Dott. Carlos Pardo: [00:00:00] Buon pomeriggio a tutti. Questa è la riunione di marzo del gruppo di lavoro sulla mielite flaccida acuta. Grazie mille a tutti gli Stati Uniti e altri paesi che hanno aderito all'incontro. Il gruppo di lavoro sulla mielite flaccida acuta è un gruppo di scienziati clinici, ricercatori, operatori sanitari e genitori che si concentrano sulla comprensione della mielite flaccida acuta e in particolare sul miglioramento della mielite flaccida acuta e in particolare sulla cura e il miglioramento della mielite flaccida acuta mielite e la cura e il miglioramento dell'assistenza sanitaria per i pazienti affetti da questo disturbo. Oggi abbiamo un forum virtuale che si concentrerà su un recente articolo pubblicato su Science Translational Medicine sulla circolazione degli enterovirus.

[00:01:05] Ma prima di andare sul forum, vorrei fare alcuni annunci. Il primo annuncio è che il gruppo di lavoro sulla mielite flaccida acuta si riunisce ogni mese. La terza, la terza settimana del mese. Il prossimo incontro si terrà il 22 aprile. Incoraggio le persone a partecipare all'incontro virtuale perché si concentrerà su ciò che sta accadendo con la mielite flaccida acuta in tutto il mondo. E avremo la partecipazione di ricercatori e scienziati di tutto il mondo che hanno esperienza con la mielite flaccida acuta. E vorremmo sapere da loro cosa sta succedendo con la mielite flaccida acuta in altre parti del mondo diverse dagli Stati Uniti. Il secondo annuncio è che lo studio di storia naturale sulla mielite flaccida acuta è in corso. È stato lanciato dal NIH e ha sede presso l'Università dell'Alabama a Birmingham.

[00:02:00] Quindi, questo comprende più di 30 centri medici che hanno reclutato pazienti con mielite flaccida acuta o imitatori per uno studio di questo disturbo. Pertanto, incoraggiamo tutte le persone negli Stati Uniti e i medici che hanno pazienti o sospetti pazienti a contattarci nel caso in cui vi sia interesse a indirizzare i pazienti allo studio. Siamo molto interessati e, siamo vigili e pronti ad affrontare una potenziale epidemia di mielite flaccida acuta nel 2021 e nel 2022. Quindi, ancora una volta, lo studio di storia naturale sulla mielite flaccida acuta che ha sede presso l'UAB, il Dr. David Kimberlin è il leader di questo studio. Voglio dire, tutti i gruppi sono fondamentalmente molto vigili per iniziare a reclutare e valutare pazienti con questo disturbo. Con questa breve introduzione, vorrei passare il microfono al mio collega, il dottor Kevin Messacar dell'Università del Colorado, che sarà il moderatore di questo simposio. Kevin.

Dott. Kevin Messacar: [00:03:14] Grazie mille, Carlos, e grazie per aver organizzato questa sessione e, si spera, sarà interessante e istruttiva. Prima di iniziare, sono super entusiasta di presentare Robin Roberts per fare un annuncio molto entusiasmante, penso per il nostro gruppo di lavoro e per AFM in generale. Robin e io ci siamo conosciuti credo nel 2014. Sono passati diversi anni ormai. Ed è una delle più straordinarie sostenitrici dei genitori per l'AFM. E il lavoro che ha svolto insieme all'Associazione AFM è stato semplicemente incredibile, e le lascerò raccontare un po' della sua storia e fare l'emozionante annuncio prima di arrivare al panel. Puoi andare avanti, Robin.

[00:03:59] Sì.

Robin Roberts: [00:04:00] Grazie Dr. Messacar e grazie al gruppo di lavoro per avermi permesso di presentare un po' per alcuni momenti questo pomeriggio. A mio figlio Carter è stata diagnosticata l'AFM all'improvviso nel 2016, all'età di tre anni e mezzo e letteralmente da un giorno all'altro è stato uno dei pazienti che ne è stato gravemente colpito, è diventato dipendente dalla ventilazione nel giro di poche ore. E oltre a provare alla fine tutte le diagnosi che erano state ideate probabilmente all'epoca, in realtà, è stato in grado di riprendere il controllo solo di alcune dita dei piedi. E così, purtroppo è morto ad agosto, scusatemi, settembre 2018. E attraverso il gruppo di lavoro, attraverso la comunità AFM, sempre alla ricerca di modi per sostenere, raccogliere fondi e fare la differenza. Ma lavoro anche professionalmente nel settore sanitario. E quindi, una delle cose che so... scusate, una delle cose che so è che le compagnie assicurative hanno bisogno di codici per identificare i pazienti, allineare la copertura e capire cosa sta succedendo al paziente. E questo è uno dei pochi modi in cui possiamo dire a una compagnia di assicurazioni, anche ai ricercatori che cercano dati sui pazienti, come trovare qualcuno.

[00:05:12] Quindi, per smettere di etichettare pa-, etichettare i pazienti con una diagnosi generica o non una diagnosi specifica che si addice a ciò che ora siamo in grado di definire clinicamente e identificare come mielite flaccida acuta. L'anno prima ho cercato di ottenere un codice specifico che potesse andare su ogni sinistro, sia che tu sia ricoverato in fase acuta, che tu abbia a che fare con un problema secondario magari con uno pneumologo o un terapista, oppure anche anni dopo, quando stai ancora cercando di fare progressi. E così, quest'anno o solo l'anno scorso, nel secondo anno di tentativi, con il supporto del CDC, la dottoressa Janell Routh, il dottor Kevin Messacar, che è qui, a cui probabilmente ho twittato e inviato messaggi a troppe persone volte negli ultimi cinque anni, ho detto che non posso farcela da solo. Hanno detto che non... non sono abbastanza clinicamente rilevante. E così, sono venuti in mio aiuto per aiutare a combattere la gestione delle informazioni sanitarie nel processo CDC per ottenere un codice specifico.

[00:06:11] E collettivamente, con loro e con il supporto della comunità, siamo così felici di annunciare che a partire dal 1° ottobre di quest'anno, un medico può avere specificità nell'etichettare un paziente a cui viene diagnosticata clinicamente la AFM da un medico per inchiodare un codice che su un reclamo. E così il codice G04.82 può essere utilizzato per fermare la disparità nella codifica, definire chi sono questi pazienti, identificarli, quantificarli. E questo aiuterà a guidare la ricerca, le terapie, la copertura medica alleata per dispositivi e attrezzature e, in definitiva, aiuterà a monitorare, gestire e supportare meglio l'intera popolazione. Quindi, grazie al dottor Kevin Messacar. Grazie ancora al gruppo di lavoro per il vostro tempo. Sono solo molto entusiasta di poterlo avere ora.

Carlo Pardo: [00:07:01] Robin ti dispiace ripetere che il codice per AFM è G?

Robin Roberts: [00:07:06] G0482. Quindi, G04.82, entra ufficialmente a far parte di tutta questa enciclopedia di codici. Può essere combinato con altri sintomi e altre cose che accadono con i tuoi pazienti come diagnosi primaria nel paziente e poi in tutte le visite successive come diagnosi secondaria per qualsiasi problema correlato all'AFM per aiutarci a rintracciare questi pazienti.

Dott. Kevin Messacar: [00:07:33] Grazie mille, Robin. Tutto ciò è stato dovuto al tuo impegno, ma anche a una meravigliosa storia di come il gruppo di lavoro lavora riunendo genitori, medici, sanità pubblica e il CDC è venuto a sostegno di questo. È solo una meravigliosa storia di progressi pratici compiuti in questo settore. E come hai detto, penso che aiuterà a quantificare i casi diagnosticati clinicamente che potrebbero non soddisfare i criteri dei casi epidemiologici. Aiuterà le famiglie con problemi assicurativi e nel complesso ci aiuterà solo a definire questa malattia e a capirne di più. Quindi, grazie ancora, per tutti i vostri sforzi. E, e davvero non posso dire abbastanza, come sono solo in soggezione per quello che sei, sei stato in grado di fare e, ed è un tale onore e un tributo a Carter. Quindi grazie.

Robin Roberts: [00:08:20] Grazie.

Dott. Kevin Messacar: [00:08:23] Quindi, ora vorrei presentare il dottor…. presto-essere-Dr. Daniel Park, studente di dottorato a Princeton sotto la guida di Bryan Grenfell, che lavora in modelli matematici ed epidemiologia. E un'altra congratulazione da trasmettere, ho appena pubblicato un meraviglioso studio di modellazione su Science Translational Medicine che ottiene un livello un po' più granulare della circolazione geografica e temporale dell'enterovirus 68 nei casi di AFM che sono stati osservati in tutto il paese dal 2014. Quindi, inizieremo con una breve presentazione di Daniel, quindi la apriremo e presenterò gli altri nostri relatori. E sentiti libero di porre domande nella chat mentre procediamo, e in seguito le porremo a Daniel e al resto del nostro panel. Quindi Daniel, puoi portarlo via.

Sang (Daniel) Woo Park: [00:09:18] Grazie mille per l'introduzione, Kevin, e grazie per aver organizzato tutto questo e per essere venuto. Sono molto contento di poter condividere il nostro lavoro sulle dinamiche epidemiologiche. Quindi l'enterovirus D68 negli Stati Uniti e le implicazioni per la mielite flaccida acuta. Prima del 2020, vedevamo casi di AFM ogni due anni e anche casi di enterovirus D68 venivano segnalati ogni due anni, suggerendo una certa correlazione tra D68 e AFM. Ma c'erano ancora molte domande rimanenti a cui era necessario rispondere. Quindi, in questo studio, volevamo, volevamo chiedere se possiamo spiegare le differenze geografiche nei tempi dell'epidemia di enterovirus D68, ecco perché alcuni stati hanno focolai successivi o precedenti e possiamo mettere in relazione le stagionalità dei focolai di D68 e dei focolai di AFM attraverso diversi stati. E cosa, cosa, cosa sta guidando tali schemi biennali? Perché riceviamo focolai ogni due anni e ogni anno? E poi questo schema biennale continuerà? È questo, questo tipo di stato persiste? E questo significa che possiamo avere un focolaio nel 2020? Allora lo faremo... abbiamo iniziato a lavorare su queste domande nel settembre del 2019 e quando è arrivato il 2020 c'erano COVID e interventi non farmaceutici, distanza sociale, ecc. e volevamo capire cosa significassero in termini di focolai di D68 per il 2020 e potenzialmente per il futuro .

[00:10:53] Quindi questo lavoro si basa su... questo lavoro si basa sul lavoro della nostra collaboratrice, Margarita Pons-Salort, e del personale del CDC, che ha esaminato la stagionalità di altri focolai di enterovirus negli Stati Uniti, dimostrando che gli stati meridionali ottenere focolai precedenti rispetto agli stati settentrionali che hanno rivelato un ruolo del clima nel plasmare la trasmissione degli enterovirus. E anche il lavoro di Margarita su enterovirus D68 e enterovirus endemici in Giappone, dove è stata in grado di dimostrare che queste complesse dinamiche di epidemia in particolare qui si vedono che Coxsackievirus A2 e A4 mostrano modelli biennali proprio come l'enterovirus D68. Ha dimostrato che questi schemi possono essere spiegati dalle dinamiche SIR, da ciò che noi, noi, noi, ciò che intendiamo è che le persone con immunità specifica per sierotipo per tutta la vita possono spiegare questi schemi biennali o anche più complessi. Quindi, per rispondere a queste domande, utilizziamo i dati di BioFire che crea, una PCR multiplex multi patogeno, il test per più lotti di modelli lampone contemporaneamente e, in particolare, sono in grado di prevedere la presenza di D68 da questi dati del panel dal, il testato da rhinovirus, enterovirus.

[00:12:31] In precedenza, la sorveglianza dell'enterovirus negli Stati Uniti si basava sulla sorveglianza passiva ma, con questa sorveglianza ospedaliera, siamo in grado di ottenere dettagli più granulari su come il D68 circola in diversi stati in un lasso di tempo più preciso. Quindi qui, voglio mostrare come appaiono i dati nel pannello A, vediamo i dati dagli Stati Uniti, e quindi gli stati che dove molti dati provengono da qui come te, noterai che alcuni degli stati sono stati raggruppati insieme, ad esempio, trovi Colorado e Florida, Georgia e South Carolina, è a causa dei requisiti di riservatezza che dobbiamo raggruppare questi dati insieme. Ma nel complesso, come vediamo negli Stati Uniti, a New York e in altri luoghi, vediamo chiaramente modelli di epidemie che si verificano ogni due anni. Ma in alcuni luoghi come l'Ohio, vediamo uno schema più intricato in cui sembra che l'epidemia si verifichi ogni quattro anni.

[00:13:28] Quindi, noi, noi, per prima cosa ci piace capire quando si verificano questi focolai che cerchiamo di applicare nella figura B, questo è essenzialmente quando si verificano i focolai, ma possiamo dimostrare che questi, i tempi del focolaio che qui si riferiscono al baricentro e le figure C e D sono correlate con latitudine media e longitudine media. Questo, questo è coerente con il precedente lavoro su altri enterovirus, evidenziando che gli stati precedenti essenzialmente ottengono che gli stati del sud abbiano focolai precedenti, gli stati del nord ottengono focolai successivi, suggerendo il ruolo del clima nel plasmare la diffusione dell'enterovirus D68.

[00:14:07] Quindi volevamo correlare questi modelli con le dinamiche AFM. Nella figura A, mostriamo i focolai D68 mostrati come grafici a barre e il numero AFM, i casi AFM mostrati come linee rosse. Noi, come vediamo, c'è una correlazione molto chiara tra l'aspetto dei focolai di AFM e dei focolai di D68, anche se ci sono alcune differenze che sembra che l'epidemia di AFM sia aumentata dal 2012, 2014, dove l'epidemia di D68 è stata piuttosto stabile. Non è ancora chiaro se ciò rappresenti un effettivo aumento dei casi di AFM o rifletta solo una migliore sorveglianza. Vediamo anche che sembra che i casi di AFM abbiano raggiunto il picco un mese dopo rispetto ai casi D68, che abbiamo dimostrato nelle figure B e C. Puoi anche vedere nella figura A, ma questo è probabilmente guidato dall'aggregazione dei dati. Quindi AFM, stiamo solo guardando i dati nazionali, mentre BioFire stiamo solo guardando, stiamo guardando circa 20 stati. Quindi non copre tutti gli stati e il loro differenziale, ci sono diversi livelli di sorveglianza a seconda dell'uso dei pannelli BioFire in diversi stati.

[00:15:37] Tuttavia, nella figura, D ed E, come mostriamo c'è a, quindi D è un grafico dei coefficienti di correlazione tra i casi AFM e i casi D68, il giallo è la correlazione più alta, che è presente in quasi tutti gli stati, c'è un, vedi correlazioni positive. E nella figura E, di nuovo, vediamo che c'è una correlazione rumorosa ma positiva, la linea nera è per la nazione e le linee rosse per ogni stato. Quindi sembra che ci sia una correlazione positiva molto chiara tra questo numero di casi D68 e casi AFM che anche altri studi hanno notato in precedenza, siamo qui che stiamo guardando aggiornabile per guardarlo in modo più granulare scala in un'ampia gamma di stati.

[00:16:29] Quando guardiamo a dati su scala ancora più precisa qui a New, New York, Utah e Colorado, lo vediamo ancora una volta, la tempistica dei casi di AFM corrisponde alla tempistica, la tempistica dei focolai di AFM corrisponde alla tempistica del D68 epidemia. Inoltre, non vediamo il ritardo che abbiamo menzionato in precedenza, il che evidenzia ancora una volta che il ritardo è probabilmente determinato dalla variazione geografica nella sorveglianza dell'implementazione di BioFire e da una sorta di problema di aggregazione che non riflette il reale ritardo biologico. Quindi volevamo sapere come sta guidando i modelli biennali delle epidemie di D68? Perché l'epidemia di D68 si verifica ogni due anni? Quindi, abbiamo adottato la metodologia di Margarita. Erano sicuri di usare... era comunque usato per studiare altri enterovirus. Quindi, in sostanza, possiamo elaborare un modello matematico che presuppone l'immunità per tutta la vita. Una volta che le persone vengono infettate, si riprendono completamente e poi possono essere... non possono essere reinfettate. E il ... in tale modello possiamo dimostrare che può corrispondere abbastanza bene alle dinamiche osservate di D68.

[00:17:52] Quindi, qui l'hardware dei pannelli bianchi bianchi, abbiamo provato ad abbinare il modello ai dati. E l'arancione è dove cerchiamo di prevedere le dinamiche future. Quindi, in s- in alcuni casi, Missouri e Utah, Colorado, gli adattamenti e le previsioni sembrano molto buoni. Guardi l'Ohio che si adatta alla ricerca, ma le previsioni sono un po 'difficili solo nella previsione, prometti che le serie temporali brevi possono essere difficili. Ma quando proviamo a includere più dati, vediamo che otteniamo una previsione migliore che suggerisce che l'immunità permanente dall'infezione da enterovirus D68 da sola può effettivamente spiegare le dinamiche, le dinamiche dell'epidemia, i modelli biennali delle epidemie di D68. Vogliamo, vogliamo sottolineare che ciò che conta qui è, la nostra ricerca suggerisce che l'infezione primaria è probabilmente importante. Quindi, non preclude necessariamente la possibilità di infezioni secondarie, ma fintanto che le infezioni secondarie non portano a una quantità significativa di trasmissione, sarà coerente con il nostro modello.

[00:19:12] E abbiamo ulteriormente testato queste simulazioni per dimostrare che i focolai potrebbero non continuare ogni due anni, che i modelli biennali potrebbero non essere necessariamente stabili. Quindi quando, quindi quando è arrivato il 2020, ora dovevamo chiederci qual è l'impatto di questa pandemia sulle dinamiche del D68? Che cos'è, quali sono gli interventi non farmaceutici, le misure di distanziamento sociale che faranno per una, per la diffusione, la circolazione del D68. All'inizio del 2020, abbiamo assistito a un calo dei casi di enterovirus in altri paesi. Declini rapidi. Qui sto mostrando Hong Kong, Corea del Sud, Taiwan. Intorno a marzo, aprile, riportavano praticamente quasi nessun caso di enterovirus. Negli Stati Uniti, sfortunatamente, non disponiamo di dati, in particolare perché l'algoritmo di previsione D68 di BioFire si basa su determinate versioni, ma successivamente non è più disponibile dopo l'aggiornamento del prodotto. Ma possiamo ancora, dal momento che possiamo ancora usare il nostro modello matematico per provare a prevedere se un focolaio nel 2020 sarebbe stato possibile. E se c'è una diminuzione della velocità di contatto e quindi della velocità di trasmissione a causa delle misure di distanziamento? E cosa, cosa significherebbe in termini di future epidemie?

[00:20:48] Quindi qui abbiamo valutato la possibilità di un'epidemia di D68 nel 2020 in un'ampia gamma di scenari, prima in condizioni normali, e mentre c'è una diminuzione della trasmissione del 5%, 10% e 20%. Quindi qui vediamo nel pannello più in alto, pannello B, vediamo una striscia gialla intorno a settembre che indica che una grande epidemia nel 2020 sarebbe stata possibile. Ma, come vediamo, mentre introduciamo, diminuiamo, mentre riduciamo la velocità di trasmissione, queste strisce scompaiono, suggerendo che anche una modesta diminuzione del 20% della velocità di trasmissione avrebbe potuto prevenire l'epidemia. Quindi, questo lavoro, queste previsioni che abbiamo fatto inizialmente ad aprile, intorno ad aprile e marzo. Come avevamo previsto, nel 2020 non si sono verificati focolai di AFM, anche se purtroppo non possiamo, ancora una volta, a causa dell'aggiornamento del prodotto, non possiamo valutare se non ci siano stati focolai di D68. Quindi ci sono state sicuramente diminuzioni nelle segnalazioni di D68 e penso che altre persone, Kevin, incluso Kevin, potrebbero condividere le loro intuizioni da intuizioni cliniche e cliniche.

[00:22:07] Quindi cosa significa questo in termini... cosa, cosa accadrà, cosa accadrà per future epidemie? Avremmo più focolai di AFM D68 nel '21, 2021, 2022? Non abbiamo dati per D68. Ma vogliamo alludere a uno studio condotto, condotto da Rachel Baker nel nostro gruppo, che cerca direttamente di rispondere a questa domanda in generale per le malattie endemiche, questo articolo in cui si concentra sull'RSV, ma le conclusioni generali saranno comunque valide. Quindi questa figura io... riassume molto bene le sue scoperte. Voglio indicare prima quella figura C, quindi dove vengono mostrati i viaggi sciolti quando vengono messi in atto interventi non farmaceutici e le linee rosse mostrano le previsioni del modello. Quindi, prima dello scoppio, l'RSV mostrava modelli epidemici annuali molto chiari. Ma, quando sono stati messi in atto interventi non farmaceutici a causa di COVID, i casi di RSV sono diminuiti rapidamente. Ciò significa che lo siamo, normalmente avremmo un'epidemia nel 2020. Ma poiché ci manca l'epidemia, non permettiamo alla popolazione di sviluppare un'immunità che altrimenti si sarebbe sviluppata nella popolazione. Quindi, stiamo lasciando che la suscettibilità aumenti, come vediamo nella linea blu tratteggiata qui, che è più suscettibile. E con l'aumentare della suscettibilità e della popolazione, alla fine, quando revocheremo le misure di intervento, potremmo avere un'epidemia più grande in futuro.

[00:23:55] Ma c'è una grande incertezza su quando, quanto grande sarà questo focolaio, che è mostrato nella riga superiore del pannello A e B. E c'è anche che mostra la dimensione del picco dell'epidemia, come puoi vedere, potrebbe variare da uno a nove. Quindi uno è lo stesso rapporto e nove è un aumento di nove volte della dimensione endemica. E c'è anche una grande incertezza su quando accadrà questa, la prossima epidemia, che è mostrata nella data di picco della riga in basso, come puoi vedere potrebbe accadere ovunque tra il 2021 e il 2025. E questi dipendono da quanto tempo questi interventi vengono messi in atto e quanto, quanto sono forti questi interventi. Ma il punto chiave è che mettere gli interventi sulla prevenzione, sulla prevenzione di un focolaio va bene per ora, ma farà sì che la popolazione di suscettibilità continui ad aumentare perché ci mancano i focolai e questo potrebbe portare a un focolaio maggiore in futuro.

[00:25:05] Quindi, in sintesi, il nostro studio è stato in grado di dimostrare una forte correlazione spazio-temporale tra i casi D68 e AFM, fornendo un supporto ecologico per la loro causalità. E abbiamo anche previsto che una grave epidemia di D68 sarebbe stata possibile nel 2020 in condizioni normali. Tuttavia, la diminuzione del tasso di contatto dovuta alle attuali misure di intervento ha probabilmente impedito l'epidemia di D68 e forse l'epidemia di AFM. Ma questo significa che la popolazione di suscettibilità inizierà a crescere e in futuro potremmo avere un focolaio più grande. Quindi volevamo tutti ringraziare i collaboratori e le persone, in particolare le persone del CDC e del Dipartimento della sanità pubblica di New York e del Colorado, che hanno anche condiviso i loro dati. Grazie mille.

Dott. Kevin Messacar: [00:26:10] Grazie mille, Daniele. È stato davvero fantastico. E sarà un ottimo punto di partenza per le domande nel panel. Incoraggia di nuovo il pubblico a continuare a porre le tue domande nella chat e cercheremo di risponderle man mano che arrivano. Affronterò le prime due domande, ma prima vorrei presentare il resto del panel. Vorrei iniziare con la dottoressa Adriana Lopez, epidemiologa presso i Centers for Disease Control and Prevention nel team di mielite flaccida acuta che lavora su questo da molti anni ed è una delle esperte nazionali nell'epidemiologia dell'AFM . Il dottor Charles Chiu, medico e ricercatore in malattie infettive, microbiologo clinico e guru del sequenziamento in abbondanza presso l'UCSF, ha svolto molto lavoro nel sequenziamento degli isolati EV-D68 e ora potresti vederlo fare molto del sequenziamento per alcune delle varianti SARS-CoV-2 e porta una prospettiva davvero unica, dal lato dell'epidemiologia molecolare delle cose e anche dal lato micro clinico delle cose.

[00:27:19] Ho presentato il dottor Daniel Park, che rimarrà, e il nostro ultimo relatore sarà il dottor Heba Mostafa di John Hopkins che ho appena incontrato oggi, ma so che ha svolto molto lavoro nell'epidemiologia Sorveglianza e sequenziamento degli isolati di Enterovirus attraverso gli sforzi di John Hopkins. Quindi, penso che oggi abbiamo un grande panel. Spero che questo possa rispondere a molte delle tue domande. Penso che molte delle risposte saranno sconosciute per il futuro, ma utilizzando i dati di Gen... Daniel come punto di partenza cercheremo di generare alcune buone discussioni sulla preparazione e su cosa possiamo fare in vista delle stagioni che Venire. Inizierò con le prime domande emerse nella chat che riguardavano la firma EV-D68 sulla piattaforma BioFire. E inizierò dalle basi da zero su questa piattaforma di test clinici di BioFire. Per coloro che non hanno familiarità, BioFire è un'azienda commerciale che fornisce piattaforme di test clinici. Il loro pannello dei patogeni respiratori è un pannello PCR multiplex che testa diversi virus respiratori e alcuni batteri. E uno dei bersagli è l'enterovirus, bersaglio del rinovirus per quella famiglia di virus che sono ancora geneticamente simili. Non riferiscono se si tratta di un virus rinoceronte, se si tratta di eno-enterovirus o di quel tipo di enterovirus.

[00:28:48] Tuttavia, si sono resi conto quando hanno iniziato a sviluppare il loro programma di tendenza, che è un programma mediante il quale ottengono dati de-identificati dai centri che si iscrivono per ottenere i risultati dei test e fornire un monitoraggio epidemiologico in tempo reale dei patogeni che stanno attraversando la tua regione di sistema, il paese che ciò potrebbe avere delle implicazioni per migliorare la nostra sorveglianza per l'enterovirus D68, che molti di noi sanno non ha un test clinicamente disponibile. Dopo l'epidemia del 2014, il CDC era davvero l'unico posto dove si potevano fare i test per l'EV-D68. Successivamente, diverse istituzioni hanno sviluppato le proprie PCR specifiche per EV-D68, ma in generale non sono clinicamente disponibili. E così, i dati epidemiologici sono stati per lo più a livello nazionale, osservando quando vediamo EV-D68 presentarsi quando vediamo casi di AFM presentarsi a Daniel i dati scavano nella firma che ci torna. Quello che BioFire ha fatto nel documento che ho pubblicato lì che non faceva parte di questo sforzo che era prima di questo sforzo è stato, hanno preso questi campioni noti di EDRV, hanno eseguito una PCR specifica per EV 68 per sapere quali di loro erano EV 68, quale quelli non lo erano, e quindi usa un po 'di apprendimento automatico per esaminare le complessità delle curve di fusione per gli obiettivi di rinoceronte entero che compongono caso per caso. Ma, su una scala epidemiologica più ampia, è stato in grado di dirci una specie di mappa termica quando l'EV 68 si stava presentando in quali regioni del paese, in quale momento fino a quando i test RPP erano iniziati con BioFire. Ciò ci ha permesso di fare un'analisi più granulare dell'associazione tra i casi di AFM in quelle regioni e la circolazione di EV 68. La parte davvero sfortunata in cui Daniel è scivolato lì alla fine che ho inserito nei commenti, in risposta alla seconda domanda, è stata che questa firma è stata recentemente persa poiché il pannello è stato aggiornato all'RPP 2.1 che include il SARS-CoV- 2 target, ora ha perso la capacità di avere questa firma EV 68. Quindi, possiamo imparare dai modelli del passato, ma non saremo in grado di continuare a usarli con lo stesso livello di solidità in futuro. Quindi smetterò di monopolizzare la tavola rotonda lì. Ma il dottor Mostafa, o uno qualsiasi degli altri che fanno queste domande, risponde alle tue domande per quanto riguarda la firma BioFire? E ancora, ti rimanderei a quell'articolo di Myers e JCB.

Dott. Heba Mostafa: [00:31:40] Grazie. Sì, è stato fantastico.

Dott. Kevin Messacar: [00:31:45] Va bene. Devo scansionare la chat molto velocemente, perché stavo parlando. Cominciamo con la prima domanda che vedo arrivare dopo. Esiste un modo per utilizzare questi strumenti per prevedere la potenziale evoluzione del virus durante una recessione? Ti aspetteresti una maggiore variazione rispetto agli attuali B3 e A2 e D per coloro che non sono a conoscenza? C'è un po 'di discrepanza nella letteratura su cosa chiamare A2 rispetto a D, i sottocladi sarebbero limitati a causa della mancanza di casi e della conseguente selezione immunologica? Che bella domanda e inizierei se qualcuno dei relatori volesse intervenire altrimenti, io, ho indicato Charles per iniziare, ha lavorato molto sulle varianti per SARS-CoV-2 questi sono virus a RNA, cosa ci aspetteremmo che accada durante un anno di bassa tiratura per quanto riguarda il cambiamento dei sinistri e l'evoluzione? Cosa suggerirebbe la tua esperienza?

Dott. Charles Chiu: [00:32:43] Sì, è un'ottima, è un'ottima domanda. E, sai, io, io, direi subito, che probabilmente non sappiamo con certezza cosa accadrà riguardo all'evoluzione. E parte del motivo per cui è molto difficile è che, come sai, ci sono stati pochissimi casi reali. Sai che c'è stata una netta riduzione dei casi in generale per i virus a RNA e gli entero-enterovirus, i virus a RNA. Per i virus a RNA ci si aspetterebbe che l'emergere di, di, di, di mutazioni e selezione, ed essenzialmente evoluzione di, di variazione si verifichi tipicamente se si ha una replicazione in corso. Quindi più casi, in generale, più è probabile che vedremo variazioni. Mi aspetto che durante questa flessione, probabilmente ci saranno meno variazioni. Quindi, sarei lì ... Ma, l'altra cosa su cui devo mettere in guardia è che gli enterovirus sono molto, lì, c'è molto sugli enterovirus in particolare che non sappiamo davvero. Anche se, sai, alcuni dei... il lavoro che Daniel ha presentato è fantastico.

[00:33:50] È, è, è ancora il fatto che per molti focolai, non sappiamo esattamente per certo perché certi cladi, o, o certi lignaggi genetici del virus, lo faranno tendono ad essere predominanti, diciamo in un dato focolaio rispetto a un altro. Ed è, in realtà sono diverse ragioni di una delle quali potrebbe includere semplicemente una deriva genetica casuale. Quindi, quello che chiamiamo effetto del fondatore, dove essenzialmente si trova solo in una popolazione suscettibile. Se hai un particolare a parità di condizioni, se hai, ad esempio, diversi ceppi di enterovirus che hanno tutti la capacità di causare AFM il ... e, ed è davvero, in alcuni casi, può essere casuale, dove tu capita di avere un focolaio nel posto giusto con, con la popolazione suscettibile.

[00:34:38] Quindi direi che al momento non sappiamo esattamente, prevedo che probabilmente non vedremo molta differenza, anche se potrebbe certamente essere così, che sicuramente potrebbe essere sbagliato sai, dato, dato, come ho detto prima la difficoltà nel prevedere esattamente quali cladi di enterovirus saranno associati a un dato focolaio. Ma penso che ... la domanda sia davvero, penso sia importante in quanto evidenzia davvero la necessità di fare effettivamente sorveglianza genomica. E quindi, quindi il dottor Messacar, Kevin ha menzionato questo, attualmente, che, sai, senza attualmente, sarà difficile fare la sorveglianza con il BioFire perché non abbiamo la capacità di identificare gli enterovirus. Ma in realtà farei un passo oltre e direi che senza eseguire il sequenziamento genomico, noi, noi, non avremo modo di identificare i cladi. E quindi, penso che alla fine sarà davvero importante continuare a fare sorveglianza genomica per l'enterovirus D68 poiché attualmente stiamo facendo sorveglianza genomica di SARS-Coronavirus-2, per esempio.

Dott. Kevin Messacar: [00:35:44] Dott. Mostafa, ha qualcosa da aggiungere? So che hai lavorato molto sulla talpa... epidemiologia molecolare di...

Dott. Heba Mostafa: [00:35:50] Sì, quindi io, volevo anche seguire la spiegazione del Dr. Chiu della prima metà della domanda che riguarda principalmente gli strumenti che possono differire, che possono effettivamente differenziare tra i diversi cladi. E chiariamo un po' le diverse opzioni che di solito abbiamo. Quindi gli approcci diagnostici nel laboratorio clinico degli enterovirus si basano sul rilevamento di una sorta di area conservativa nel genoma che è la regione delle cinque prime UTR. E questa regione di solito non fa differenza tra enterovirus e rinovirus. E questo è lo stesso approccio utilizzato anche dal saggio BioFire. Quindi, per essere in grado di esaminare i genomi e identificare D68 rispetto ad altri o anche differenziare i diversi sottocladi, dobbiamo esaminare una specie più simile o digitare una regione specifica nel genoma che è stata la regione VP1. E poi c'è il metodo classico per farlo con il sequenziamento di Sanger che purtroppo non è stato fatto molto spesso per gli enterovirus.

[00:37:09] Ed è per questo che non abbiamo molti dati sulla sorveglianza degli enterovirus a livello nazionale. Questo metodo BioFire per concludere le firme è in realtà molto era molto elegante perché così è un, questo è un saggio che viene utilizzato clinicamente. Quindi puoi davvero avere molti dati se questa sensibilità è accettabile, cosa che penso lo sia. Quindi l'altra cosa che volevo evidenziare è che quei dati di cladi o sottocladi che abbiamo, erano principalmente basati su quella sequenza VP1, ma poi non ci sono troppi genomi interi disponibili anche per darci maggiori informazioni. Quindi, in realtà c'è da fare e quindi implementare una sorveglianza saggia per piacere, fornire una migliore comprensione di, di questo come la circolazione, l'evoluzione e i diversi tipi che circolano in luoghi diversi.

Dott. Kevin Messacar: [00:38:10] Grazie mille. Penso che se c'è una cosa su cui tutti saremo d'accordo, nel panel è che abbiamo bisogno di una migliore epidemiologia molecolare e, e sequenziamento, degli enterovirus in generale. Per quelli di voi che non l'hanno visto prima del sito Web della schermata successiva, qualsiasi sito Web XP, SPR AI N, fa epidemiologia molecolare per una serie di agenti patogeni emergenti e ha incluso l'enterovirus D68 in questo, e prendono tutto il pubblico disponibile, sequenziato isola tramite DP1 uno o tutto il genoma e in tutto il mondo e fa una bella analisi filogenetica e un'analisi geografica di quali flussi circolano dove. Tuttavia, questo è estremamente limitato dalla provenienza delle sequenze. Quindi, se le cose non stanno andando in sequenza, non verranno mostrate lì. E penso che il dottor Mostafa e il dottor Chiu abbiano entrambi sottolineato con forza che abbiamo bisogno di più sequenziamento di più isolati.

[00:39:07] In seguito chiamerò il dottor Lopez perché il CDC e altri, credo, hanno riconosciuto che la nostra sorveglianza degli enterovirus è stata a lungo un sistema piuttosto passivo attraverso il National Enterovirus Surveillance System, ma ha ha iniziato a rafforzare gli sforzi, incluso il coinvolgimento di alcune reti di sorveglianza aggiuntive per migliorare, almeno la sorveglianza dell'enterovirus D68. Quindi, dottor Lopez, vuole parlare dell'NBSN e di alcuni degli altri sforzi del CDC?

Dott.ssa Adriana Lopez: [00:39:35] Certo. Grazie Kevin. Sì, quindi, come ha detto Kevin, abbiamo messo insieme una nuova rete di sorveglianza dei vaccini che ha esaminato una potenziale rete di sorveglianza attiva basata sulla popolazione. Ed è per malattie respiratorie acute nei bambini di età inferiore ai 18 anni. E quello che succede è che registriamo i bambini che sono ricoverati in ospedale o visitano i reparti di emergenza in sette centri medici negli Stati Uniti. E campioni raccolti da questi pazienti e poi testati. E questo era originariamente per malattie respiratorie acute, e poi abbiamo aggiunto l'AFM un paio di anni fa. E così, testano i campioni dalla maggior parte dei siti testano i campioni da luglio a ottobre per cercare la circolazione e la tipizzazione degli enterovirus. Quindi, testeranno e alcuni siti testeranno specificamente tutti i campioni per EV-D68, altri testeranno solo quelli che sono positivi all'enterovirus, al rinovirus, e poi esamineranno quelli per il test.

[00:40:40] Quindi questo è quello che abbiamo usato in termini di sorveglianza attiva per osservare e monitorare la circolazione degli enterovirus per aiutare a fungere da possibile allerta per noi per AFM. Quindi, l'abbiamo usato negli ultimi anni. E con il 2020, sai, non so se molti di voi sanno con il mondo, come ha detto Brian, non ci sono stati molti casi nel 2020, come ci aspettavamo o previsto. Abbiamo avuto un totale di 31 casi confermati. Quando nel 2018 ne abbiamo 238. Quindi il 2020 ha finito per essere più simile a un anno non di punta. E abbiamo esaminato i nostri dati dai nostri siti NBSN per vedere cosa stava succedendo in termini di circolazione di enterovirus e circolazioni di EV-D68. Abbiamo visto che alcuni siti avevano rilevato EV-D68. Ma questo era molto specifico per il sito, non tutti i siti lo avevano. E c'erano numeri bassi, però. Ma ciò che è stato interessante sono stati solo i numeri che abbiamo visto erano un po' più alti di quelli che avremmo visto negli anni non di punta, ma molto più bassi di quelli che abbiamo visto nel 2018.

[00:41:55] Quindi è stato interessante guardarlo. E continuano a testare l'EV-D68 fino a dicembre, solo per vedere se forse la pandemia ha causato uno spostamento e una circolazione, ma a dicembre non hanno avuto alcun rilevamento. E stiamo anche esaminando il nostro sistema nazionale di sorveglianza degli enterovirus per vedere se ci sono modi in cui possiamo migliorarlo, questo è un sistema passivo. Uno dei principali reporter di quel sistema è CDC. Quindi, i campioni che potremmo inserire in quel sistema, ma dipende davvero da ciò che i laboratori stanno segnalando a quel sistema. Quindi, si spera, possiamo aumentare la nostra partecipazione per contribuire a rafforzare anche quel sistema.

Dott. Kevin Messacar: [00:42:43] Fantastico, grazie mille, Adriana. Per coloro che stanno inviando domande e si sentono a proprio agio con esso, prova a premere il pulsante per inviarlo non solo a tutti i relatori, ma anche al pubblico, perché sto ricevendo un sacco di commenti davvero interessanti, ma non credo tutti possono, possono vederli. Quindi non credo che le persone abbiano intenzione di inviarli in privato. Ma se non ti dispiace, invia i tuoi commenti a tutto il pubblico che ci aiuterà a seguire. Prenderò la prossima domanda che non è stata pubblicata pubblicamente. Ma è del dottor Amary Fall, che, per quelli di voi che non si sono imbattuti nel suo lavoro, è una delle poche persone in Africa, nell'Africa occidentale che fa lavori molecolari con gli enterovirus e con l'EV-D68, ha pubblicato alcuni bei documenti che questo non è un problema isolato nordamericano o europeo. Questo si sta davvero manifestando in tutto il mondo. E ha posto la domanda che penso sia nella nostra mente dopo aver visto la presentazione di Daniel è, sai, con il minimo nel 2020, cosa ci aspettiamo in termini di questo ritorno? E lo porterò un po' in una direzione diversa, perché penso che abbiamo parlato delle variazioni di anno in anno.

[00:43:49] E la mia opinione personale su questo è che agli enterovirus non piacciono i numeri pari, non c'è motivo per cui sono arrivati ​​nel 2014, '16, '18, hanno solo bisogno di corpi caldi che siano suscettibili di circolare. E quindi certamente, il fatto che abbiamo perso il grande anno di diffusione nel 2020, significherebbe che ci sono bambini più suscettibili là fuori nel 2021, 2022, e dipende davvero dalle strategie di mitigazione in atto. Quindi, porrò la domanda più impegnativa al gruppo con altri virus respiratori, ad esempio RSV e forse iniziando a vedere un po' con l'influenza che erano socialmente distanti, non hanno visto periodi di circolazione normale. Stiamo iniziando a vedere alcuni segni di emergenza non stagionale, in particolare con RSV in Australia, dove hanno avuto un focolaio abbastanza grande di RSV che non era nella loro tipica stagione di RSV. Quindi, quando vedremo tornare gli enterovirus perché risponderò al titolo di Carlos di questa presentazione, "Gli enterovirus torneranno?" Si lo faranno. Non sappiamo quale, non sappiamo quando.

[00:44:52] Ma quando torneranno, ti aspetteresti che nelle nostre zone temperate dove tipicamente si presentano in estate per cadere, che riappaiano in quel determinato periodo? O dovremmo espandere la nostra sorveglianza come, sai, CDC ha fatto con alcune delle loro reti di sorveglianza per cercare la circolazione non stagionale? Potrebbero presentarsi in inverno, potrebbero presentarsi in una stagione per la quale non eravamo davvero preparati? E chiunque voglia saltare su quella granata alta si senta libero.

Dott. Heba Mostafa: [00:45:21] Forse posso iniziare fornendo solo un po' dei nostri dati dal laboratorio clinico per la stagione. Quindi hai ragione sul fatto che questa è una stagione influenzale davvero unica o una stagione influenzale da ragno che si rivela non essere davvero la stagione influenzale. Quindi non abbiamo visto alcuna influenza o RSV fino a poco tempo fa, quando abbiamo iniziato a vederne pochissimi, forse tre RSV e tre influenza. Ma non abbiamo smesso di vedere grind/antro positivi. Quindi abbiamo visto aspetti positivi per tutto l'anno. I numeri totali sono stati inferiori a quelli di un armadio convenzionale qui. Ma anche l'importo, il numero totale dei test è stato inferiore anche perché le cliniche erano chiuse e molte pratiche erano chiuse. Ma era affascinante che l'entero-rinoceronte del pannello respiratorio esteso fosse come il principale obiettivo rilevato, seguito da pochissimi casi di aggiunta di virus.

[00:46:23] Siamo stati di virus entero-rinoceronti, abbiamo iniziato a farlo, questo nel 2019 e continuiamo a guardare i campioni del 2020. Ed è davvero notevole perché tu... poiché, come ho menzionato quei saggi dei pannelli estesi, in realtà non fanno differenza tra rinoceronte ed enterovirus. Quindi abbiamo effettivamente iniziato il nostro algoritmo testando quei positivi con un saggio PCR un po' più specifico che può essere più specifico per gli enterovirus, e una percentuale molto, molto piccola di quelli era positiva con questo saggio più specifico che indicava che il principale virus circolante è in realtà rinoceronte e quindi all'interno di quei positivi, li abbiamo sequenziati con Sanger c'è il metodo per digitare. Ed è stato interessante vedere fondamentalmente, inoltre, che una grande percentuale di loro era legata al rinoceronte. E poi all'interno dei numeri minuscoli di quel tipo e di entero abbiamo visto più enterovirus, D68 e 2020, che nel 2019.

[00:47:37] Ma è ancora come un piccolo numero. Quindi noi, noi ... io, dovrei dire che avevamo l'enterovirus D68, in circolazione nel 2020. Allora perché, perché non abbiamo visto focolai e così via? Penso che sia ancora a causa del modello unico dell'anno con l'allontanamento sociale e tutto a posto, ma è anche straordinario che sia circolato. Darò, darò la possibilità a qualcun altro di entrare.

Dott.ssa Adriana Lopez: [00:48:06] Bene, volevo solo dire che con i siti NBSN, ci sono un paio di siti che testano tutto l'anno. Quindi, lo stanno guardando anche loro. Ma stiamo anche avviando un progetto con i nostri programmi di infezioni emergenti e due siti per fare un po' di sorveglianza degli enterovirus osservando malattie neurologiche più gravi, ma ciò sarà utile anche in termini di osservazione della circolazione degli enterovirus.

Dott. Kevin Messacar: [00:48:34] E vorrei solo aggiungere i nostri dati locali, abbiamo testato oltre 400 esemplari nel 2020 e, e non ne avevamo uno solo e quelli sono tutti positivi all'EVRV nei dati del Bihar hanno un solo positivo EV-D68 buono io ero stato chiazzato come è stato visto in e BSN dove alcune aree hanno visto una piccola quantità di circolazione. Ma, a livello nazionale, non abbiamo visto un grande focolaio. Dr. Mostafa, lei ha sollevato un'altra domanda che porterò a Daniel e Adriana e che è qualcosa che nessuno è stato in grado di spiegarmi finora. Ho le mie teorie. Ma perché i rinovirus sono emersi per primi? Quando abbiamo visto i virus respiratori iniziare a riemergere dopo il blocco iniziale, potrebbe essere spiegato dal fatto che i vari virus non sono, SARS-CoV-2 è il più alto e continua a circolare con la mancanza di immunità fuori lì, il virus del rinoceronte potrebbe potenzialmente essere inferiore ma, o inferiore a SARS-CoV-2, ma, EV 68, potenzialmente inferiore a quello. Perché vediamo emergere i rhinovirus, ma non abbiamo visto altrettante malattie da enterovirus?

Sang (Daniel) Woo Park: [00:49:44] Sfortunatamente, non lo so neanche io. È qualcosa che tutti volevamo sapere ma, ho sentito ipotesi sopra, forse qualcosa a che fare con alcuni dei virus che sono stati avvolti e alcuni di loro non sono stati avvolti. Ma non ho alcuna risposta sul perché i rhinovirus siano. Ma sembra che sia un modello molto persistente in diversi paesi, non solo negli Stati Uniti. Lo vediamo nei paesi asiatici, nei paesi europei che anche quando prima pensavano anche quando altri agenti patogeni respiratori non sono tornati quando altri agenti patogeni respiratori sono praticamente estinti, i rinovirus sembrano persistere in questi paesi.

Dott. Kevin Messacar: [00:50:32] Sì

Dott. Heba Mostafa: [00:50:32] che fortunatamente [

Dott. Kevin Messacar: [00:50:33] diafonia 00:51:00] -Adriana e tu potreste circolare-

[00:50:34] [ride].

[00:50:35] [ride].

Dott.ssa Adriana Lopez: [00:50:36] Sì, sfortunatamente, non ho altre [ride] domande. Feedback su ciò che ha detto Brian, è difficile sapere davvero perché, ma continueremo a pensarci e proveremo ad esplorare cose diverse. Ma, sì, a partire da ora, non solo non ne siamo sicuri.

Dott. Kevin Messacar: [00:50:59] E voglio fare un rapido punto pratico nella domanda due, dopo due e Mostafa, ci sono alcuni commenti in arrivo sul tipo di scarsa qualità dei dati genomici delle sequenze che escono su EV 68. E sottolinea anche che oggi abbiamo parlato molto dell'EV 68, ma sappiamo che anche altri enterovirus non polio possono causare AFM, quindi è necessario cercarli e rendersene conto. Ma su una questione pratica, per i campioni che arrivano da te per poter recuperare l'intero genoma, cosa possono fare i medici di turno in termini di quali sono i migliori campioni da raccogliere? Su che supporto inserirli? Quale trasporto come farteli arrivare con le migliori possibilità di ottenere dati della massima qualità una volta che raggiungono il tuo laboratorio?

Dott. Charles Chiu: [00:51:49] Quindi forse posso affrontarlo. Quindi io, penso Kevin, avevi due domande lì. La prima domanda riguarda i metadati, l'importanza dei metadati e dei database di sequenze. Affronterò l'altra domanda, che riguarda l'acquisizione di un campione, voglio dire, quindi in genere il nostro interesse è così per il recupero della sequenza del genoma, è davvero quello che vogliamo, vogliamo ottenere essenzialmente RNA intatto a lunghezza intera. E poiché l'RNA è, è abbastanza labile nuovo in genere, vorremmo che un campione, idealmente, fosse essenzialmente congelato il prima possibile o, o attualmente per saggi clinici. In genere i requisiti di stabilità dei campioni sono che vengano congelati entro sei ore dalla raccolta e ciò non è sempre possibile. Ma, ma per noi riferire, diciamo, un risultato clinico, sia da met- da un test metagenomico o da un test PCR diretto dovrebbe essere congelato entro sei ore e, e mantenuto congelato.

[00:52:48] In termini di tipo di campione effettivo, abbiamo esaminato principalmente i tamponi nasali in UTM o VTM, anche se io, sono consapevole che abbiamo, in realtà abbiamo anche svolto alcuni studi di saliva allo stesso modo, poiché c'è stato un interesse nel muoversi potenzialmente spostando la saliva. Non abbiamo visto penso che non abbiamo visto le stesse, le stesse tendenze della SARS-Coronavirus-2 in cui stiamo effettivamente vedendo cariche virali più elevate nella saliva. Quindi, ma cosa penseresti che potrebbe esserci una carica virale comparabile, quindi la saliva potrebbe essere un tipo di campione interessante da convalidare soprattutto perché sai, molti gruppi stanno raccogliendo saliva, sai, per SARS-CoV-2, almeno in, in pazienti ambulatoriali o in caso di infezione asintomatica.

[00:53:33] Quindi ed è un campione più facile da raccogliere rispetto a un tampone faringeo nasale. Quindi per quanto riguarda, fintanto che non è stato pensato, su più stili liberi, o sono stati citati in precedenza, o usano altri scopi, voglio dire, in genere vogliamo essenzialmente il più fresco possibile da campionare appena congelato per il sequenziamento genomico . Per quanto riguarda i titoli effettivi, abbiamo avuto successo. Quindi usiamo una varietà di metodi per rilevare effettivamente gli enterovirus ... per sequenziare un genoma di enterovirus. E questo principalmente perché gli enterovirus possono essere i titoli possono essere molto bassi. E, e dipende davvero... soprattutto nei pazienti affetti da mielite flaccida acuta in cui la loro presentazione può avvenire diversi giorni, in alcuni casi, settimane dopo l'insorgenza dei sintomi.

[00:54:22] Quindi, poiché il titolo è molto basso, abbiamo adottato una varietà di metodi per eseguire il sequenziamento del genoma. Quindi, includono un metodo di amplificazione di piastrellatura in cui essenzialmente si progettano primer attraverso il genoma e si esegue la PCR di più reazioni PCR contemporaneamente. Questa è l'idea. Usiamo anche un metodo di arricchimento del primer a spillo che è stato sviluppato nel mio laboratorio, dove essenzialmente arricchiamo per le sequenze di enterovirus D68 e aumentiamo la sensibilità del sequenziamento metagenomico. E poi c'è un altro metodo, che è anche un metodo della sonda di cattura per l'arricchimento. In generale, se, se la soglia del ciclo mediante PCR è inferiore a 32, abbiamo avuto un discreto successo nell'ottenere l'intero genoma, se è superiore a 32, allora in alcuni casi possiamo ottenere un sequenziamento parziale del genoma, oppure possiamo, come ha commentato il Dr. Mostafa su, possiamo scegliere di limitare il nostro sequenziamento per dire la regione del gene VP1 per scopi di tipizzazione.

[00:55:15] Ma in generale, preferiamo che la psicoterapia sia inferiore a 32, anche se siamo riusciti a recuperare genomi fino a 38. Quindi, ma, ma è davvero un po' impreciso o, la tua capacità di recuperare i genomi a quel livello. La seconda domanda che hai avuto e che è davvero rilevante in termini di metadati clinici nella nostra esperienza è stata SARS-CoV-2, uno dei problemi principali non è il problema di non essere in grado di ottenere metadati clinici, è il problema che dipende davvero da chi sta eseguendo il sequenziamento e da come lo stiamo facendo. Quindi, ad esempio, le agenzie di sanità pubblica stanno eseguendo il sequenziamento per i metodi di sorveglianza, spesso ci sono molte restrizioni riguardo ai metadati che puoi effettivamente fornire e raccogliere.

[00:55:57] Quindi, in alcuni casi, abbiamo avuto difficoltà, ad esempio, anche a fornire la data di ritiro. Perché si pensa che la data di raccolta sia potenzialmente sì, sai, un'informazione che identifica l'ide. Quindi, penso che questa sia una sfida non solo per quanto riguarda gli enterovirus, ma rispetto al sequenziamento virale in generale, in termini di fornitura di metadati. Sono completamente d'accordo con tutti sul fatto che i metadati siano fondamentali per poter comprendere, sai, la rilevanza clinica e l'importanza delle informazioni sul sequenziamento. In effetti, probabilmente, le informazioni sulla sequenza senza metadati sono, sono, sono vicine. È molto, molto, poco utile. Ma ciò che deve veramente essere fatto è un maggiore coordinamento tra gli ospedali che possono fornire un collegamento ai metadati clinici per dire questo la sequenza genomica e le informazioni sui pazienti e un maggiore coordinamento tra ospedali e contea e agenzie sanitarie pubbliche statali e nazionali come un modo per fornire un, un rete più centralizzata non solo per eseguire il sequenziamento, ma anche per acquisire i metadati.

Dott. Kevin Messacar: [00:57:00] Grazie mille, Charles. Quindi stiamo raggiungendo la parte superiore dell'ora. Quindi, per riassumere brevemente per i nostri medici là fuori, io, io ... i punti che estrarrei da Charles sono particolarmente interessanti per questo gruppo. E i casi di AFM, siamo già dietro l'ottava palla e quei pazienti sono in genere circa una settimana dopo il loro inizio prodromico respiratorio, quindi è allora che i titoli virali saranno più bassi. Quindi vuoi ottenere quel campione non appena sospetti AFM. Attualmente, l'esemplare gold standard è un esemplare faringeo nasale che è il solletico cerebrale profondo, esemplare. Fino a quando non avremo dati migliori, stiamo conducendo uno studio presso il nostro sito finanziato dal CDC per esaminare la curva di diffusione dell'EV 68. Quindi, eseguiamo tamponi seriali di bambini di età superiore a 21 giorni per vedere per quanto tempo trasmettono il virus. E come parte di ciò proveremo effettivamente a convalidare i tamponi intermittenti, quindi non fino in fondo, ma un po' più superficiali. E molti di noi stavano facendo per SARS-Cov-2, e stiamo anche ricevendo la saliva.

[00:57:55] Quindi, le persone sono interessate a collaborare. Il dottor Hai Nguyen-Tran qui sta coordinando uno studio di cui dovresti avere un campione per collaborare con altri, sarebbe davvero bello se avessimo un campionamento meno invasivo, se possibile. E se dovessi riassumere l'intera discussione, abbiamo iniziato con una meravigliosa presentazione sulle previsioni per il futuro. Ma penso che anche Daniel ti dirà che le nostre previsioni sono valide solo quanto i presupposti su cui si basano. E lì non possiamo prevedere perfettamente il futuro, penso che Adriana dirà che possiamo prepararci per quello che potrebbe arrivare. Quindi, penso che la preparazione sia una discussione diversa dalla previsione e che cerchiamo di utilizzare i migliori dati possibili per prevedere le stagioni che verranno. Possiamo davvero controllare i nostri preparativi. Quindi penso che il CDC sul lato della salute pubblica, questo gruppo di lavoro, il gruppo dei genitori stia lavorando tutti per fare del nostro meglio, per prepararci, se questo dovesse tornare, che siamo più pronti a ottenere buoni esemplari, a stare meglio sequenziamento di quegli esemplari, per ottenere migliori informazioni per fornire, si spera, in futuro una migliore assistenza in termini di trattamento e prevenzione per questi bambini.

[00:59:02] Quindi, apprezzo tutto il nostro panel per tutta la tua esperienza e i tuoi contributi. Che modo meraviglioso per iniziare il discorso con Robin Roberts sul grande successo e avere un codice ICD. Ricorda che in ottobre puoi ora codificare un paziente alla diagnosi con un codice di diagnosi per AFM che aiuterà tutti i nostri sforzi futuri. E vorrei incoraggiare tutti voi ragazzi nuovi nel gruppo di lavoro a partecipare a queste chiamate mensili. È davvero un grande gruppo collaborativo che non vediamo l'ora di lavorare insieme a tutti voi in futuro. E lo restituirò a Carlos per chiudere le cose.

Dott. Carlos Pardo: [00:59:39] L'unica cosa che mi piace aggiungere è il nostro grande grazie a tutti i relatori, a Daniel, a Charles, a Heba, ad Adriana, a Robin e Kevin, grazie mille per aver interpretato il ruolo di moderatore. E a tutti voi grazie per aver partecipato a questo forum virtuale. Ancora una volta, per favore tenete nei vostri calendari che ogni giovedì il terzo giovedì, il prossimo che avremo sarà il 22 aprile, alle 2:00 ora di New York, e apprezzo che ci fossero molti partecipanti da altre parti del mondo. Vedo partecipanti dal Giappone, dall'Africa, dai Paesi Bassi e dall'Europa. Grazie mille per essere disponibile per questo incontro. E speriamo che tu possa continuare a unirti a noi per il prossimo simposio virtuale. E state al sicuro e grazie a tutti voi per aver partecipato a questo panel e simposio. Ciao, per ora.