La rianalisi delle sequenze metagenomiche di pazienti affetti da mielite flaccida acuta rivela alternative all'infezione da enterovirus D68
Un riassunto dell'articolo di Greninger et al. "Un nuovo ceppo di enterovirus D68 epidemico associato a casi di mielite flaccida acuta negli Stati Uniti (2012-14): uno studio di coorte retrospettivo" è stato pubblicato sul blog SRNA Il novembre 6, 2015.
Breitweiser, Pardo e Salzberg hanno recentemente pubblicato un articolo che analizza nuovamente i dati di questo studio. Hanno utilizzato i dati disponibili dal sequenziamento del fucile metagenomico per analizzare nuovamente 31 campioni dallo studio precedente pubblicato da Greninger et. al. in Lancet Infect Dis 2015; 15; 671–82. L'analisi del sequenziamento metagenomico si verifica quando il DNA o l'RNA, il materiale genetico degli organismi, viene prelevato da campioni umani e analizzato per vedere se è presente DNA di agenti patogeni batterici o virali. Lo studio originale aveva esaminato 48 campioni di pazienti che si erano recati al Children's Hospital Colorado o al Children's Hospital Los Angeles dal 24 novembre 2013 all'11 ottobre 2014, o individui che erano stati identificati dal California Department of Public Health tra il 1 gennaio 2012 e 4 ottobre 2014. A 25 di loro è stata diagnosticata la mielite flaccida acuta (AFM), due con encefalite associata a enterovirus (infiammazione del cervello), cinque avevano malattie delle vie respiratorie superiori associate a enterovirus D68 e 16 avevano meningite asettica o encefalite e anche risultato positivo all'enterovirus. Breitweiser, Pardo e Salzberg hanno trovato nella loro rianalisi due campioni che avevano più sequenze di batteri rispetto all'enterovirus D68. Un individuo senza AFM presentava sequenze batteriche di Influenza emofila. L'altro individuo aveva AFM e aveva sequenze batteriche da Staphylococcus aureus. Studi precedenti lo hanno dimostrato S. aureus può essere associato a problemi neurologici come la mielite e la meningite. Gli autori suggeriscono che mentre non possono sapere se queste infezioni batteriche abbiano contribuito ai sintomi dei due individui, sostengono che dovrebbero essere considerate come un potenziale fattore che ha portato ai loro sintomi. Inoltre, hanno scoperto che i dati scaricati contenevano molto DNA umano, anche se gli autori degli articoli originali affermavano di aver rimosso il DNA umano. Gli autori notano che questo è un problema comune in questo tipo di ricerca. Gli autori hanno anche affermato che è importante che i ricercatori rilascino i dati sul sequenziamento genico in modo che altri ricercatori possano verificare i risultati degli studi.
Articolo originale: Breitwieser FP, Pardo CA e Salzberg SL. La rianalisi delle sequenze metagenomiche di pazienti affetti da mielite flaccida acuta rivela alternative all'infezione da enterovirus D68 [versione 2; arbitri: 2 approvati] F1000Research 2015, 4:180.
