了，这表明即使传播率适度降低 2020% 也可以阻止爆发。 所以，这项工作，这些预测我们最初是在四月份，四月份和三月份左右做出的。 正如我们预测的那样，68 年没有 AFM 爆发，但不幸的是，由于产品更新，我们无法评估是否没有 D68 爆发。 因此，DXNUMX 的报告肯定有所减少，我认为其他人，凯文，包括凯文，可以分享他们从临床、临床见解中获得的见解。

[00:22:07] 那么这意味着什么……什么，将会发生什么，未来爆发会发生什么？ 我们会在 68 年、21 年、2021 年爆发更多的 D2022 AFM 吗？ 我们没有 D68 的数据。 但我们想提及一项由我们小组中的 Rachel Baker 领导的研究，该研究直接试图回答这个普遍适用于地方病的问题，这篇论文她专注于 RSV，但一般结论仍然成立。 所以这个数字我......很好地总结了她的发现。 我想首先指出图 C，所以当非药物干预措施到位时，松动行程显示在哪里，红线显示模型预测。 所以在爆发之前，RSV 显示，它显示出非常清晰的年度流行模式。 但是，当因 COVID 采取非药物干预措施后，RSV 病例迅速下降。 这意味着我们通常会在 2020 年爆发。但由于我们错过了爆发，我们不会让人群产生本来会在人群中产生的免疫力。 因此，我们让敏感性增加，正如我们在此处的蓝色虚线中看到的那样，这更容易受到影响。 随着易感性和人口的增加，最终，当我们解除干预措施时，我们可能会在未来爆发更大的疫情。

[00:23:55] 但是，在面板 A 和 B 的顶行显示了这次爆发的时间和规模方面存在很大的不确定性。而且它还显示了流行病的峰值规模，如您所见，它的范围可以从一到九。 因此，一个是相同的比率，九个是地方性规模增加九倍。 而且下一次流行病何时会发生也存在很大的不确定性，这显示在最底行的高峰日期中，正如您所看到的，可能发生在 2021 年至 2025 年之间的任何时间。这取决于这些干预措施实施的时间长短以及这些干预措施的力度有多大。 但关键要点是，将干预措施放在预防上，预防爆发目前是好的，但它会导致易感人群继续增加，因为我们错过了爆发，这可能导致未来爆发更大的爆发。

[00:25:05] 因此，总而言之，我们的研究能够证明 D68 和 AFM 病例之间存在很强的时空相关性，为它们的因果关系提供生态学支持。 我们还预测，在正常情况下，68 年可能会发生 D2020 大爆发。 但是，由于当前的干预措施导致的接触率下降可能阻止了 D68 爆发和可能的 AFM 爆发。 但是，这意味着易感人群将开始增加，并且在未来的某个时候，我们可能会爆发更大的疫情。 因此，我们都想感谢合作者和工作人员，尤其是 CDC 以及纽约和科罗拉多州公共卫生部门的人员，他们也分享了他们的数据。 非常感谢。

凯文·梅萨卡博士： [00:26:10] 非常感谢你，丹尼尔。 那真是太棒了。 并且将是小组中提问的一个很好的起点。 再次鼓励观众继续在聊天中提出您的问题，我们会在他们进来时尝试解决它们。我将解决前几个问题，但首先，我想介绍小组的其余部分。 我想从 Adriana Lopez 博士开始，她是疾病控制和预防中心急性弛缓性脊髓炎小组的流行病学专家，该小组多年来一直致力于此，并且是美国 AFM 流行病学专家之一. Charles Chiu 博士是 UCSF 的医学博士、博士传染病医师和研究员、临床微生物学家和测序专家，他在 EV-D68 分离株测序方面做了很多工作，现在您可能会看到他做的很多一些 SARS-CoV-2 变体的测序，并从分子流行病学方面和事物的临床微观方面带来了非常独特的视角。

[00:27:19] 我介绍了 Daniel Park 博士，他将留任，我们的最后一位小组成员将是来自约翰霍普金斯大学的 Heba Mostafa 博士，我今天刚认识他，但我知道他在流行病学方面做了很多工作通过约翰霍普金斯大学的努力，肠病毒分离株的监测和测序。 所以，我认为我们今天有一个很棒的小组。 希望这可以解决您的很多问题。 我认为很多答案在未来都是未知的，但是使用 Gen ...... Daniel 的数据作为起点，我们将尝试就准备工作以及我们可以做些什么来期待赛季进行一些很好的讨论来。 我将从聊天中出现的前几个问题开始，这些问题与 BioFire 平台上的 EV-D68 签名有关。 我将在 BioFire 的这个临床测试平台上从头开始。 对于那些不太熟悉的人来说，BioFire 是一家提供临床测试平台的商业公司。 他们的呼吸道病原体面板是一个多重 PCR 面板，可以测试几种呼吸道病毒和一些细菌。 其中一个目标是肠道病毒，即鼻病毒目标，该病毒家族的基因仍然相似。 他们没有报告它是否是犀牛病毒，是肠病毒还是那种类型的肠病毒。

[00:28:48] 然而，他们意识到，当他们开始开发他们的趋势程序时，他们通过该程序从中心获得去识别数据，这些中心签署以获得他们的测试结果并提供病原体的流行病学实时监测正在通过您的系统区域的国家/地区，这可能会对改善我们对肠道病毒 D68 的监测产生一些影响，我们中的许多人都知道这种病毒没有临床可用的测试。 2014 年爆发后，CDC 确实是唯一可以进行 EV-D68 检测的地方。 之后，一些机构开发了他们自己的 EV-D68 特异性 PCR，但通常无法用于临床。 因此，流行病学数据主要是全国性的，当我们看到 EV-D68 出现时，当我们看到 AFM 病例出现在 Daniel 数据中时，就会深入挖掘签名。 BioFire 在我发布的论文中所做的不是这项工作的一部分，而是在这项工作之前，他们采集了这些 EDRV 已知样本，他们运行了 EV 68 特异性 PCR 以了解其中哪些是 EV 68，哪些一些不是，然后使用一些机器学习来研究犀牛肠目标的熔化曲线的复杂性，这些目标是逐个分析的。 但是，在更大的流行病学范围内，当他的 EV 68 出现在该国的哪些地区时，能够以热图的方式告诉我们，在那个时候一直回到 RPP 测试开始使用 BioFire 的时间。 这使我们能够对这些地区的 AFM 案例与 EV 68 流通之间的关联进行更精细的分析。 在回答第二个问题时，Daniel 在我评论的最后插入的真正不幸的部分是，这个签名最近丢失了，因为该小组升级到包含 SARS-CoV 的 RPP 2.1- 2 目标，现在已经失去了拥有这个 EV 68 签名的能力。 因此，我们可以从过去的模式中学习，但我们将无法在未来以相同的健壮性水平继续使用它。 所以我将停止占用那里的小组讨论。 但是 Mostafa 博士，或者其他提出这些问题的人，就 BioFire 签名而言，这是否回答了你的问题？ 再一次，我建议您参考 Myers 和 JCB 的那篇论文。

Heba Mostafa 博士： [00:31:40] 谢谢。 是的，这很棒。

凯文·梅萨卡博士： [00:31:45] 好的。 我必须快速扫描聊天记录，因为我正在说话。 让我们从之后出现的第一个问题开始。 有什么方法可以使用这些工具来预测经济低迷期间病毒的潜在演变？ 对于那些不知道的人，您是否期望当前 B3 和 A2 和 D 的变化增加？ 文献中关于 A2 与 D 的名称存在一些差异，子进化枝是否会由于缺乏病例和由此产生的免疫选择而受到限制？ 这是一个很好的问题，如果任何小组成员想加入，我会开始，否则，我指着查尔斯说，首先，他在 SARS-CoV-2 的变体方面做了很多工作，这些是 RNA 病毒，就索赔和演变的变化而言，我们期望在流通量低的年份发生什么？ 你的经验表明什么？

查尔斯邱博士： [00:32:43] 是的，这是一个很好的问题。 而且，你知道，我，我会，我会马上说，我们可能不确定进化会发生什么。 之所以如此，这非常困难，部分原因是如您所知，实际案例很少。 你知道，总体而言，RNA 病毒、肠道病毒、RNA 病毒的病例急剧减少。 对于 RNA 病毒，您会期望突变和选择的出现，以及变异的基本进化，如果您有持续的复制，通常会发生。 因此，一般来说，案例越多，我们就越有可能看到变化。 我预计在这次经济低迷期间，变化可能会减少。 所以，我会在那里……但是，我必须警告的另一件事是，肠道病毒非常非常多，特别是关于肠道病毒，我们并不真正了解。 尽管，你知道，丹尼尔展示的一些……你所知道的工作非常棒。

[00:33:50] 它，它，它仍然是这样的事实，对于许多 ou- 爆发，我们不能确切地知道为什么某些进化枝，或者，或病毒的某些遗传谱系会，会往往占主导地位，比如在给定的爆发与另一次爆发中。 事实上，它实际上有几个原因，其中之一可能包括简单的随机遗传漂移。 所以，我们称之为创始人效应，基本上它恰好发生在易感人群中。 如果你有一个特定的其他一切都相同，例如，如果你有几种肠道病毒株，它们都具有引起 AFM 的能力......而且，而且，在某些情况下，它确实可以是随机的，你恰好在正确的地方与易感人群一起爆发。

[00:34:38] 所以我想说我们目前还不确切知道，我预测我们可能不会看到太大的不同，虽然那肯定是这样，但那肯定是错误的你知道，给定，给定，正如我之前所说，很难准确预测任何给定的爆发与肠道病毒的进化枝有关。 但我确实认为……这个问题真的很重要，我认为它确实突出了实际进行基因组监测的必要性。 所以，Messacar 博士，Kevin 提到了这一点，目前，你知道，如果没有目前，很难用 BioFire 进行监测，因为我们没有能力识别肠道病毒。 但我实际上会更进一步，如果不进行基因组测序，我们将无法识别进化枝。 因此，我认为最终，继续对肠道病毒 D68 进行基因组监测将非常重要，例如，我们目前正在对 SARS-Coronavirus-2 进行基因组监测。

凯文·梅萨卡博士： [00:35:44] Mostafa 博士，您有什么要补充的吗？ 我知道你在痣方面做了很多工作——……分子流行病学……

Heba Mostafa 博士： [00:35:50] 是的，所以我，我也想跟进 Chiu 博士对问题前半部分的解释，这主要是关于可以区分的工具——实际上可以区分不同的进化枝。 并稍微澄清一下我们通常有的不同选择。 因此，肠道病毒临床实验室的诊断方法依赖于检测基因组中的保守区域，即五个主要的 UTR 区域。 而且这个区域通常不区分肠道病毒和鼻病毒。 这与 BioFire 论文也使用了相同的方法。 因此，为了能够查看基因组并识别 D68 与其他基因组或区分不同的子进化枝，我们需要研究更相似的物种或键入基因组中的特定区域，该区域一直是 VP1 区域。 不幸的是，有一些经典的方法可以用 Sanger 测序来做到这一点，但不幸的是，这种方法并不经常用于肠道病毒。

[00:37:09] 这就是为什么我们没有大量关于全国肠道病毒监测的数据。 这种用于结束签名的 BioFire 方法实际上非常非常优雅，因为这是一篇临床使用的论文。 所以如果这种敏感性是可以接受的，你真的可以有很多数据，我认为是这样。 然后我想强调的另一件事是，我们拥有的那些进化枝或子进化枝数据主要基于 VP1 序列，但是没有太多的完整基因组也可以为我们提供更多信息。 因此，实际上要做的就是对我们进行明智的监控，以更好地理解这种循环、进化以及在不同地方循环的不同类型。

凯文·梅萨卡博士： [00:38:10] 非常感谢。 我认为如果我们所有人都同意一件事，那就是我们需要更好的分子流行病学和一般肠道病毒的测序。 对于那些在下一个屏幕网站之前没有看过它的人，任何 XP、SPR AI N 网站都对一系列新出现的病原体进行分子流行病学研究，其中包括肠道病毒 D68，他们采用所有公开可用的、已测序的通过 DP1 分离一个或整个基因组并在全球范围内分离，并对哪些流在何处流通进行良好的系统发育分析和地理分析。 但是，这受到序列来源的极大限制。 所以，如果事情没有按顺序进行，它们就不会出现在那里。 我认为 Mostafa 博士和 Chiu 博士都非常强烈地指出了这一点，即我们需要对更多分离株进行更多测序。

[00:39:07] 接下来我会拜访洛佩兹博士，因为我认为疾病预防控制中心和其他人已经认识到我们的肠道病毒监测长期以来一直是一个相当被动的系统，通过国家肠道病毒监测系统，但已经开始加强努力，包括使用一些额外的监测网络来更好地监测肠道病毒 D68。 那么，洛佩兹博士，你想谈谈 NBSN 和 CDC 的其他一些努力吗？

Adriana Lopez 博士： [00:39:35]当然可以。 谢谢，凯文。 是的，正如凯文提到的那样，我们已经建立了一个新的疫苗监测网络，该网络一直在研究它是一个活跃的、基于人群的前瞻性监测网络。 它适用于 18 岁以下儿童的急性呼吸道疾病。 发生的事情是我们在美国的七个医疗中心招收住院或访问急诊室的孩子。 并从这些患者身上采集标本，然后进行检测。 这最初是针对急性呼吸道疾病，然后我们在几年前添加了 AFM。 因此，他们从 68 月到 XNUMX 月对大多数站点的样本进行了检测，以寻找肠道病毒的传播和分型。 因此，他们将进行测试，一些站点将专门测试所有标本的 EV-DXNUMX，其他站点将仅测试那些肠道病毒、鼻病毒阳性的标本，然后查看这些标本进行测试。

[00:40:40] 因此，这就是我们一直在使用的主动监测方式，用于查看和监测肠道病毒的传播，以帮助我们为 AFM 提供可能的警报。 所以，过去几年我们一直在使用它。 到 2020 年，我不知道你们中的许多人是否知道，正如布赖恩提到的那样，2020 年的病例并不多，正如我们预期或预期的那样。 我们共有 31 例确诊病例。 在 2018 年，我们有 238 个。所以 2020 年更像是一个非高峰年。 我们查看了 NBSN 网站的数据，以了解肠道病毒传播和 EV-D68 传播方面的情况。 我们确实看到一些站点检测到 EV-D68。 但这是非常特定于站点的，并非所有站点都有。 不过，人数很少。 但有趣的是，我们确实看到的数字略高于非高峰年份，但远低于 2018 年的数字。

[00:41:55] 所以看那个很有趣。 他们在 68 月继续对 EV-DXNUMX 进行测试，只是想看看大流行是否可能导致了转移和循环，但他们在 XNUMX 月没有进行任何检测。 我们也在研究我们的国家肠道病毒监测系统，看看是否有办法改进它，这是一个被动系统。 该系统的主要报告者之一是 CDC。 因此，我们可以将样本放入该系统，但这实际上取决于实验室向该系统报告的内容。 因此，希望我们也能增加参与度，以帮助提升该系统。

凯文·梅萨卡博士： [00:42:43] 太好了，非常感谢，阿德里亚娜。 对于那些正在提交问题并对此感到满意的人，请尝试点击按钮将其不仅发送给所有小组成员，也发送给观众，因为我收到了很多非常有趣的评论，但我不认为每个人都可以，可以看到它们。 所以我不认为人们有意私下发送它们。 但是，如果您不介意，请将您的评论发送给所有听众，这将有助于我们跟进。 我将回答下一个未公开提出的问题。 但它来自 Amary Fall 博士，对于那些还没有接触过他的工作的人来说，他是非洲、西非为数不多的从事肠道病毒和 EV-D68 分子研究的人之一，他发表了一些不错的论文这不是一个孤立的北美或欧洲问题。 这确实在全球范围内出现。 在看完丹尼尔的演讲后，他问了我认为我们所有人都在想的问题，你知道，随着 2020 年的低谷，我们对这次回归有何期待？ 我打算从不同的方向来看待这个问题，因为我认为我们已经讨论了每年的变化。

[00:43:49] 我个人对此的看法是，肠道病毒不喜欢偶数，它们没有理由在 2014 年、16 年、18 年出现，它们只需要易于循环的温暖身体。 所以可以肯定的是，我们错过了 2020 年的大流通年，这意味着 2021 年、2022 年会有更多的易感儿童，这实际上取决于采取了哪些缓解策略。 因此，我将向其他呼吸道病毒（例如 RSV）小组提出更具挑战性的问题，并且可能开始看到一些与社会保持距离的流感，没有看到正常的循环周期。 我们开始看到一些非季节性出现的迹象，特别是澳大利亚的 RSV，他们在那里爆发了相当大的 RSV 疫情，这不是他们典型的 RSV 季节。 所以，当我们看到肠道病毒卷土重来时，因为我会回答 Carlos 在本次演讲中的标题，“肠道病毒会卷土重来吗？” 是他们会。 我们不知道是哪一个，也不知道是什么时候。

[00:44:52] 但是当它们回来时，您是否希望它们出现在我们通常在夏季到秋季出现的温带地区，它们会在特定时期再次出现？ 或者我们是否应该扩大我们的监测范围，就像 CDC 对他们的一些监测网络所做的那样，以寻找非季节性循环？ 他们会在冬天出现吗？他们会在我们还没有真正做好准备的季节出现吗？ 任何想跳上那颗高手榴弹的人都可以放心。

Heba Mostafa 博士： [00:45:21] 也许我可以先提供一点我们自己在本赛季临床实验室的数据。 所以你是对的，这是一个非常独特的流感季节或蜘蛛流感季节，结果证明实际上不是流感季节。 所以直到最近我们才看到任何流感或 RSV，当时我们开始看到非常非常少，比如三种 RSV 和三种流感。 但我们并没有停止看到研磨/人类积极因素。 因此，我们全年都看到了积极的一面。 总数比这里的传统壁橱要少。 而且数量，测试的总人数也减少了，因为诊所关闭了，许多诊所都关闭了。 但令人着迷的是，扩展呼吸面板肠犀牛就像是检测到的主要目标，然后是非常少的添加病毒的案例。

[00:46:23] 我们一直在研究肠道犀牛病毒，我们开始这样做，这是在 2019 年，我们将继续研究 2020 年的标本。 这实际上很了不起，因为你……正如我提到的来自扩展面板的那些文章，它们实际上没有区分犀牛病毒和肠道病毒。 因此，我们实际上开始了我们的算法，通过使用一些更具体的 PCR 文章测试这些阳性结果，该文章可能更具体地针对肠道病毒，并且非常非常小的比例是阳性的，这篇更具体的文章表明主要病毒正在传播实际上是犀牛，然后在这些阳性结果中，我们用 Sanger 对它们进行了测序，有方法可以打字。 有趣的是，基本上，其中很大一部分都与犀牛有关。 然后在极少数的这种类型和肠道病毒中，我们看到了比 68 年更多的肠道病毒 D2020 和 2019。

[00:47:37] 但这仍然是一个小数字。 所以我们，我们……我，我应该说我们有肠道病毒 D68，它在 2020 年流行。那么为什么，为什么我们没有看到爆发等等？ 我认为这仍然是因为这一年的独特模式，社交距离和一切都到位，但它一直在流传也很了不起。 我会给，给别人跳进去的机会。

Adriana Lopez 博士： [00:48:06] 好吧，我只想说，对于 NBSN 站点，有几个站点全年都在进行测试。 所以，他们也在关注它。 但是，我们还启动了一个项目，利用我们的新兴感染项目和两个站点进行一些肠道病毒监测，以观察更严重的神经系统疾病，但这也有助于观察肠道病毒的传播。

凯文·梅萨卡博士： [00:48:34] 我只想添加我们的本地数据，我们在 400 年测试了 2020 多个标本，但没有一个标本，比哈尔邦数据中的所有标本均为 EVRV 阳性，有一个 EV-D68 阳性良好我一直参差不齐，就像在 BSN 中看到的那样，某些区域的流通量很小。 但是，在全国范围内，我们没有看到大规模爆发。 Mostafa 博士，你提出了另一个问题，我将把 Daniel 和 Adriana 带入这个问题，到目前为止还没有人能够向我解释这个问题。 我有自己的理论。 但为什么鼻病毒最先出现呢？ 当我们看到呼吸道病毒在最初的封锁后开始重新出现时，这……这是否可以通过各种病毒的不同来解释，SARS-CoV-2 是你知道的最高的病毒，并且在缺乏免疫力的情况下继续传播在那里，犀牛病毒可能比 SARS-CoV-2 少，但可能比 SARS-CoV-68 少，但 EV XNUMX 可能比 SARS-CoV-XNUMX 少。 为什么我们看到了鼻病毒的出现，却没有看到那么多的肠道病毒病？

Sang (Daniel) Woo Park： [00:49:44] 不幸的是，我也不知道。 这是我们一直想知道的事情，但是，我听说上面的假设可能与一些病毒被包封和一些病毒没有被包封有关。 但对于鼻病毒为何存在，我没有任何答案。 但它似乎在不同国家都是一种非常持久的模式，而不仅仅是美国。 我们在亚洲国家、欧洲国家看到，即使以前认为即使其他呼吸道病原体没有卷土重来，当其他呼吸道病原体基本灭绝时，鼻病毒似乎仍在这些国家持续存在。

凯文·梅萨卡博士： [00:50:32] 是的

Heba Mostafa 博士： [00:50:32]幸运的是[

凯文·梅萨卡博士： [00:50:33] 相声 00:51:00]-Adriana 和你可以四处转转-

[00:50:34] [笑]。

[00:50:35] [笑]。

Adriana Lopez 博士： [00:50:36] 是的，不幸的是，我真的没有任何额外的[笑]问题。 关于 Brian 所说的反馈，很难真正知道为什么，但我们，你知道，我们会继续考虑它并尝试探索不同的事情。 但是，是的，截至目前，我们不仅仅是不确定。

凯文·梅萨卡博士： [00:50:59] 我想就问题二提出一个快速实用的观点，在问题二和 Mostafa 之后，有一些评论是关于 EV 68 上出现的基因组数据质量差的。还要指出的是，我们今天谈了很多关于 EV 68 的问题，但我们知道其他非脊髓灰质炎肠道病毒也可能导致 AFM，因此需要寻找并了解它们。 但在一个实际问题上，对于来找你的能够恢复整个基因组的标本，就收集的最佳标本而言，随叫随到的临床医生可以做什么？ 将它们放在什么媒体中？ 一旦它们到达您的实验室，是什么传输方式让您最有可能获得最高质量的数据？

查尔斯邱博士： [00:51:49] 所以也许我可以解决这个问题。 所以我，我认为凯文，你在那里有两个问题。 第一个问题是关于元数据的，元数据和序列数据库的重要性。 我将解决另一个问题，即样本采集，我的意思是，通常我们的兴趣是基因组序列恢复，我们真的想要，我们想要获得基本上全长的完整 RNA。 而且由于 RNA 通常非常不稳定，我们希望样本在理想情况下尽快基本冷冻，或者目前用于临床论文。 我们通常对标本稳定性的要求是在采集后六个小时内将其冷冻，但这并不总是可能的。 但是，但我们要报告说，临床结果，无论是来自元基因组测试还是直接 PCR 测试，都应该在六个小时内冷冻，并保持冷冻。

[00:52:48] 就实际样本类型而言，我们主要研究 UTM 或 VTM 中的鼻拭子，尽管我知道我们实际上也一直在做一些研究唾液的类似情况，因为有兴趣移动可能移动的唾液。 我们还没有看到我认为我们还没有看到与 SARS-Coronavirus-2 相同的趋势，我们实际上看到唾液中的病毒载量实际上更高。 那么，但是您认为病毒载量可能具有可比性，所以唾液可能是一种有趣的样本类型，需要进行验证，尤其是因为您知道，许多团体正在收集唾液，您知道，至少在门诊患者中，您知道，至少在门诊患者中或无症状感染者。

[00:53:33] 因此，它比鼻咽拭子更容易收集样本。 所以关于，只要没有想到，在多个自由泳上，或者在你之前引用过的，或者用于其他目的，我的意思是，通常我们想要基本上尽可能新鲜的样品新鲜冷冻用于基因组测序. 关于实际效价，我们已经取得了成功。 因此，我们使用多种方法来实际检测肠道病毒……对肠道病毒的基因组进行测序。 这主要是因为肠道病毒的滴度可能非常低。 而且，这真的取决于……尤其是在急性弛缓性脊髓炎患者中，他们的表现可能会持续数天，在某些情况下，甚至会在症状出现后数周出现。

[00:54:22] 因此，由于滴度非常低，我们采用了多种方法进行基因组测序。 因此，它们包括一种平铺扩增子方法，您基本上可以在整个基因组中设计引物，并同时运行多个 PCR 反应的 PCR。 就是这个主意。 我们还使用我们在我的实验室开发的加标引物富集方法，我们从本质上丰富了肠道病毒 D68 序列，并提高了宏基因组测序的灵敏度。 然后还有另一种方法，也就是用于富集的捕获探针方法。 一般来说，如果 PCR 的循环阈值小于 32，我们已经非常成功地获得了整个基因组，如果它高于 32，那么我们可以在某些情况下进行部分基因组测序，或者我们可以像 Mostafa 博士评论的那样在上，我们可能会选择限制我们的测序以说出 VP1 基因区域以用于打字目的。

[00:55:15] 但总的来说，我们更希望心理治疗少于 32，尽管我们已经成功地恢复了高达 38 的基因组。所以，但是，但这真的有点粗略，或者，你的能力在那个水平上恢复基因组。 根据我们的经验，您提出的第二个与临床元数据真正相关的问题是 SARS-CoV-2，主要问题之一不是无法获得临床元数据的问题，而是它，这实际上取决于谁在进行测序以及我们如何进行测序。 因此，例如公共卫生机构正在对监测方法进行排序，对于您实际提供和收集的元数据通常有很多限制。

[00:55:57] 因此，在某些情况下，我们甚至难以提供收集日期。 因为收集日期被认为是潜在的，是的，你知道的，一个 ide-identification 信息。 所以，我认为，这不仅对肠道病毒而言是一个挑战，而且就提供元数据而言，对于一般的病毒测序来说也是一个挑战。 我完全同意每个人的观点，即元数据对于理解测序信息的临床相关性和重要性至关重要。 事实上，可以说，没有元数据的序列信息很接近。 它非常非常非常不是很有用。 但真正需要做的是医院之间的更多协调，这些医院可以提供临床元数据链接，比如基因组序列和患者信息，以及医院与县、州和国家公共卫生机构之间的更多协调，以提供一种、一种更集中的网络不仅可以进行排序，还可以获取元数据。

凯文·梅萨卡博士： [00:57:00] 非常感谢，查尔斯。 所以我们正处于高峰期。 因此，为我们的临床医生简要总结一下，我，我……我想从 Charles 那里得出的观点是这个群体特别感兴趣的。 而 AFM 病例，我们已经落后于八球，这些患者通常在他们的呼吸前驱症状发作后一周左右，所以那时病毒滴度会降低。 因此，您希望在怀疑 AFM 时立即获取该样本。 目前，金标准标本是鼻咽标本，即深部脑发痒标本。 在我们获得更好的数据之前，我们正在由 CDC 资助的我们的站点进行一项研究，以查看 EV 68 的排出曲线。因此，对儿童进行 21 天的连续拭子检查，以了解他们排出病毒的时间。 作为其中的一部分，我们实际上将尝试验证间歇性拭子，所以不是一直回来，而是更浅一些。 我们中的很多人都在接受 SARS-Cov-2 的治疗，我们也在吸唾液。

[00:57:55] 所以，人们有兴趣合作。 这里的 Hai Nguyen-Tran 博士正在协调一项研究，您应该抽样与其他人合作，如果可能的话，如果我们能进行侵入性较小的抽样，那就太好了。 如果我必须总结整个讨论，我们开始了一个关于未来预测的精彩演讲。 但我认为即使是 Daniel 也会告诉你，我们的预测仅与它们所依据的假设一样好。 而且我们无法完美地预测未来，我想 Adriana 会说我们可以为即将到来的事情做好准备。 所以，我认为准备是一个与预测不同的讨论，我们试图使用我们可以使用的最佳数据来预测即将到来的季节。 我们真的可以控制我们的准备工作。 然后我认为疾病预防控制中心在公共卫生方面，这个工作组，家长组都在尽我们最大的努力，做好准备，如果这真的回来了，我们更准备好获得好的标本，变得更好对这些标本进行测序，以获得更好的信息，希望在未来为这些孩子提供更好的治疗和预防护理。

[00:59:02] 因此，我感谢我们整个小组的所有专业知识和贡献。 与罗宾·罗伯茨 (Robin Roberts) 就取得巨大成功并拥有 ICD 代码开始谈话的绝妙方式。 请记住，在 XNUMX 月份，您现在可以使用 AFM 诊断代码对诊断时的患者进行编码，这将有助于我们未来的所有努力。 我鼓励所有刚加入工作组的人加入这些月度电话会议。 这是一个非常棒的协作团队，我们期待在未来与大家一起工作。 我会把它传回给卡洛斯，让事情结束。

Carlos Pardo 博士： [00:59:39] 我唯一想补充的是，我们非常感谢所有小组成员，感谢丹尼尔、查尔斯、赫巴、阿德里亚娜、罗宾和凯文，非常感谢你扮演的角色版主。 感谢大家参加这个虚拟论坛。 再次请在您的日历中记下每个星期四的第三个星期四，下一个星期四是东部时间 22 月 2 日下午 00:XNUMX，我感谢世界其他地区的许多参与者。 我可以看到来自日本、非洲、荷兰和欧洲的参与者。 非常感谢您能出席这次会议。 我们希望您能继续加入我们，参加下一次虚拟研讨会。 请注意安全，感谢大家参加本次小组讨论会和研讨会。 再见了。