Dr Carlos Pardo: [00:00:00] Goedemiddag allemaal. Dit is de bijeenkomst in maart van de Acute Flaccid Myelitis Working Group. Heel erg bedankt iedereen in de Verenigde Staten en andere landen die aan de bijeenkomst hebben deelgenomen. De Acute Flaccid Myelitis Working Group is een groep van klinische wetenschappers, onderzoekers en zorgverleners en ouders die zich richt op het begrijpen van acute slappe myelitis en in het bijzonder de verbetering van acute slappe myelitis, en in het bijzonder de zorg en verbetering van acute slappe myelitis. myelitis en de zorg en verbetering van de gezondheidszorg voor patiënten met deze aandoening. Vandaag hebben we een virtueel forum dat zich zal concentreren op een recent artikel dat is gepubliceerd in Science Translational Medicine over de circulatie van enterovirussen.

[00:01:05] Maar voordat we naar het forum gaan, wil ik graag enkele mededelingen doen. De eerste aankondiging is dat de Acute Flaccid Myelitis Working Group maandelijks bijeenkomt. De derde, de derde week van de maand. De volgende bijeenkomst is op 22 april. Ik moedig mensen aan om deel te nemen aan de virtuele bijeenkomst, omdat deze gericht zal zijn op wat er gaande is met acute slappe myelitis over de hele wereld. En we krijgen deelname van onderzoekers en wetenschappers van over de hele wereld die ervaring hebben met acute slappe myelitis. En we willen graag van hen leren wat er aan de hand is met acute slappe myelitis in andere delen van de wereld dan de Verenigde Staten. De tweede aankondiging is dat de Acute Flaccid Myelitis Natural History Study van start gaat. Het werd gelanceerd door NIH en is gevestigd aan de Universiteit van Alabama in Birmingham.

[00:02:00] Dit omvat dus meer dan 30 medische centra die patiënten met acute slappe myelitis of nabootsers hebben geworven voor een onderzoek naar deze aandoening. Daarom moedigen we alle mensen in de Verenigde Staten en clinici die patiënten of verdachte patiënten hebben aan om contact met ons op te nemen als er interesse is om patiënten door te verwijzen voor het onderzoek. We zijn zeer geïnteresseerd en, en wees alert en klaar om een ​​mogelijke uitbraak van acute slappe myelitis in 2021 en 2022 aan te pakken. Dus nogmaals, de Acute Flaccid Myelitis Natural History Study die is gebaseerd op UAB, Dr. David Kimberlin is de leider van deze studie. Ik bedoel, alle groepen zijn in wezen zeer alert om te beginnen met het rekruteren en evalueren van patiënten met deze aandoening. Met die korte inleiding wil ik de microfoon doorgeven aan mijn collega, Dr. Kevin Messacar van de Universiteit van Colorado, die de moderator van dit symposium zal zijn. Kevin.

Dr Kevin Messacar: [00:03:14] Heel erg bedankt, Carlos, en bedankt voor het samenstellen van deze sessie en hopelijk wordt het een interessante en informatieve sessie. Voordat we beginnen, ben ik super enthousiast om Robin Roberts te introduceren om een ​​zeer opwindende aankondiging te doen, denk ik, voor onze werkgroep en voor de AFM in het algemeen. Robin en ik hebben elkaar ontmoet, denk ik terug in 2014. Het is nu een aantal jaren geleden. En ze is een van de meest verbazingwekkende pleitbezorgers van ouders voor AFM. En het werk dat ze heeft gedaan samen met de AFM Vereniging is gewoon ongelooflijk geweest, en ik zal haar een klein beetje van haar verhaal laten vertellen en de spannende aankondiging doen voordat we naar het panel gaan. Je kunt je gang gaan, Robin.

[00:03:59] Ja.

Robin Roberts: [00:04:00] Dank u Dr. Messacar, en dank aan de Werkgroep voor het feit dat ik vanmiddag enkele ogenblikken mocht presenteren. Mijn zoon Carter kreeg heel plotseling de diagnose AFM in 2016, op de leeftijd van drie en een half en letterlijk van de ene op de andere dag was een van de patiënten die zwaar getroffen was, binnen enkele uren luchtafhankelijk. En afgezien van het uiteindelijk proberen van alle diagnostiek die waarschijnlijk destijds waarschijnlijk was, kon ik alleen de controle over een paar tenen terugkrijgen. En dus is hij helaas overleden in augustus, sorry, september 2018. En via de Werkgroep, via de AFM-gemeenschap, altijd op zoek naar manieren om te pleiten, geld in te zamelen en een verschil te maken. Maar ik werk ook professioneel in de zorg. En dus, een van de dingen die ik weet … sorry, een van de dingen die ik weet, is dat verzekeringsmaatschappijen codering nodig hebben om patiënten te identificeren, de dekking af te stemmen en te begrijpen wat er met de patiënt aan de hand is. En dit is een van de weinige manieren waarop we een verzekeringsmaatschappij, zelfs onderzoekers die naar gegevens over patiënten zoeken, kunnen vertellen hoe ze iemand kunnen vinden.

[00:05:12] Dus om te stoppen met het labelen van pa-, het labelen van patiënten met een generieke diagnose of niet met een specifieke diagnose die past bij wat we nu klinisch kunnen definiëren en identificeren als acute slappe myelitis. Vorig jaar probeerde ik een specifieke code te krijgen die op elke claim kan worden toegepast, of je nu een patiënt bent tijdens de acute fase, je hebt te maken met een secundair probleem, misschien bij een longarts of een therapeut, of zelfs jaren later, wanneer je nog steeds probeert vooruitgang te boeken. En dus, dit jaar of vorig jaar, in het tweede jaar van proberen, met de steun van de CDC, Dr. Janell Routh, Dr. Kevin Messacar, die hier is, die ik waarschijnlijk heb getweet en naar veel te veel berichten heb gestuurd keer in de afgelopen vijf jaar heb ik gezegd dat ik dit niet alleen kan. Ze zeiden dat ik niet... Ik ben niet, ik ben niet klinisch relevant genoeg. En dus kwamen ze me te hulp om te helpen vechten tegen een deel van het gezondheidsinformatiebeheer in het CDC-proces om een ​​specifieke code te krijgen.

[00:06:11] En collectief, met hen en de steun van de gemeenschap, zijn we zo blij om aan te kondigen dat vanaf 1 oktober van dit jaar een arts specificiteit kan hebben bij het labelen van een patiënt die klinisch gediagnosticeerd is met AFM door een arts om een ​​code vast te leggen die op een claim staat. En dus kan code G04.82 worden gebruikt om de ongelijkheid in codering te stoppen, te definiëren wie deze patiënten zijn, ze te identificeren, ze te kwantificeren. En dit zal helpen bij het begeleiden van onderzoek, therapieën, geallieerde medische dekking voor apparaten en apparatuur, en uiteindelijk helpen bij het volgen en beter beheren en ondersteunen van deze hele bevolking. Dus bedankt aan Dr. Kevin Messacar. Nogmaals bedankt aan de werkgroep voor uw tijd. Ik ben gewoon heel blij dat we dit nu kunnen hebben.

Carlo Pardo: [00:07:01] Robin vind je het erg om de code voor AFM is G te herhalen?

Robin Roberts: [00:07:06] G0482. Dus G04.82 wordt officieel onderdeel van deze hele encyclopedie van codes. Het kan worden gecombineerd met andere symptomen en andere dingen die met uw patiënten aan de hand zijn als primaire diagnose bij de patiënt en vervolgens bij alle volgende bezoeken als secundaire diagnose voor elk probleem met betrekking tot AFM om ons te helpen deze patiënten op te sporen.

Dr Kevin Messacar: [00:07:33] Heel erg bedankt, Robin. Dit was allemaal te danken aan uw inspanningen, maar ook een prachtig verhaal over hoe de werkgroep werkt door ouders, clinici, volksgezondheid en de CDC bij elkaar te brengen. Het is gewoon een prachtig verhaal over praktische vooruitgang op dit gebied. En zoals je al zei, ik denk dat het zal helpen bij het kwantificeren van gevallen die klinisch worden gediagnosticeerd en die mogelijk niet voldoen aan de criteria voor epidemiologische gevallen. Het zal gezinnen met verzekeringskwesties helpen en het zal ons in het algemeen helpen om deze ziekte te definiëren en er meer over te begrijpen. Dus nogmaals bedankt voor al je inspanningen. En, en ik kan echt niet genoeg zeggen, hoe ik gewoon onder de indruk ben van wat je bent, je hebt kunnen doen en, en het is zo'n eer en een eerbetoon aan Carter. Dus bedankt.

Robin Roberts: [00:08:20] Dank je.

Dr Kevin Messacar: [00:08:23] Dus nu wil ik Dr.... voorstellen. aanstaande Dr. Daniel Park, promovendus aan Princeton onder mentorschap van Bryan Grenfell, die werkt in wiskundige modellering en epidemiologie. En nog een felicitatie om door te geven, zojuist een prachtige modelleringsstudie gepubliceerd in Science Translational Medicine die op een iets gedetailleerder niveau komt van de geografische en temporele circulatie van enterovirus 68 in gevallen van AFM die sinds 2014 in het hele land zijn waargenomen. Dus, we beginnen met een korte presentatie van Daniel, en dan openen we het en zal ik onze andere panelleden voorstellen. En stel gerust vragen in de chat terwijl we bezig zijn, en we zullen ze daarna aan Daniel en de rest van ons panel stellen. Dus Daniel, je kunt het wegnemen.

Zong (Daniel) Woo Park: [00:09:18] Heel erg bedankt voor de introductie, Kevin, en bedankt voor het opzetten en eraan komen. Ik ben erg blij dat we ons werk over epidemiologische dynamiek kunnen delen. Dus enterovirus D68 in de Verenigde Staten en implicaties voor acute slappe myelitis. Vóór 2020 zagen we AFM-gevallen om de twee jaar, en enterovirus D68-gevallen werden ook om de twee jaar gemeld, wat duidt op enige correlatie tussen D68 en AFM. Maar er waren nog een aantal resterende vragen die beantwoord moesten worden. Dus in deze studie wilden we, we wilden vragen of we geografische verschillen in de timing van de uitbraak van enterovirus D68 kunnen verklaren, daarom krijgen sommige staten latere of eerdere uitbraken en kunnen we de seizoensgebondenheid van D68-uitbraken en AFM-uitbraken in verband brengen over verschillende staten. En wat, wat, wat drijft zulke tweejaarlijkse patronen? Waarom krijgen we om de twee jaar en elk jaar uitbraken? En gaat dit patroon, tweejaarlijks patroon dan door? Is dit, houdt dit soort toestand aan? En betekent dat dat we in 2020 een uitbraak kunnen krijgen? Dan zullen we … we zijn in september 2019 aan deze vragen begonnen en toen 2020 aanbrak, waren er COVID en niet-farmaceutische interventies, sociale afstand nemen, enz. En we wilden begrijpen wat die betekenden in termen van D68-uitbraken voor 2020 en mogelijk voor de toekomst .

[00:10:53] Dus dit werk is gebaseerd op … dit werk bouwt voort op het werk van onze medewerker, Margarita Pons-Salort, en mensen bij CDC, die keken naar seizoensgebondenheid van andere enterovirus-uitbraken in de VS, wat aantoonde dat zuidelijke staten krijgen eerdere uitbraken dan noordelijke staten, wat een rol van het klimaat onthulde bij het vormgeven van de overdracht van enterovirussen. En ook Margarita's werk aan enterovirus D68, en endemische enterovirussen in Japan, waar ze kon aantonen dat deze complexe uitbraakdynamiek in het bijzonder hier is dat je ziet dat Coxsackievirus A2 en A4 tweejaarlijkse patronen vertonen, net als enterovirus D68. Ze liet zien dat deze patronen kunnen worden verklaard door SIR-dynamiek, daarmee bedoelen wij, wij, wij, wat we bedoelen is dat mensen met levenslange serotypespecifieke immuniteit deze tweejaarlijkse of zelfs complexere patronen kunnen verklaren. Dus om deze vragen te beantwoorden, gebruiken we gegevens van BioFire die een multiplex-PCR voor meerdere pathogenen creëert, de test voor meerdere partijen frambozenpatronen tegelijk, en in het bijzonder kunnen ze de aanwezigheid van D68 voorspellen. uit deze panelgegevens van de, de geteste van rhinovirus, enterovirus.

[00:12:31] Eerder vertrouwde enterovirussurveillance in de VS op passieve surveillance, maar met deze ziekenhuisgebaseerde surveillance kunnen we gedetailleerdere details krijgen over hoe D68 in verschillende staten circuleert op een fijner tijdschema. Dus hier wil ik laten zien hoe de gegevens eruit zien in paneel A, we zien gegevens uit de VS, en dus de staten waar veel gegevens vandaan komen zoals jij, zul je merken dat sommige staten zijn samengeklonterd samen vind je bijvoorbeeld Colorado en Florida, Georgia en South Carolina, dat is vanwege vertrouwelijkheidsvereisten die we hebben om deze gegevens samen te groeperen. Maar over het algemeen zien we, zoals we zien in de VS, New York en op sommige andere plaatsen, duidelijke patronen van uitbraken die elke twee jaar plaatsvinden. Maar in sommige plaatsen, zoals Ohio, zien we een ingewikkelder patroon waarbij het lijkt alsof er elke vier jaar een uitbraak plaatsvindt.

[00:13:28] Dus wij, wij, wij willen eerst begrijpen wanneer deze uitbraken plaatsvinden die we proberen toe te passen in figuur B, dit is wanneer in wezen uitbraken plaatsvinden, maar we kunnen laten zien dat deze, de timing van de uitbraak die hier verwijzen naar het zwaartepunt en figuur C en D zijn gecorreleerd met gemiddelde breedtegraad en gemiddelde lengtegraad. Dit komt overeen met eerder werk aan andere enterovirussen, waarbij wordt benadrukt dat eerdere staten in wezen eerdere uitbraken krijgen in zuidelijke staten, terwijl noordelijke staten een latere uitbraak krijgen, wat duidt op de rol van het klimaat bij het vormgeven van de verspreiding van enterovirus D68.

[00:14:07] Vervolgens wilden we deze patronen correleren met AFM-dynamiek. In figuur A tonen we de D68-uitbraken weergegeven als staafdiagrammen en AFM-nummer, AFM-gevallen weergegeven als rode lijnen. Wij, zoals we zien, is er een zeer duidelijke correlatie tussen hoe de AFM-uitbraken en D68-uitbraken eruit zien, hoewel er enkele verschillen zijn dat het lijkt alsof de AFM-uitbraak toeneemt sinds 2012, 2014, waar de D68-uitbraak redelijk stabiel was. Het is nog onduidelijk of dit een daadwerkelijke toename van AFM-zaken is of dat dit gewoon beter toezicht is. Ook zien we dat het lijkt alsof de AFM-zaken een maand later pieken dan de D68-zaken, wat we in figuur B en C hebben laten zien. Je ziet het ook in figuur A, maar dit wordt waarschijnlijk gedreven door de aggregatie van de data. Dus AFM, we kijken alleen naar nationale gegevens, terwijl BioFire we alleen bekijken, we kijken naar ongeveer 20 staten. Het dekt dus niet alle staten en hun verschillen, er zijn verschillende bewakingsniveaus, afhankelijk van het gebruik van BioFire-panelen in verschillende staten.

[00:15:37] Maar niettemin, in figuur D en E, zoals we laten zien, is er a, dus D is een plot van correlatiecoëfficiënten tussen AFM-gevallen en D68-gevallen, waarbij geel een hogere correlatie is, wat in bijna alle staten voorkomt, er is een, zie positieve correlaties. En in figuur E zien we opnieuw dat er een luidruchtige maar positieve correlatie is, de zwarte lijn is voor de nationale en de rode lijnen zijn voor elke staat. Dus het lijkt erop dat er een zeer duidelijke positieve correlatie is tussen dit aantal D68-zaken en AFM-zaken, die andere studies eerder hebben opgemerkt, en we zijn hier, we kijken naar een upgrade om dit op een meer gedetailleerde manier te bekijken schaal over een breed scala van staten.

[00:16:29] Als we kijken naar nog fijnere gegevens hier in New, New York en Utah en Colorado, zien we dat opnieuw, de timing van AFM-zaken komt overeen met de timing, de timing van AFM-uitbraken komt overeen met de timing van D68 uitbraak. En we zien ook niet de vertraging die we eerder noemden, wat opnieuw benadrukt dat de vertraging waarschijnlijk wordt veroorzaakt door geografische variatie in BioFire-inzetbewaking en een soort aggregatieprobleem dat geen echte biologische vertraging weergeeft. Zodat we wilden weten wat de drijvende kracht is achter de tweejaarlijkse patronen van D68-uitbraken? Waarom vindt de uitbraak van D68 elke twee jaar plaats? Dus hebben we de methodiek van Margarita overgenomen. Ze waren er zeker van dat ze … het werd toch gebruikt om andere enterovirussen te bestuderen. Dus in wezen kunnen we een wiskundig model bedenken dat uitgaat van levenslange immuniteit. Als mensen eenmaal besmet zijn, herstellen ze volledig en kunnen ze … ze kunnen niet opnieuw besmet raken. En de ... in zo'n model kunnen we laten zien dat het vrij goed overeenkomt met de waargenomen dynamiek van D68.

[00:17:52] Dus, hier de hardware met witte, witte panelen, we hebben geprobeerd het model aan te passen aan de gegevens. En oranje is waar we toekomstige dynamiek proberen te voorspellen. Dus in sommige gevallen, Missouri en Utah, Colorado, zien de aanpassingen en voorspellingen er erg goed uit. Je kijkt naar Ohio past, maar voorspellingen zijn een beetje moeilijk, alleen al in voorspelling, beloof dat korte tijdreeksen moeilijk kunnen zijn. Maar wanneer we meer gegevens proberen op te nemen, zien we dat we een betere voorspelling krijgen, wat suggereert dat alleen de levenslange immuniteit tegen enterovirus D68-infectie inderdaad de dynamiek, uitbraakdynamiek, de elke tweejaarlijkse patronen van de D68-uitbraken kan verklaren. We willen, we willen benadrukken dat het er hier om gaat dat ons onderzoek suggereert dat primaire infectie waarschijnlijk belangrijk is. Het sluit dus niet noodzakelijkerwijs de mogelijkheid van secundaire infecties uit, maar zolang secundaire infecties niet tot een significante hoeveelheid overdracht leiden, zal dit in overeenstemming zijn met ons model.

[00:19:12] En we hebben deze simulaties verder getest, zodat we ook konden aantonen dat de uitbraken niet elke twee jaar doorgaan, dat tweejaarlijkse patronen niet noodzakelijkerwijs stabiel zijn. Dus wanneer, dus toen 2020 aanbrak, moesten we ons nu afvragen wat de impact is van deze pandemie op de dynamiek van D68? Wat zijn, wat zijn niet-farmaceutische interventies, social distancing maatregelen gaan doen met een, met de verspreiding, oplage van D68. Begin 2020 zagen we een daling van het aantal enterovirusgevallen in andere landen. Snelle dalingen. Hier laat ik Hong Kong, Zuid-Korea, Taiwan zien. Rond maart, april, rapporteerden ze vrijwel geen gevallen van enterovirus. In de VS hebben we helaas geen gegevens, vooral omdat het D68-voorspellingsalgoritme van BioFire afhankelijk is van bepaalde, bepaalde versies, maar daarna niet meer beschikbaar kwamen na hun productupdate. Maar dat kunnen we nog steeds, omdat we ons wiskundige model nog steeds kunnen gebruiken om te proberen te voorspellen of een uitbraak in 2020 mogelijk zou zijn geweest. En wat als er een dalende contactsnelheid en dus transmissiesnelheid is door afstandsmaatregelen? En wat zou dat betekenen in termen van toekomstige uitbraken?

[00:20:48] Dus hier hebben we de mogelijkheid van een D68-uitbraak in 2020 geëvalueerd in een breed scala aan scenario's, eerst onder normale omstandigheden, en terwijl er een afname van 5%, 10% en 20% in transmissie is. Dus hier zien we in het bovenste paneel, paneel B, een gele strook rond september die aangeeft dat een grote uitbraak in 2020 mogelijk zou zijn geweest. Maar zoals we zien, naarmate we de overdrachtssnelheid introduceren, verminderen en verminderen, verdwijnen deze stroken, wat suggereert dat zelfs een bescheiden afname van de overdrachtssnelheid van 20% de uitbraak had kunnen voorkomen. Dus dit werk, deze voorspellingen die we in eerste instantie deden in april, rond april en maart. Zoals we voorspelden waren er geen AFM-uitbraken in 2020, al kunnen we, helaas, wederom, vanwege de productupdate niet beoordelen of er geen D68-uitbraken waren. Er waren dus zeker dalingen in rapportages van D68 en ik denk dat andere mensen, Kevin, waaronder Kevin, hun inzichten vanuit klinische, klinische inzichten zouden kunnen delen.

[00:22:07] Dus wat betekent dit in termen... wat, wat gaat er gebeuren, wat gaat er gebeuren voor toekomstige uitbraken? Zouden we meer D68 AFM-uitbraken krijgen in '21, 2021, 2022? Van D68 hebben we geen gegevens. Maar we willen verwijzen naar een studie onder leiding van Rachel Baker in onze groep, die deze vraag rechtstreeks probeert te beantwoorden voor in het algemeen voor endemische ziekten, dit artikel waarin ze zich richt op RSV, maar de algemene conclusies zullen nog steeds gelden. Dus deze figuur I … vat haar bevindingen heel goed samen. Ik wil eerst dat cijfer C aanwijzen, dus waar losse trips worden weergegeven wanneer niet-farmaceutische interventies worden toegepast, en rode lijnen modelvoorspellingen tonen. Dus vóór de uitbraak vertoonde RSV zeer duidelijke jaarlijkse epidemische patronen. Maar toen niet-farmaceutische interventies werden ingevoerd vanwege COVID, daalden de gevallen van RSV snel. Wat dit betekent is dat we normaal gesproken een uitbraak zouden hebben in 2020. Maar aangezien we de uitbraak missen, laten we de bevolking geen immuniteit ontwikkelen die anders in de bevolking zou zijn ontstaan. Dus laten we de gevoeligheid toenemen, zoals we zien in de blauwe stippellijn hier, die gevoeliger is. En naarmate de gevoeligheid en de bevolking toenemen, kunnen we uiteindelijk, wanneer we de interventiemaatregelen opheffen, in de toekomst een grotere uitbraak krijgen.

[00:23:55] Maar er is grote onzekerheid over wanneer, hoe groot deze uitbraak zal zijn, wat wordt weergegeven in de bovenste rij van paneel A en B. En er is ook de piekepidemiegrootte, zoals u kunt zien, kan dit variëren van één tot negen. Dus één is dezelfde verhouding en negen is een negenvoudige toename in endemische omvang. En er is ook grote onzekerheid over wanneer deze, de volgende epidemie zal plaatsvinden, wat wordt weergegeven in de onderste rij piekdatum, zoals je kunt zien, kan ergens tussen 2021 en 2025 plaatsvinden. En deze zijn afhankelijk van hoe lang deze interventies worden ingevoerd en hoeveel, hoe sterk deze interventies zijn. Maar de belangrijkste afhaalmogelijkheid is dat het voor nu goed is om interventies te doen om een ​​uitbraak te voorkomen, maar het zal ervoor zorgen dat de populatie van vatbaarheid blijft toenemen omdat we uitbraken missen en dat zou kunnen leiden tot een grotere uitbraak in de toekomst.

[00:25:05] Dus kort samengevat, onze studie kon een sterke ruimtelijke temporele correlatie aantonen tussen D68- en AFM-gevallen, wat ecologische ondersteuning bood voor hun causaliteit. En we voorspelden ook dat onder normale omstandigheden in 68 een grote D2020-uitbraak mogelijk zou zijn geweest. Maar een afname van het contactpercentage als gevolg van de huidige interventiemaatregelen heeft waarschijnlijk een D68-uitbraak en mogelijk een AFM-uitbraak voorkomen. Maar dit betekent dat de gevoeligheidspopulatie zich begint op te bouwen en dat we in de toekomst een grotere uitbraak kunnen krijgen. Dus we wilden allemaal de medewerkers en mensen bedanken, vooral mensen bij CDC en de New York en Colorado Department of Public, Public Health Departments die ook hun gegevens hebben gedeeld. Hartelijk dank.

Dr Kevin Messacar: [00:26:10] Heel erg bedankt, Daniël. Dat was echt geweldig. En zal een goed startpunt zijn voor vragen in het panel. Moedig het publiek nogmaals aan om uw vragen in de chat te blijven stellen en we zullen proberen ze te beantwoorden zodra ze binnenkomen. Ik zal de eerste paar vragen behandelen, maar eerst wil ik de rest van het panel voorstellen. Ik zou willen beginnen met dr. Adriana Lopez, een epidemioloog bij de Centers for Disease Control and Prevention in het acute slappe myelitis-team dat hier al vele jaren aan werkt en een van de nationale experts is op het gebied van de epidemiologie van AFM. . Dr. Charles Chiu, arts, PhD arts en onderzoeker in infectieziekten, klinisch microbioloog en sequencing-goeroe in overvloed bij UCSF, heeft veel werk verzet bij het sequentiëren van EV-D68-isolaten en nu zie je hem misschien veel doen van de sequentiebepaling voor sommige van de SARS-CoV-2-varianten en biedt een zeer uniek perspectief, zowel vanuit de kant van de moleculaire epidemiologie als de klinische micro-kant van de dingen.

[00:27:19] Ik heb dr. Daniel Park voorgesteld, die aanblijft, en ons laatste panellid zal dr. Heba Mostafa van John Hopkins zijn, die ik vandaag net heb ontmoet, maar waarvan ik weet dat hij veel werk heeft verricht in de epidemiologie Surveillance en sequentiebepaling van enterovirusisolaten door de inspanningen van John Hopkins. Dus ik denk dat we vandaag een geweldig panel hebben. Hopelijk kunnen hiermee veel van uw vragen beantwoord worden. Ik denk dat veel van de antwoorden in de toekomst onbekend zullen zijn, maar met de gegevens van generaal Daniel als startpunt zullen we proberen een aantal goede discussies op gang te brengen over paraatheid en wat we kunnen doen als we uitkijken naar de seizoenen die komen. Ik zal beginnen met de eerste paar vragen die in de chat naar voren kwamen die te maken hadden met de EV-D68-handtekening op het BioFire-platform. En ik zal min of meer vanaf de basis beginnen op dit klinische testplatform van BioFire. Voor degenen die niet zo bekend zijn: BioFire is een commercieel bedrijf dat klinische testplatforms levert. Hun panel voor respiratoire pathogenen is een multiplex PCR-panel dat test op verschillende respiratoire virussen en een paar bacteriën. En een van de doelen daar is in enterovirus, rhinovirus-doelwit voor die familie van virussen die nog steeds genetisch vergelijkbaar zijn. Ze melden niet of het een neushoornvirus is, of het eno-enterovirus is of dat type enterovirus.

[00:28:48] Ze realiseerden zich echter toen ze begonnen met het ontwikkelen van hun trendprogramma, een programma waarmee ze de geïdentificeerde gegevens krijgen van centra die zich aanmelden om hun testresultaten te krijgen en epidemiologische real-time monitoring van de ziekteverwekkers te bieden die door uw systeemregio gaan, het land waar dit enkele implicaties kan hebben voor het verbeteren van ons toezicht op enterovirus D68, waarvan velen van ons weten dat er geen klinisch beschikbare test is. Na de uitbraak van 2014 was de CDC echt de enige plek waar je EV-D68 kon testen. Daarna ontwikkelden verschillende instellingen hun eigen EV-D68-specifieke PCR's, maar deze zijn over het algemeen niet klinisch beschikbaar. En dus waren de epidemiologische gegevens grotendeels landelijk, kijkend naar wanneer we EV-D68 zien verschijnen wanneer we AFM-gevallen zien verschijnen bij Daniel-gegevens graven in de handtekening die erop terugkomt. Wat BioFire deed in de krant die ik daar plaatste, wat geen deel uitmaakte van deze inspanning die aan deze inspanning voorafging, was dat ze deze bekende EDRV-monsters namen, ze voerden een EV 68-specifieke PCR uit om te weten welke van hen EV 68 waren, welke die niet waren, en gebruik dan wat machine learning om de fijne kneepjes van de smeltkrommen te onderzoeken voor de neushoorn entero-doelen die van geval tot geval vormen. Maar op de grotere epidemiologische schaal kon hij ons op een soort warmtekaart vertellen wanneer hij EV 68 verscheen in welke regio's van het land, op welk tijdstip helemaal terug naar het moment waarop de RPP-testen waren begonnen met BioFire. Dat stelde ons in staat om een ​​meer gedetailleerde analyse te maken van het verband tussen AFM-zaken in die regio's en EV 68-circulatie. Het echt ongelukkige deel dat Daniel daar aan het einde naar binnen schoof en dat ik in de opmerkingen plaatste, in antwoord op de tweede vraag, was dat deze handtekening onlangs verloren was gegaan toen het paneel werd geüpgraded naar de RPP 2.1 die de SARS-CoV bevat- 2-doelwit, heeft nu de mogelijkheid verloren om deze EV 68-handtekening te hebben. We kunnen dus leren van de patronen in het verleden, maar we zullen dat in de toekomst niet met hetzelfde niveau van robuustheid kunnen blijven gebruiken. Dus ik zal stoppen met het opslokken van de paneldiscussie daar. Maar Dr. Mostafa, of een van de anderen die deze vragen stellen, beantwoordt dat uw vragen tot aan de BioFire-handtekening? En nogmaals, ik verwijs u naar dat artikel van Myers en, en JCB.

Dr. Heba Mostafa: [00:31:40] Dank je. Ja, dit was geweldig.

Dr Kevin Messacar: [00:31:45] Oké. Ik moet de chat heel snel scannen, want ik was aan het praten. Laten we beginnen met de eerste vraag die ik daarna binnen zie komen. Is er een manier om deze tools te gebruiken om de mogelijke evolutie van het virus tijdens een recessie te voorspellen? Zou je meer variatie verwachten weg van de huidige B3 en A2 en D voor degenen die het niet weten? Er is een klein beetje discrepantie in de literatuur over wat A2 versus D moet worden genoemd, subclades zouden ze beperkt zijn vanwege een gebrek aan gevallen en de resulterende immunologische selectie? Wat een geweldige vraag en ik zou beginnen als een van de panelleden anders wil inspringen, ik, ik wees Charles erop, om te beginnen, hij heeft veel werk verzet aan varianten voor SARS-CoV-2, dit zijn RNA-virussen, wat zouden we verwachten dat er gebeurt tijdens een jaar met een lage oplage wat betreft wijziging van claims en evolutie? Wat zou uw ervaring suggereren?

Dr Charles Chiu: [00:32:43] Ja, het is een geweldige, het is een geweldige vraag. En weet je, ik, ik zou, ik zou meteen zeggen, dat we waarschijnlijk niet zeker weten wat er gaat gebeuren met betrekking tot evolutie. En een deel van de reden waarom het zo moeilijk is, is dat er, zoals u weet, zeer weinig echte gevallen zijn geweest. U weet dat er in het algemeen een scherpe daling is in het aantal gevallen van RNA-virussen en entero-enterovirussen, RNA-virussen. Voor RNA-virussen zou je verwachten dat het ontstaan ​​van, van, van, van mutaties en selectie, en in wezen evolutie van, van variatie typisch plaatsvindt als je voortdurende replicatie hebt. Dus hoe meer gevallen, in het algemeen, hoe waarschijnlijker het is dat we variatie gaan zien. Ik zou verwachten dat er tijdens deze recessie waarschijnlijk minder variatie zal zijn. Dus ik zou daar zijn... Maar het andere waar ik, ik moet voor waarschuwen, is dat enterovirussen heel erg zijn, er is veel over enterovirussen in het bijzonder dat we niet echt weten. Hoewel het, weet je, een deel van... het werk dat Daniel presenteerde fantastisch is.

[00:33:50] Het is, het is nog steeds het feit dat we voor veel uitbraken niet precies weten waarom bepaalde clades, of bepaalde genetische afstammingslijnen van het virus dat wel zullen doen. hebben de neiging om overheersend te zijn, bijvoorbeeld bij een bepaalde uitbraak versus een andere. En het zijn eigenlijk verschillende redenen, waarvan er één simpelweg willekeurige genetische drift zou kunnen zijn. Dus wat we het oprichterseffect noemen, waar het in wezen toevallig in een vatbare populatie zit. Als je een bepaalde al het andere gelijk hebt, als je bijvoorbeeld meerdere enterovirusstammen hebt die allemaal het vermogen hebben om AFM te veroorzaken de ... en, en in sommige gevallen echt is, kan het willekeurig zijn, waar je toevallig een uitbraak op de juiste plek hebben, bij de vatbare populatie.

[00:34:38] Dus ik zou zeggen dat we momenteel niet precies weten, ik zou voorspellen dat we waarschijnlijk niet veel verschil zullen zien, hoewel dat het zeker zou kunnen zijn, dat zeker verkeerd kan zijn weet je, gegeven, gegeven, zoals ik al eerder zei, de moeilijkheid om precies te voorspellen welke clades van enterovirussen bij een bepaalde uitbraak zullen worden geassocieerd. Maar ik denk wel dat het … de vraag is eigenlijk, ik denk dat het belangrijk is omdat het echt de noodzaak benadrukt om daadwerkelijk aan genomische surveillance te doen. En dus, dus Dr. Messacar, Kevin zei daarover, op dit moment, weet je, zonder momenteel, zal het moeilijk worden om toezicht te houden met de BioFire omdat we niet in staat zijn om enterovirussen te identificeren. Maar ik zou eigenlijk een stap verder gaan en zeggen dat zonder genomische sequencing, wij, wij, wij geen manier zullen hebben om clades te identificeren. En dus denk ik dat het uiteindelijk heel belangrijk zal zijn om door te gaan met genomische surveillance voor enterovirus D68, zoals we momenteel bijvoorbeeld genomische surveillance doen voor SARS-Coronavirus-2.

Dr Kevin Messacar: [00:35:44] Dr. Mostafa, heeft u iets toe te voegen? Ik weet dat je veel werk hebt gedaan aan mol-... moleculaire epidemiologie van...

Dr. Heba Mostafa: [00:35:50] Ja, dus ik, ik wilde ook graag de uitleg van Dr. Chiu van de eerste helft van de vraag opvolgen, die voornamelijk gaat over de tools die kunnen verschillen - die daadwerkelijk onderscheid kunnen maken tussen de verschillende clades. En het verduidelijkt een beetje de verschillende opties die we meestal hebben. Dus de diagnostische benaderingen in het klinische laboratorium van enterovirussen zijn gebaseerd op het detecteren van een soort conservatief gebied in het genoom, de vijf belangrijkste UTR-regio's. En deze regio maakt meestal geen onderscheid tussen enterovirussen en neushoornvirussen. En dit is dezelfde benadering die het BioFire-essay ook gebruikt. Dus om naar de genomen te kunnen kijken en D68 te identificeren ten opzichte van anderen of om ook de verschillende subclades te onderscheiden, moeten we kijken naar een soort die meer op elkaar lijkt of een specifiek gebied in het genoom typen dat de VP1-regio is geweest. En er is zoiets als de klassieke methode om dit te doen met Sanger-sequencing, wat helaas niet zo vaak wordt gedaan voor enterovirussen.

[00:37:09] En daarom hebben we niet veel gegevens over landelijke surveillance van enterovirussen. Deze BioFire-methode voor het sluiten van handtekeningen is eigenlijk heel erg elegant, want zoals dit is een, dit is een essay dat klinisch wordt gebruikt. Dus je kunt echt veel gegevens hebben als deze gevoeligheid acceptabel is, wat ik denk dat het is. Het andere dat ik wilde benadrukken, is dat die clades of subclades-gegevens die we hebben, voornamelijk gebaseerd waren op die VP1-sequentie, maar er zijn dan ook niet al te veel hele genomen beschikbaar om ons meer informatie te geven. Dus er staat echt iets te gebeuren en dan implementeren we ons toezicht verstandig om een ​​beter begrip te geven van, zoals de circulatie, de evolutie en de verschillende soorten die op verschillende plaatsen circuleren.

Dr Kevin Messacar: [00:38:10] Heel erg bedankt. Ik denk dat als er één ding is waar we het allemaal over eens zijn, in het panel is dat we een betere moleculaire epidemiologie nodig hebben en, en sequentiebepaling van, enterovirussen in het algemeen. Voor degenen onder u die het nog niet hebben gezien voor het volgende scherm, elke XP-, SPR AI N-website doet moleculaire epidemiologie voor een reeks opkomende ziekteverwekkers en heeft daarin enterovirus D68 opgenomen, en ze nemen alle openbaar beschikbare, gesequenced isoleert via DP1 een of het hele genoom en over de hele wereld en doet een mooie fylogenetische analyse en geografische analyse van welke stromen waar circuleren. Dat is echter extreem beperkt door waar sequenties vandaan komen. Dus als dingen geen volgorde krijgen, zullen ze daar niet verschijnen. En ik denk dat Dr. Mostafa en Dr. Chiu allebei heel sterk hebben gemaakt dat we meer sequentiebepaling van meer isolaten nodig hebben.

[00:39:07] Ik zal Dr. Lopez vervolgens bellen omdat de CDC en anderen, denk ik, hebben erkend dat onze enterovirusbewaking lange tijd een behoorlijk passief systeem is geweest via het National Enterovirus Surveillance System, maar heeft begonnen hun inspanningen op te voeren, waaronder het inschakelen van enkele aanvullende bewakingsnetwerken om beter te worden, enterovirus D68 in ieder geval bewaking. Dus, Dr. Lopez, wilt u praten over NBSN en enkele van de andere inspanningen van CDC?

Dr Adriana Lopez: [00:39:35] Natuurlijk. Bedankt, Kevin. Ja, dus zoals Kevin al zei, we hebben een nieuw vaccinsurveillancenetwerk samengesteld dat heeft gekeken naar een actief prospectief populatiegebaseerd surveillancenetwerk. En het is voor acute aandoeningen van de luchtwegen bij kinderen jonger dan 18 jaar. En wat er gebeurt, is dat we kinderen inschrijven die in het ziekenhuis zijn opgenomen of spoedeisende hulpafdelingen bezoeken in zeven medische centra in de VS. En monsters verzameld van deze patiënten en vervolgens getest. En dit was oorspronkelijk voor acute aandoeningen van de luchtwegen, en toen hebben we een paar jaar geleden AFM toegevoegd. En dus testen ze monsters van de meeste testlocaties van juli tot oktober om te zoeken naar enteroviruscirculatie en -typering. Dus ze testen en sommige sites testen alle exemplaren specifiek op EV-D68, andere testen alleen degenen die enterovirus, rhinovirus positief zijn, en kijken dan naar die om te testen.

[00:40:40] Dus dat is wat we hebben gebruikt in termen van actieve bewaking, om de verspreiding van enterovirussen te bekijken en te volgen om ons te helpen als een mogelijke waarschuwing voor AFM. Dus daar hebben we de afgelopen jaren gebruik van gemaakt. En met 2020, weet je, ik weet niet of velen van jullie weten met de wereld, zoals Brian al zei, waren er niet veel gevallen in 2020, zoals we hadden verwacht of verwacht. We hadden in totaal 31 bevestigde gevallen. In 2018 hebben we er 238. Dus 2020 werd uiteindelijk meer een niet-piekjaar. En we keken naar onze gegevens van onze NBSN-sites om te zien wat er aan de hand was in termen van enteroviruscirculatie en EV-D68-circulaties. We hebben gezien dat sommige sites EV-D68 hadden gedetecteerd. Maar dit was erg site-specifiek, niet alle sites hadden het. En er waren echter lage aantallen. Maar wat interessant was, was dat alleen de cijfers die we zagen iets hoger waren dan wat we in niet-piekjaren zouden zien, maar veel lager dan wat we in 2018 zagen.

[00:41:55] Dus het was interessant om daarnaar te kijken. En ze blijven testen voor EV-D68 tot en met december, gewoon om te zien of de pandemie misschien een verschuiving en circulatie heeft veroorzaakt, maar ze hadden geen detecties in december. En we kijken ook naar ons National Enterovirus Surveillance System om te zien of er manieren zijn om dat te verbeteren, dat is een passief systeem. Een van de belangrijkste verslaggevers van dat systeem is CDC. Dus de exemplaren die we in dat systeem kunnen krijgen, maar het hangt er echt van af welke laboratoria aan dat systeem rapporteren. Dus hopelijk kunnen we onze deelname vergroten om ook dat systeem een ​​boost te geven.

Dr Kevin Messacar: [00:42:43] Geweldig, heel erg bedankt, Adriana. Voor degenen die vragen indienen en zich er prettig bij voelen, probeer op de knop te drukken om het niet alleen naar alle panelleden te sturen, maar ook naar het publiek, want ik krijg een heleboel echt interessante opmerkingen, maar ik denk niet iedereen kan ze zien. Dus ik denk niet dat mensen de bedoeling hebben om ze privé te sturen. Maar als u het niet erg vindt, kunt u uw opmerkingen naar het hele publiek sturen, zodat we u kunnen volgen. Ik neem de volgende vraag die niet openbaar is gesteld. Maar het is van Dr. Amary Fall, die, voor degenen onder u die zijn werk niet zijn tegengekomen, een van de weinige mensen in Afrika, in West-Afrika is die moleculair werk doet met enterovirussen en met EV-D68, heeft een aantal mooie papieren uitgebracht dat dit geen geïsoleerd Noord-Amerikaans of Europees probleem is. Dit is echt zichtbaar over de hele wereld. En hij stelde de vraag waarvan ik denk dat we er allemaal aan denken na het bekijken van Daniels presentatie, weet je, met het dieptepunt in 2020, wat verwachten we in termen van deze terugkeer? En ik ga dit een beetje in een andere richting sturen, omdat ik denk dat we het hebben gehad over de variaties van jaar tot jaar.

[00:43:49] En mijn persoonlijke mening hierover is dat enterovirussen niet van even getallen houden, er is geen reden waarom ze in 2014, '16, '18 kwamen, ze hebben alleen warme lichamen nodig die vatbaar zijn voor circulatie. En dus zeker, het feit dat we het grote oplagejaar in 2020 hebben gemist, zou betekenen dat er meer vatbare kinderen zijn in 2021, 2022, en hangt echt af van welke mitigatiestrategieën er zijn. Dus ik ga de meer uitdagende vraag stellen aan de groep met andere respiratoire virussen, bijvoorbeeld RSV en misschien een beetje beginnen te zien met griep die sociaal ver weg waren, geen normale circulatieperiodes zagen. We beginnen tekenen te zien van niet-seizoensgebonden opkomst, met name bij RSV in Australië, waar ze een vrij grote RSV-uitbraak hadden die niet in hun typische RSV-seizoen viel. Dus als we enterovirussen zien terugkomen, want ik zal Carlos' titel van deze presentatie beantwoorden: 'Zullen enterovirussen terugkomen?' Ja zij zullen. We weten niet welke, we weten niet wanneer.

[00:44:52] Maar als ze terugkomen, zou je dan verwachten dat ze in onze gematigde streken, waar ze meestal in de zomer tot herfst verschijnen, dat ze in die gespecificeerde periode weer zullen verschijnen? Of moeten we onze bewaking uitbreiden, zoals CDC deed met sommige van hun bewakingsnetwerken om te zoeken naar niet-seizoensgebonden circulatie? Kunnen ze opduiken in de winter, kunnen ze opduiken in een seizoen dat we er niet echt op voorbereid waren? En wie op die hoge granaat wil springen, voel je vrij.

Dr. Heba Mostafa: [00:45:21] Misschien kan ik beginnen met een klein beetje van onze eigen gegevens van het klinische laboratorium voor het seizoen te geven. Je hebt dus gelijk dat dit een heel uniek griepseizoen of spingriepseizoen is dat echt niet het griepseizoen blijkt te zijn. Dus we hebben tot voor kort geen griep of RSV gezien, toen we heel, heel weinig begonnen te zien, zoals misschien drie RSV en drie griep. Maar we bleven grind/anthro-positieven zien. Dus we zien al het hele jaar positieve dingen. De totale aantallen waren hier minder dan een conventionele kast. Maar ook de hoeveelheid, het totale aantal geteste was ook minder omdat de klinieken gesloten waren, en veel praktijken gesloten waren. Maar het was fascinerend dat de entero-neushoorn met het verlengde ademhalingspaneel net als het belangrijkste doelwit werd gedetecteerd en vervolgens werd gevolgd door een zeer klein aantal gevallen van toevoeging van een virus.

[00:46:23] We zijn van entero-rhino-virussen geweest, we zijn hiermee begonnen, dit in 2019 en we blijven kijken naar 2020-exemplaren. En het is eigenlijk opmerkelijk omdat jij... zoals ik die essays van de uitgebreide panels al noemde, ze eigenlijk geen onderscheid maken tussen neushoorn- en enterovirussen. Dus we begonnen ons algoritme eigenlijk door die positieven te testen met een beetje een specifieker PCR-essay dat specifieker kan zijn voor enterovirussen, en heel, heel een klein percentage daarvan was positief met dit meer specifieke essay dat aangaf dat het belangrijkste virus dat circuleert is eigenlijk neushoorn en dan binnen die positieven, we hebben ze gesequenced met Sanger, er is de methode om, te typen. En het was interessant om te zien dat in wezen ook een groot percentage van hen aan neushoorns was gebonden. En toen zagen we binnen de piepkleine aantallen van dat type en entero meer enterovirus, D68 en 2020, dan in 2019.

[00:47:37] Maar het is nog steeds een klein aantal. Dus wij, wij... ik, ik zou moeten zeggen dat we enterovirus D68 hadden, dat in 2020 circuleerde. Dus waarom, waarom zagen we geen uitbraken enzovoort? Ik denk dat het nog steeds komt door het unieke patroon van het jaar met social distancing en alles op zijn plaats, maar het is ook opmerkelijk dat het circuleert. Ik zal geven, de kans geven aan iemand anders om in te springen.

Dr Adriana Lopez: [00:48:06] Nou, ik wilde alleen maar zeggen dat er met de NBSN-sites een paar sites zijn die het hele jaar door testen. Ze kijken er dus ook naar. Maar we starten ook een project met onze programma's voor opkomende infecties en twee sites om enterovirussurveillance uit te voeren om te kijken naar ernstigere neurologische aandoeningen, maar dat zal ook nuttig zijn als het gaat om de circulatie van enterovirussen.

Dr Kevin Messacar: [00:48:34] En ik zou gewoon onze lokale gegevens willen toevoegen, we hebben meer dan 400 exemplaren getest in 2020 en we hadden er geen enkele en die zijn allemaal EVRV-positief in de Bihar-gegevens hebben een enkele EV-D68 positief goed ik was vlekkerig zoals werd gezien in en BSN waar bepaalde gebieden een kleine hoeveelheid circulatie zagen. Maar in het hele land hebben we geen grote uitbraak gezien. Dr. Mostafa, u bracht een andere vraag naar voren waar ik Daniel en Adriana bij zal betrekken, iets wat tot nu toe niemand mij heeft kunnen uitleggen. Ik heb mijn eigen theorieën. Maar waarom ontstonden rhinovirussen als eerste? Toen we zagen dat luchtwegvirussen opnieuw de kop opstaken na de aanvankelijke afsluiting, kan dit worden verklaard doordat er geen van de verschillende virussen is, waarvan SARS-CoV-2 de hoogste is en blijft circuleren met het gebrek aan immuniteit uit daar kan het neushoornvirus mogelijk minder maar of minder zijn dan SARS-CoV-2, maar EV 68, mogelijk minder dan dat. Waarom zien we rhinovirussen opduiken, maar hebben we niet zoveel enterovirusziekte gezien?

Zong (Daniel) Woo Park: [00:49:44] Ik weet het helaas ook niet. Het is iets dat we allemaal wilden weten, maar ik heb hierboven hypothesen gehoord die misschien iets te maken hebben met het feit dat sommige virussen zijn omhuld en sommige niet. Maar ik heb geen antwoorden waarom rhinovirus is. Maar het lijkt erop dat het een zeer hardnekkig patroon is in verschillende landen, niet alleen in de VS. We zien het in Aziatische landen, Europese landen dat zelfs wanneer andere respiratoire pathogenen niet terugkwamen terwijl andere respiratoire pathogenen in feite zijn uitgestorven, de rhinovirussen in deze landen lijken te blijven bestaan.

Dr Kevin Messacar: [00:50:32] Ja

Dr. Heba Mostafa: [00:50:32] dat gelukkig [

Dr Kevin Messacar: [00:50:33] overspraak 00:51:00]-Adriana en jij zouden rond kunnen circuleren-

[00:50:34] [lacht].

[00:50:35] [lacht].

Dr Adriana Lopez: [00:50:36] Ja, helaas heb ik niet echt aanvullende [lacht] vragen. Feedback op wat Brian zei, het is moeilijk om echt te weten waarom, maar we zijn, weet je, we zullen erover blijven nadenken en proberen verschillende dingen te onderzoeken. Maar ja, vanaf nu weten we het niet alleen zeker.

Dr Kevin Messacar: [00:50:59] En ik wil een kort praktisch punt maken in vraag twee, na twee en Mostafa komen er een paar opmerkingen binnen over het soort slechte kwaliteit van de genomische gegevens die de sequenties uitbrengen op EV 68. En maak ook duidelijk dat we vandaag veel over EV 68 hebben gesproken, maar we weten dat andere niet-polio enterovirussen ook AFM kunnen veroorzaken, dus we moeten ernaar zoeken en ons ervan bewust zijn. Maar wat een praktische vraag betreft, wat kunnen de clinici die naar u toe komen om het hele genoom te herstellen, doen om te bepalen wat de beste exemplaren zijn om te verzamelen? In welke media moeten ze worden geplaatst? Welke manier om ze bij u te krijgen met de beste kans om gegevens van de hoogste kwaliteit te krijgen zodra ze uw laboratorium bereiken?

Dr Charles Chiu: [00:51:49] Dus misschien kan ik dat aanpakken. Dus ik, ik denk Kevin, je had daar twee vragen. De eerste vraag is met betrekking tot de metadata het belang van metadata en sequentiedatabases. Ik zal de andere vraag aanpakken, die gaat over een monsteracquisitie, ik bedoel, dus typisch is onze interesse dus voor genoomsequentieherstel, het is echt dat we willen, we willen in wezen intact RNA van volledige lengte verkrijgen. En omdat RNA vrij labiel nieuw is, willen we dat een exemplaar idealiter zo snel mogelijk wordt ingevroren of momenteel voor klinisch onderzoek. De stabiliteitsvereisten van de monsters zijn meestal dat ze binnen zes uur na verzameling worden ingevroren, en dat is niet altijd mogelijk. Maar als we bijvoorbeeld geen klinisch resultaat willen rapporteren, hetzij van een meta-genomische test, hetzij van een directe PCR-test, moet het binnen zes uur worden ingevroren en ingevroren worden gehouden.

[00:52:48] In termen van het daadwerkelijke monstertype hebben we voornamelijk gekeken naar neusuitstrijkjes in UTM of VTM, hoewel ik, ik weet dat we, we hebben eigenlijk ook wat onderzoeken gedaan van speeksel op dezelfde manier, omdat er interesse is geweest om het speeksel mogelijk te verplaatsen. Ik denk dat we niet dezelfde, dezelfde trends hebben gezien als bij SARS-Coronavirus-2, waar we daadwerkelijk hogere virale ladingen in speeksel zien. Dus wat zou je denken dat er een vergelijkbare virale belasting kan zijn, dus speeksel kan een interessant type monster zijn om te valideren, vooral omdat weet je, veel groepen verzamelen speeksel, weet je, voor SARS-CoV-2, althans bij poliklinische patiënten of bij asymptomatische infectie.

[00:53:33] Dus en het is een gemakkelijker monster om te verzamelen dan een neus-keeluitstrijkje. Dus met betrekking tot, zolang het niet is bedacht, op meerdere freestyles, of in uw eerder geciteerde, of voor andere doeleinden zijn geweest, bedoel ik, meestal willen we in wezen zo vers mogelijk om te proeven, vers ingevroren voor genomische sequencing . Met betrekking tot de werkelijke titers zijn we succesvol geweest. Dus we gebruiken verschillende methoden om enterovirussen daadwerkelijk te detecteren … om een ​​genoom van enterovirussen te sequensen. En dat komt vooral omdat enterovirussen de titers erg laag kunnen zijn. En, en hangt er echt van af … vooral bij patiënten met acute slappe myelitis, waarbij hun presentatie enkele dagen kan zijn, in sommige gevallen weken na het begin van de symptomen.

[00:54:22] Dus omdat de titer erg laag is, hebben we verschillende methoden toegepast om genoomsequencing uit te voeren. Ze bevatten dus een tegel-ampliconmethode waarbij je in wezen primers over het hele genoom ontwerpt en PCR van meerdere PCR-reacties tegelijkertijd uitvoert. Dat is het idee. We gebruiken ook een spiked primer-verrijkingsmethode die is ontwikkeld in mijn laboratorium, waar we in wezen verrijken voor enterovirus D68-sequenties, en we verhogen de gevoeligheid van metagenomische sequencing. En dan is er nog een andere methode, die ook een capture probe-methode is voor verrijking. In het algemeen, als de cyclusdrempel door PCR lager is dan 32, zijn we redelijk succesvol geweest in het verkrijgen van het volledige genoom, als het hoger is dan 32, dan kunnen we in sommige gevallen gedeeltelijke genoomsequencing krijgen, of zoals Dr. Mostafa opmerkte. kunnen we ervoor kiezen om onze sequencing te beperken tot bijvoorbeeld het VP1-gengebied voor typedoeleinden.

[00:55:15] Maar over het algemeen geven we er de voorkeur aan dat de psychotherapie minder dan 32 zal zijn, hoewel we succesvol zijn geweest in het herstellen van genomen tot 38. Dus maar, maar dat is echt een beetje vaag of, je vermogen om genoom op dat niveau herstellen. De tweede vraag die u had en die volgens onze ervaring echt relevant is in termen van klinische metadata, was SARS-CoV-2, een van de belangrijkste problemen is niet het probleem dat u geen klinische metadata kunt krijgen, het is het probleem dat het hangt echt af van wie de sequencing doet en hoe we sequencing doen. Dus, bijvoorbeeld volksgezondheidsinstanties doen sequencing voor bewakingsmethoden, er zijn vaak veel beperkingen met betrekking tot de metagegevens die u daadwerkelijk kunt verstrekken en verzamelen.

[00:55:57] Dus in sommige gevallen hebben we bijvoorbeeld moeite gehad om zelfs maar de ophaaldatum te geven. Omdat men denkt dat de ophaaldatum potentieel ja, weet je, een identiteits-identificerende informatie is. Dus ik, ik denk dat dit niet alleen een uitdaging is met betrekking tot enterovirussen, maar met betrekking tot virale sequencing in het algemeen, in termen van het verstrekken van metadata. Ik ben het volledig met iedereen eens dat metadata van cruciaal belang zijn om de, weet je, de klinische relevantie en het belang van de sequentie-informatie te begrijpen. In feite is aantoonbaar sequentie-informatie zonder metadata in de buurt. Het is heel, heel, niet erg nuttig. Maar wat er echt moet gebeuren, is meer coördinatie tussen ziekenhuizen die klinische metadata kunnen leveren om dit te zeggen, de genomische sequentie en patiëntinformatie en meer coördinatie tussen ziekenhuizen en provinciale en nationale en nationale volksgezondheidsinstanties als een manier om een, een meer gecentraliseerd netwerk voor niet alleen het uitvoeren van de sequencing, maar ook voor het verkrijgen van de metadata.

Dr Kevin Messacar: [00:57:00] Heel erg bedankt, Charles. Dus we bereiken de top van het uur. Dus om kort samen te vatten voor onze clinici die er zijn, ik, ik ... de punten die ik uit Charles zou halen, zijn vooral van belang voor deze groep. En AFM-gevallen, we zitten al achter de achtste bal en die patiënten zijn meestal ongeveer een week na hun respiratoire prodromale aanvang, dus dat is wanneer de virale titers lager zullen zijn. Die steekproef wil je dus hebben zodra je AFM vermoedt. Momenteel is het gouden standaardexemplaar een neus-keelholte-exemplaar dat het diepe hersenkraker-exemplaar is. Totdat we betere gegevens krijgen, voeren we op onze site een door CDC gefinancierd onderzoek uit om te kijken naar de uitscheidingscurve van EV 68. We nemen dus seriële uitstrijkjes van kinderen gedurende 21 dagen om te zien hoe lang ze het virus uitscheiden. En als onderdeel daarvan gaan we eigenlijk proberen de intermitterende uitstrijkjes te valideren, dus niet helemaal terug, maar een beetje oppervlakkiger. En velen van ons waren klaar voor SARS-Cov-2, en we krijgen ook speeksel.

[00:57:55] Mensen zijn dus geïnteresseerd in samenwerking. Dr. Hai Nguyen-Tran coördineert hier een studie waarvan je een steekproef zou moeten hebben om met anderen samen te werken. Het zou heel fijn zijn als we minder invasieve steekproeven zouden hebben, indien mogelijk. En als ik deze hele discussie zou moeten samenvatten, we begonnen met een prachtige presentatie over voorspellingen voor de toekomst. Maar ik denk dat zelfs Daniel je zal vertellen dat onze voorspellingen slechts zo goed zijn als de aannames waarop ze zijn gebaseerd. En daar kunnen we de toekomst niet perfect voorspellen, ik denk dat Adriana zal zeggen dat we ons kunnen voorbereiden op wat zou kunnen komen. Dus ik denk dat paraatheid een andere discussie is dan voorspelling en dat we proberen de beste gegevens te gebruiken die we kunnen om seizoenen te voorspellen. We hebben onze voorbereidingen echt in de hand. Dan denk ik dat de CDC aan de kant van de volksgezondheid, deze werkgroep, de oudergroep allemaal aan het werk is om ons best te doen om ons voor te bereiden, als dit terugkomt, dat we meer klaar zijn om goede exemplaren te krijgen, om beter te worden sequentiebepaling van die exemplaren, om betere informatie te krijgen om hopelijk in de toekomst betere zorg te bieden in termen van behandeling en preventie voor deze kinderen.

[00:59:02] Dus ik waardeer ons hele panel voor al uw expertise en uw bijdragen. Wat een geweldige manier om het gesprek met Robin Roberts te beginnen over het grote succes en het hebben van een ICD-code. Onthoud dat u in oktober een patiënt bij diagnose kunt coderen met een diagnosecode voor AFM die al onze toekomstige inspanningen zal helpen. En ik zou jullie allemaal die nieuw zijn in de werkgroep willen aanmoedigen om deel te nemen aan deze maandelijkse oproepen. Het is echt een geweldige samenwerkingsgroep, we kijken ernaar uit om in de toekomst met jullie allemaal samen te werken. En ik zal het doorgeven aan Carlos om de zaak af te ronden.

Dr Carlos Pardo: [00:59:39] Het enige dat ik wil toevoegen is onze grote dank aan alle panelleden, aan Daniel, aan Charles, aan Heba, aan Adriana, aan Robin, en Kevin heel erg bedankt voor het spelen van de rol van moderator. En aan u allen bedankt voor uw deelname aan dit virtuele forum. Nogmaals, houd alsjeblieft in je agenda dat elke donderdag, de derde donderdag, de volgende is op 22 april om 2 uur Eastern Time, en ik stel het op prijs dat er veel deelnemers uit andere delen van de wereld waren. Ik zie deelnemers uit Japan, uit Afrika, uit Nederland en Europa. Heel erg bedankt dat je beschikbaar bent voor deze bijeenkomst. En we hopen dat u ons kunt blijven bezoeken voor het volgende virtuele symposium. En blijf veilig en bedankt, jullie allemaal, voor deelname aan dit panel en symposium. Dag.