Heranalyse van metagenomische sequenties van patiënten met acute slappe myelitis onthult alternatieven voor enterovirus D68-infectie

Een samenvatting van het artikel van Greninger et al. "Een nieuwe uitbraak van enterovirus D68-stam geassocieerd met gevallen van acute slappe myelitis in de VS (2012-14): een retrospectieve cohortstudie" werd gepubliceerd op SRNA Blog Op november 6, 2015.

Breitweiser, Pardo en Salzberg hebben onlangs een artikel gepubliceerd waarin de gegevens van dit onderzoek opnieuw zijn geanalyseerd. Ze gebruikten beschikbare gegevens van metagenomische shotgun-sequencing om 31 monsters opnieuw te analyseren uit de eerdere studie gepubliceerd door Greninger et. al. in Lancet Infect Dis 2015; 15; 671-82. Metagenomische sequencing-analyse is wanneer DNA of RNA, het genetische materiaal voor organismen, uit menselijke monsters wordt genomen en geanalyseerd om te zien of er DNA is van bacteriële of virale pathogenen. De oorspronkelijke studie had gekeken naar 48 monsters van patiënten die van 24 november 2013 tot 11 oktober 2014 naar het kinderziekenhuis in Colorado of het kinderziekenhuis in Los Angeles zijn gegaan, of personen die tussen 1 januari 2012 en 4 door het California Department of Public Health zijn geïdentificeerd. 2014 oktober 25. 68 van hen werden gediagnosticeerd met acute slappe myelitis (AFM), twee met enterovirus-geassocieerde encefalitis (hersenontsteking), vijf hadden enterovirus D16-geassocieerde bovenste luchtwegaandoeningen en 68 hadden aseptische meningitis of encefalitis en ook positief getest op enterovirus. Breitweiser, Pardo en Salzberg vonden bij hun heranalyse twee monsters met meer bacteriesequenties dan enterovirus DXNUMX. Eén persoon zonder AFM had bacteriële sequenties van Haemophilus influenzae. De andere persoon had AFM en had bacteriële sequenties van Staphylococcus aureus. Eerdere studies hebben aangetoond dat S. aureus kan in verband worden gebracht met neurologische problemen zoals myelitis en meningitis. De auteurs suggereren dat hoewel ze niet kunnen weten of deze bacteriële infecties hebben bijgedragen aan de symptomen van de twee personen, ze beweren dat ze moeten worden beschouwd als een mogelijke factor die tot hun symptomen heeft geleid. Bovendien ontdekten ze dat de gegevens die ze hadden gedownload veel menselijk DNA bevatten, hoewel de auteurs van de originele artikelen beweerden dat ze menselijk DNA hadden verwijderd. De auteurs merken echter op dat dit een veelvoorkomend probleem is bij dit soort onderzoek. De auteurs verklaarden ook dat het belangrijk is voor onderzoekers om gensequencinggegevens vrij te geven, zodat andere onderzoekers de resultaten van onderzoeken kunnen verifiëren.

Oorspronkelijk artikel: Breitwieser FP, Pardo CA en Salzberg SL. Heranalyse van metagenomische sequenties van patiënten met acute slappe myelitis onthult alternatieven voor enterovirus D68-infectie [versie 2; scheidsrechters: 2 goedgekeurd] F1000Research 2015, 4:180.