Eine erneute Analyse metagenomischer Sequenzen von Patienten mit akuter schlaffer Myelitis zeigt Alternativen zur Enterovirus-D68-Infektion

Eine Zusammenfassung des Artikels von Greninger et al. „Ein neuartiger Ausbruchsstamm des Enterovirus D68, der mit Fällen von akuter schlaffer Myelitis in den USA (2012–14) in Zusammenhang steht: eine retrospektive Kohortenstudie“ lautete veröffentlicht im SRNA-Blog Am November 6, 2015.

Breitweiser, Pardo und Salzberg haben kürzlich einen Artikel veröffentlicht, in dem die Daten dieser Studie erneut analysiert wurden. Sie verwendeten Daten aus der metagenomischen Schrotflintensequenzierung, um 31 Proben aus der von Greninger et al. veröffentlichten vorherigen Studie erneut zu analysieren. al. in Lancet Infect Dis 2015; 15; 671–82. Bei der metagenomischen Sequenzierungsanalyse wird DNA oder RNA, das genetische Material für Organismen, aus menschlichen Proben entnommen und analysiert, um festzustellen, ob DNA von bakteriellen oder viralen Krankheitserregern vorhanden ist. In der ursprünglichen Studie wurden 48 Proben von Patienten untersucht, die vom 24. November 2013 bis zum 11. Oktober 2014 das Children's Hospital Colorado oder das Children's Hospital Los Angeles aufsuchten, oder von Personen, die zwischen dem 1. Januar 2012 und dem California Department of Public Health identifiziert wurden 4. Oktober 2014. Bei 25 von ihnen wurde eine akute schlaffe Myelitis (AFM) diagnostiziert, bei zwei eine Enterovirus-assoziierte Enzephalitis (Entzündung des Gehirns), bei fünf eine Enterovirus-D68-assoziierte Erkrankung der oberen Atemwege und bei 16 eine aseptische Meningitis oder Enzephalitis positiv auf Enterovirus getestet. Breitweiser, Pardo und Salzberg fanden in ihrer erneuten Analyse zwei Proben, die mehr Bakteriensequenzen aufwiesen als Enterovirus D68. Eine Person ohne AFM hatte Bakteriensequenzen von Hämophilus-Influenza. Die andere Person hatte AFM und hatte Bakteriensequenzen davon Staphylococcus aureus. Das haben frühere Studien gezeigt S. aureus kann mit neurologischen Problemen wie Myelitis und Meningitis verbunden sein. Die Autoren weisen darauf hin, dass sie zwar nicht wissen können, ob diese bakteriellen Infektionen zu den Symptomen der beiden Personen beigetragen haben, sie argumentieren jedoch, dass sie als potenzieller Faktor betrachtet werden sollten, der zu ihren Symptomen geführt hat. Darüber hinaus stellten sie fest, dass die heruntergeladenen Daten viel menschliche DNA enthielten, obwohl die Autoren der Originalartikel angaben, menschliche DNA entfernt zu haben. Die Autoren weisen jedoch darauf hin, dass dies ein häufiges Problem bei dieser Art von Forschung ist. Die Autoren erklärten außerdem, dass es für Forscher wichtig sei, Gensequenzierungsdaten freizugeben, damit andere Forscher die Ergebnisse der Studien überprüfen könnten.

Originalartikel: Breitwieser FP, Pardo CA und Salzberg SL. Eine erneute Analyse metagenomischer Sequenzen von Patienten mit akuter schlaffer Myelitis zeigt Alternativen zur Enterovirus-D68-Infektion [Version 2; Schiedsrichter: 2 genehmigt] F1000Research 2015, 4:180.